LXL04_017919 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017919

当前版本: OH-1004 染色体: Chr04 坐标: 3605942-3612839 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2901 bp · LXL04_017919|LXL04_017919|OH1004|cDNA

ATGTGGCGTCGAGAACGCCGTTTCCCAGGTGCGAACACCGCGCCCCTTAGCGCGTTCCCTTCCTTGGCGTTTCCCTGCGTCCGTCTCGCAACGACTAGAAACGGGGCgttttctcttcttttcttctcgTTCGTCCAACGACTCGATGTGTCCAACCGCTCGATGTGTCCAACGGGGtgtttcttttcttcttttcttctcgtTCTTCCTCCCTCTTTTCTTCTCTGTGTAAAACTCAAATGGAGGCGCATCTTACGTGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2901 bp · LXL04_017919|LXL04_017919|OH1004|CDS

ATGTGGCGTCGAGAACGCCGTTTCCCAGGTGCGAACACCGCGCCCCTTAGCGCGTTCCCTTCCTTGGCGTTTCCCTGCGTCCGTCTCGCAACGACTAGAAACGGGGCGTTTTCTCTTCTTTTCTTCTCGTTCGTCCAACGACTCGATGTGTCCAACCGCTCGATGTGTCCAACGGGGTGTTTCTTTTCTTCTTTTCTTCTCGTTCTTCCTCCCTCTTTTCTTCTCTGTGTAAAACTCAAATGGAGGCGCATCTTACGTGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

966 aa · LXL04_017919|LXL04_017919|OH1004|PROTEIN

MWRRERRFPGANTAPLSAFPSLAFPCVRLATTRNGAFSLLFFSFVQRLDVSNRSMCPTGCFFSSFLLVLPPSFLLCVKLKWRRILREEEEAWKWGGEGVGSVIPVPIPEFLTLSPSPSPTDAGNQISSPLDFGLFPGPSPTHKHNKLDLCKYNYSPDSNLEGFMDASVMEKLLRCASYSPLHTPKLTSTHNFEFRNPNIHMKWRTRKNNNAVNASKGGGGEVDTAVVEKDKPKVLPRRFQILQGSPMPFGATAQEDGVNF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017919`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017919

位置 Chr04:3605942-3612839 (-)

描述 Similar to ISA1: Isoamylase 1, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39930`	参与前支链淀粉链的修剪。	暂无已核实直接文献
`At4g09020`	参与淀粉分解代谢。	Evidence for distinct mechanisms of starch granule breakdown in plants.2006 · DOI: 10.1074/jbc.m513661200 Further evidence for the mandatory nature of polysaccharide debranching for the aggregation of semicrystalline starch and for overlapping functions of debranching enzymes in Arabidopsis leaves.2008 · DOI: 10.1104/pp.108.129379 Starch granule biosynthesis in Arabidopsis is abolished by removal of all debranching enzymes but restored by the subsequent removal of an endoamylase.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.063487

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0520900`	淀粉脱支酶参与胚乳中支链淀粉的生物合成。	Complementation of sugary-1 phenotype in rice endosperm with the wheat isoamylase1 gene supports a direct role for isoamylase1 in amylopectin biosynthesis.2005 · DOI: 10.1104/pp.104.051359 Structural and enzymatic characterization of the isoamylase1 homo-oligomer and the isoamylase1-isoamylase2 hetero-oligomer from rice endosperm.2006 · DOI: 10.1007/s00425-006-0331-z Functional diversity of isoamylase oligomers: the ISA1 homo-oligomer is essential for amylopectin biosynthesis in rice endosperm.2011 · DOI: 10.1104/pp.111.173435
`Os09g0469400`	淀粉脱支酶，在夜间降解叶片中的瞬时淀粉，促进胚乳中含有复合颗粒的球形淀粉体的形成，并影响质体的形态特征。	Rice debranching enzyme isoamylase3 facilitates starch metabolism and affects plastid morphogenesis.2011 · DOI: 10.1093/pcp/pcr058

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017919 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0009660 amyloplast organization 生物过程

GO:0010021 amylopectin biosynthetic process 生物过程

GO:0019252 starch biosynthetic process 生物过程

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009569 chloroplast starch grain 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

GO:0010368 chloroplast isoamylase complex 细胞组分

GO:0043033 isoamylase complex 细胞组分

GO:0019156 isoamylase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G39930

ath:AT4G09020

dosa:Os08g0520900

dosa:Os09g0469400

zma:542318

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.920

排名 1 · LXL04_017919 · OH-1004

细胞质0.067

排名 2 · LXL04_017919 · OH-1004

线粒体0.046

排名 3 · LXL04_017919 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_017919 · OH-1004

过氧化物酶体0.034

排名 5 · LXL04_017919 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02922.25CBM_48248-342 aa

PF00128.32Alpha-amylase402-515 aa

PF21156.4ISOA1-3_C846-949 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017919	`PF02922.25`	CBM_48	248	342	2.7e-17	63.6
LXL04_017919	`PF00128.32`	Alpha-amylase	402	515	1.5e-20	74.5
LXL04_017919	`PF21156.4`	ISOA1-3_C	846	949	3.6e-48	162.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O04196`	拟南芥	Isoamylase 1, chloroplastic	72.005%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M0S5`	拟南芥	Isoamylase 3, chloroplastic	45.710%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`D0TZF0`	水稻	Isoamylase 1, chloroplastic	70.742%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9G434`	水稻	Isoamylase 3, chloroplastic	46.751%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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