LXL04_017959 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017959

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 4294387-4296225 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1839 bp · LXL04_017959|LXL04_017959|OH1004|cDNA

ATGATAATCTTCAAAACTCAATTCACCAACTTCACTCGCAGCTTTTCATCTATCCCAAACCTCACACAATGCGTTTCGTCCCTCCAATCATCTGCCAAACATGCCAACTTACAGGAAGGAAAAAAACTCCATTCCTACATGCTCATCAATGGCTTCCTCACCTCCCCGGTCTCCATCACCAGCCTCATCAACATGTACTCCAAATGCAACTCCATCTCCGACGCCTTTCTACTTTTCACTTCGTCGTCAACTTCTCACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

1839 bp · LXL04_017959|LXL04_017959|OH1004|CDS

ATGATAATCTTCAAAACTCAATTCACCAACTTCACTCGCAGCTTTTCATCTATCCCAAACCTCACACAATGCGTTTCGTCCCTCCAATCATCTGCCAAACATGCCAACTTACAGGAAGGAAAAAAACTCCATTCCTACATGCTCATCAATGGCTTCCTCACCTCCCCGGTCTCCATCACCAGCCTCATCAACATGTACTCCAAATGCAACTCCATCTCCGACGCCTTTCTACTTTTCACTTCGTCGTCAACTTCTCACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

612 aa · LXL04_017959|LXL04_017959|OH1004|PROTEIN

MIIFKTQFTNFTRSFSSIPNLTQCVSSLQSSAKHANLQEGKKLHSYMLINGFLTSPVSITSLINMYSKCNSISDAFLLFTSSSTSHLNVFAYNAIIAGFIFNELPKPALQVYEKMRVAGVTMDKYTFPCVVTAFSGCGDVVGLKIVHGLVFKFGMDHDLFVGSAAVHGYLKFGLMADAQRVFDEMPDRDIVLWNAMINGYADIGEHHNALDCLQRLHTEGKVVPSRFTITGILPILAMKGDLHNGKSIHGFATKIGYSSG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017959`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017959

位置 Chr04:4294387-4296225 (-)

描述 Similar to PCMP-E31: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14730

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g14730`	含五重复肽重复的蛋白At3g14730。	暂无已核实直接文献
`At4g18750`	在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。	Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755
`At2g13600`	含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At3g23330`	推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017959 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0010588 cotyledon vascular tissue pattern formation 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程

GO:1900865 chloroplast RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G13600

ath:AT3G14730

ath:AT4G18750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.691

排名 1 · LXL04_017959 · OH-1004

质体0.167

排名 2 · LXL04_017959 · OH-1004

细胞核0.045

排名 3 · LXL04_017959 · OH-1004

细胞质0.031

排名 4 · LXL04_017959 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_017959 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_288-134 aa

PF13041.13PPR_2291-339 aa

PF01535.27PPR293-323 aa

PF17177.11PPR_long306-460 aa

PF01535.27PPR369-394 aa

PF13041.13PPR_2395-443 aa

PF01535.27PPR398-424 aa

PF12854.14PPR_1463-492 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017959	`PF13041.13`	PPR_2	88	134	1.1e-55	186.2
LXL04_017959	`PF13041.13`	PPR_2	291	339	1.1e-55	186.2
LXL04_017959	`PF01535.27`	PPR	293	323	1.6e-53	176.0
LXL04_017959	`PF17177.11`	PPR_long	306	460	2e-09	37.9
LXL04_017959	`PF01535.27`	PPR	369	394	1.6e-53	176.0
LXL04_017959	`PF13041.13`	PPR_2	395	443	1.1e-55	186.2
LXL04_017959	`PF01535.27`	PPR	398	424	1.6e-53	176.0
LXL04_017959	`PF12854.14`	PPR_1	463	492	5.5e-29	100.3
LXL04_017959	`PF20431.5`	E_motif	512	574	6.6e-21	75.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUC2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14730	49.408%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SN39`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic	36.177%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SIT7`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g13600	33.483%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LN01`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	34.110%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LW63`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g23330	33.673%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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