LXL04_017678 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017678

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 156733686-156735331 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

636 bp · LXL04_017678|LXL04_017678|OH1004|cDNA

ATGTCTTACGCCTACCTCTTCAAGTACATCATCATTGGAGATACCGGTGTTGGAAAATCATGCCTACTTTTGCAGTTCACAGACAAACGTTTTCAACCTGTTCATGATTTAACCATTGGTGTAGAATTTGGTGCCAGAATGATCACCATTGACAACAAACCAATAAAGCTCCAGATCTGGGACACGGCGGGCCAGGAATCATTCAGATCCATAACAAGATCTTACTACAGAGGTGCAGCTGGTGCACTTTTGGTTTATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

636 bp · LXL04_017678|LXL04_017678|OH1004|CDS

ATGTCTTACGCCTACCTCTTCAAGTACATCATCATTGGAGATACCGGTGTTGGAAAATCATGCCTACTTTTGCAGTTCACAGACAAACGTTTTCAACCTGTTCATGATTTAACCATTGGTGTAGAATTTGGTGCCAGAATGATCACCATTGACAACAAACCAATAAAGCTCCAGATCTGGGACACGGCGGGCCAGGAATCATTCAGATCCATAACAAGATCTTACTACAGAGGTGCAGCTGGTGCACTTTTGGTTTATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

211 aa · LXL04_017678|LXL04_017678|OH1004|PROTEIN

MSYAYLFKYIIIGDTGVGKSCLLLQFTDKRFQPVHDLTIGVEFGARMITIDNKPIKLQIWDTAGQESFRSITRSYYRGAAGALLVYDITRRETFNHLASWLEDARQHANANMTVMLIGNKCDLAHRRAVSTEEGEQFAKENGLIFMEASAKTAQNVEEAFINTAGTIYKKIQDGVFDVSNESYGIKVGYGGLLGPSGGREGTPQQTGACCS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017678`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017678

位置 Chr03:156733686-156735331 (+)

描述 Similar to RABB1C: Ras-related protein RABB1c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g17170`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献
`At4g35860`	细胞内囊泡运输和蛋白质运输。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017678 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006888 endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0016192 vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0030100 regulation of endocytosis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G17170

ath:AT4G35860

vcn:VOLCADRAFT_106534

zma:100127017

zma:100127494

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.523

排名 1 · LXL04_017678 · OH-1004

高尔基体0.408

排名 2 · LXL04_017678 · OH-1004

细胞膜0.232

排名 3 · LXL04_017678 · OH-1004

溶酶体／液泡0.184

排名 4 · LXL04_017678 · OH-1004

内质网0.135

排名 5 · LXL04_017678 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00025.28Arf7-137 aa

PF00071.29Ras8-168 aa

PF08477.20Roc8-122 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017678	`PF00025.28`	Arf	7	137	2.2e-12	47.5
LXL04_017678	`PF00071.29`	Ras	8	168	4e-64	215.8
LXL04_017678	`PF08477.20`	Roc	8	122	2.9e-33	115.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P92963`	拟南芥	Ras-related protein RABB1c	94.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38922`	拟南芥	Ras-related protein RABB1b	84.286%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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