基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
LXL04_018487
当前版本: OH-1004
染色体: Chr04
坐标: 13625008-13629386
链方向: -
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA1878 bp · LXL04_018487|LXL04_018487|OH1004|cDNA
ATGGAGTGTTCGATGAATCACTTCCTGATTAAAAGTGGAATTGAATTGGGTTTGGCCAGTTACTTCTACTTTGATCTGATTTCTCTCTACTTCCTAGATCTGATTCCATCCACTCGATATTTCCCGTTGAAAACTAACGAAGTTTTTATGGCAATTAGGGATTCTGATATATCCGTTGCGAGGGTTTTAGTTTCATTACAATTAACTGTTCCTGTTCTTCTCAAAGGTCATATCTACGAAGAAATAGATATGGGGAAGAT...
CDS
下载 CDS FASTA1878 bp · LXL04_018487|LXL04_018487|OH1004|CDS
ATGGAGTGTTCGATGAATCACTTCCTGATTAAAAGTGGAATTGAATTGGGTTTGGCCAGTTACTTCTACTTTGATCTGATTTCTCTCTACTTCCTAGATCTGATTCCATCCACTCGATATTTCCCGTTGAAAACTAACGAAGTTTTTATGGCAATTAGGGATTCTGATATATCCGTTGCGAGGGTTTTAGTTTCATTACAATTAACTGTTCCTGTTCTTCTCAAAGGTCATATCTACGAAGAAATAGATATGGGGAAGAT...
625 aa · LXL04_018487|LXL04_018487|OH1004|PROTEIN
MECSMNHFLIKSGIELGLASYFYFDLISLYFLDLIPSTRYFPLKTNEVFMAIRDSDISVARVLVSLQLTVPVLLKGHIYEEIDMGKMELEECCLENKQSAAASSSSISEGSSGIVLPKSPRPSSPTATSPPHRRTSGPIRRAKGGWTPEEDETLKKAVGVFKGKCWKKIAEYFPDRSEVQCLHRWQKVLNPELIKGPWTQEEDEKIVELVKRYGPTKWSLIAKSLPGRIGKQCRERWHNHLNPDIKKDAWTLQEELALMN...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | LXL04_018487 |
|---|---|
| 版本 | OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | LXL04_018487 | |||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr04:13625008-13629386 (-) | |||||||||||||||||||||
| 描述 | Similar to MYB3R5: Transcription factor MYB3R-5 | |||||||||||||||||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻
| |||||||||||||||||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | |||||||||||||||||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程 GO:0009409 response to cold 生物过程 GO:0009620 response to fungus 生物过程 GO:0009723 response to ethylene 生物过程 GO:0009733 response to auxin 生物过程 GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程 GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程 GO:0032465 regulation of cytokinesis 生物过程 GO:0032875 regulation of DNA endoreduplication 生物过程 | |||||||||||||||||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT3G09370 ath:AT4G32730 ath:AT5G02320 ath:AT5G11510 dosa:Os01g0841500 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.887
细胞质0.190
细胞膜0.023
线粒体0.022
内质网0.010
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF00249.38Myb_DNA-binding143-189 aaPF13921.13Myb_DNA-bind_6146-203 aaPF00249.38Myb_DNA-binding195-241 aaPF13921.13Myb_DNA-bind_6198-256 aaPF00249.38Myb_DNA-binding247-290 aaPF13921.13Myb_DNA-bind_6250-295 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| LXL04_018487 | PF00249.38 | Myb_DNA-binding | 143 | 189 | 1.7e-53 | 179.2 |
| LXL04_018487 | PF13921.13 | Myb_DNA-bind_6 | 146 | 203 | 1.2e-39 | 135.0 |
| LXL04_018487 | PF00249.38 | Myb_DNA-binding | 195 | 241 | 1.7e-53 | 179.2 |
| LXL04_018487 | PF13921.13 | Myb_DNA-bind_6 | 198 | 256 | 1.2e-39 | 135.0 |
| LXL04_018487 | PF00249.38 | Myb_DNA-binding | 247 | 290 | 1.7e-53 | 179.2 |
| LXL04_018487 | PF13921.13 | Myb_DNA-bind_6 | 250 | 295 | 1.2e-39 | 135.0 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q6R032 | 拟南芥 | Transcription factor MYB3R-5 | 46.528% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q8H1P9 | 拟南芥 | Transcription factor MYB3R-3 | 47.961% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |
Q94FL9 | 拟南芥 | Transcription factor MYB3R-4 | 71.429% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q9S7G7 | 拟南芥 | Transcription factor MYB3R-1 | 71.676% | Swiss-Prot | 低置信数据库同源证据 |
Q0JHU7 | 水稻 | Transcription factor MYB3R-2 | 44.524% | Swiss-Prot | 中等数据库同源证据 |