LXL04_017921 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017921

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 3665628-3672384 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1641 bp · LXL04_017921|LXL04_017921|OH1004|cDNA

ATGGTGATCTTTTCCTTTGTAGGAAAGAAACTAGAACAACTTTGTAGTTCCTGTTTCCAGGCCTTGAGCTATTTCAAAATTTTATGTTTGCCAATCATTTTTTTCTATCATTATGTGTTGCGTCGTATGAACCAATTCTTTATCGAAGTTTTCTATtttctctttatttctttcttGGGTTTTCTTATCCTCAATGCAATGGATCCACGAACCCCGACATTTACTCCTAGAAAGTTAGACTTATTCTTCACCTCAGTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1641 bp · LXL04_017921|LXL04_017921|OH1004|CDS

ATGGTGATCTTTTCCTTTGTAGGAAAGAAACTAGAACAACTTTGTAGTTCCTGTTTCCAGGCCTTGAGCTATTTCAAAATTTTATGTTTGCCAATCATTTTTTTCTATCATTATGTGTTGCGTCGTATGAACCAATTCTTTATCGAAGTTTTCTATTTTCTCTTTATTTCTTTCTTGGGTTTTCTTATCCTCAATGCAATGGATCCACGAACCCCGACATTTACTCCTAGAAAGTTAGACTTATTCTTCACCTCAGTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

546 aa · LXL04_017921|LXL04_017921|OH1004|PROTEIN

MVIFSFVGKKLEQLCSSCFQALSYFKILCLPIIFFYHYVLRRMNQFFIEVFYFLFISFLGFLILNAMDPRTPTFTPRKLDLFFTSVSASTVSSMSVIEMEVFSNSQLITMTILMFIGGEVFTSMVALLLRSFSRRSSIKQGGRVNDSMSDLGIPPNFHSQLELGTIANPEFESSKSDIFDFYDQEPMDDDYSDQLKFKSIKFLGLLVLGYLLLVQILGIVSVFVYLNVISSAKNVLEQKGLKTFTFSLFTVVSTFASCGF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017921`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017921

位置 Chr04:3665628-3672384 (+)

描述 Similar to HKT1: Sodium transporter HKT1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g10310`	钠转运蛋白，在植物耐盐性中发挥核心作用。	The Arabidopsis HKT1 gene homolog mediates inward Na(+) currents in xenopus laevis oocytes and Na(+) uptake in Saccharomyces cerevisiae.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.4.1249 AtHKT1 is a salt tolerance determinant that controls Na(+) entry into plant roots.2001 · DOI: 10.1073/pnas.241501798 Glycine residues in potassium channel-like selectivity filters determine potassium selectivity in four-loop-per-subunit HKT transporters from plants.2002 · DOI: 10.1073/pnas.082123799 Altered shoot/root Na+ distribution and bifurcating salt sensitivity in Arabidopsis by genetic disruption of the Na+ transporter AtHKT1.2002 · DOI: 10.1016/s0014-5793(02)03488-9 Functional analysis of AtHKT1 in Arabidopsis shows that Na(+) recirculation by the phloem is crucial for salt tolerance.2003 · DOI: 10.1093/emboj/cdg207 AtHKT1 facilitates Na+ homeostasis and K+ nutrition in planta.2004 · DOI: 10.1104/pp.104.042234 Microarray-based rapid cloning of an ion accumulation deletion mutant in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0404780101

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0175000`	具有高选择性钠转运蛋白的功能。	Diversity in expression patterns and functional properties in the rice HKT transporter family.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.138008 Identification of rice cornichon as a possible cargo receptor for the Golgi-localized sodium transporter OsHKT1;3.2015 · DOI: 10.1093/jxb/erv069
`UniProt: A2WNZ9`	钠转运蛋白，在盐胁迫下介导韧皮部的钠排斥，防止钠转移到幼叶片和生殖组织（通过相似性）。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q93XI5`	似乎参与钾-钠稳态的调节。	暂无已核实直接文献
`Os01g0307500`	钠转运蛋白，在盐胁迫下介导韧皮部钠排除，以防止钠向幼叶叶片和生殖组织转移。	OsHKT1;5 mediates Na+ exclusion in the vasculature to protect leaf blades and reproductive tissues from salt toxicity in rice.2017 · DOI: 10.1111/tpj.13595

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017921 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006813 potassium ion transport 生物过程

GO:0006814 sodium ion transport 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0035725 sodium ion transmembrane transport 生物过程

GO:2000649 regulation of sodium ion transmembrane transporter activity 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0008324 monoatomic cation transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015079 potassium ion transmembrane transporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G10310

dosa:Os01g0307500

dosa:Os02g0175000

osa:4328468

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.654

排名 1 · LXL04_017921 · OH-1004

溶酶体／液泡0.126

排名 2 · LXL04_017921 · OH-1004

内质网0.121

排名 3 · LXL04_017921 · OH-1004

细胞质0.104

排名 4 · LXL04_017921 · OH-1004

线粒体0.055

排名 5 · LXL04_017921 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02386.23TrkH181-533 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017921	`PF02386.23`	TrkH	181	533	6.9e-30	104.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q84TI7`	拟南芥	Sodium transporter HKT1	47.010%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6H501`	水稻	Cation transporter HKT1;3	45.743%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A2WNZ9`	水稻	Cation transporter HKT1;5	42.458%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q93XI5`	水稻	Cation transporter HKT2;2	39.458%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q0JNB6`	水稻	Cation transporter HKT1;5	42.458%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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