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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_018067
当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 5957721-5960425 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2139 bp · LXL04_018067|LXL04_018067|OH1004|cDNA

ATGGAGCTAAACAAGGAGAAGCTTGTCAGGTTTTATGCTAACGGCAAGCAAAATAACGATGTTATATGGGGAAAAAGGGAACCTCTACACCTCGAAAAGTCATCGTCAGGGTACAATGGTCCATCGTCCCTCCTAAAGTTACCAATTAAGGGAAAACTCAACATCCCCCAAAACCCTAAACAcggaacaacaacaaccgccaacTTATTCCCTGAAGACCACGAGCCATGGCAGAAACGAATACTTGATCCAGGGAGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2139 bp · LXL04_018067|LXL04_018067|OH1004|CDS

ATGGAGCTAAACAAGGAGAAGCTTGTCAGGTTTTATGCTAACGGCAAGCAAAATAACGATGTTATATGGGGAAAAAGGGAACCTCTACACCTCGAAAAGTCATCGTCAGGGTACAATGGTCCATCGTCCCTCCTAAAGTTACCAATTAAGGGAAAACTCAACATCCCCCAAAACCCTAAACACGGAACAACAACAACCGCCAACTTATTCCCTGAAGACCACGAGCCATGGCAGAAACGAATACTTGATCCAGGGAGTGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

712 aa · LXL04_018067|LXL04_018067|OH1004|PROTEIN

MELNKEKLVRFYANGKQNNDVIWGKREPLHLEKSSSGYNGPSSLLKLPIKGKLNIPQNPKHGTTTTANLFPEDHEPWQKRILDPGSEIVLKWNRIFIVSCLLALFIDPWYFYLPGILQNEDSWCVKTDLNLRIVVTAFRTLADLFYMLHVVIKFRTAYIAPSSRVFGRGELVMDPKMIAKRYIRTDFFIDLIATLPLPQIVIWFIIPATRTSKANHNNNALALIVLLQYIPRLYLIFPLSSELVKATGVVTKTAWAGAAY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_018067
TK1151 IDTkA08G029850
OH-1004 IDLXL04_018067
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 60.534
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_018067
位置Chr04:5957721-5960425 (-)
描述Similar to CNGC17: Cyclic nucleotide-gated ion channel 17
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g30360 可能的环核苷酸门控离子通道。
Phytosulfokine Regulates Growth in Arabidopsis through a Response Module at the Plasma Membrane That Includes CYCLIC NUCLEOTIDE-GATED CHANNEL17, H+-ATPase, and BAK1.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00306
At2g24610 可能的环核苷酸门控离子通道。 暂无已核实直接文献
At5g14870 花粉管定向生长到传播道所需的环状核苷酸门控离子通道。
A cyclic nucleotide-gated channel is essential for polarized tip growth of pollen.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0701781104
Cyclic nucleotide-gated channel 18 is an essential Ca2+ channel in pollen tube tips for pollen tube guidance to ovules in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1073/pnas.1524629113
At3g48010 推定环核苷酸门控离子通道。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018067 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006874 intracellular calcium ion homeostasis 生物过程
GO:0009860 pollen tube growth 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005886 plasma membrane 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0016324 apical plasma membrane 细胞组分
GO:0030659 cytoplasmic vesicle membrane 细胞组分
GO:0031965 nuclear membrane 细胞组分
GO:0005216 monoatomic ion channel activity 分子功能
GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity 分子功能
GO:0005262 calcium channel activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G24610
ath:AT3G48010
ath:AT4G30360
ath:AT5G14870
mtr:25487817
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.897
排名 1 · LXL04_018067 · OH-1004
细胞质0.091
排名 2 · LXL04_018067 · OH-1004
内质网0.052
排名 3 · LXL04_018067 · OH-1004
细胞核0.027
排名 4 · LXL04_018067 · OH-1004
高尔基体0.022
排名 5 · LXL04_018067 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00520.38Ion_trans93-413 aa
PF00027.36cNMP_binding511-600 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_018067PF00520.38Ion_trans934136.5e-1968.8
LXL04_018067PF00027.36cNMP_binding5116001.1e-0835.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q8L7Z0拟南芥Cyclic nucleotide-gated ion channel 1768.256%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SJA4拟南芥Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 1463.215%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9LEQ3拟南芥Cyclic nucleotide-gated ion channel 1858.046%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SU64拟南芥Probable cyclic nucleotide-gated ion channel 1655.245%Swiss-Prot强数据库同源证据

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