LXL04_017488 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017488

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 151685411-151686862 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

927 bp · LXL04_017488|LXL04_017488|OH1004|cDNA

ATGGCGGAGAAGAGTAAGATTTTGGTAATCGGAGGAACTGGTTACATCGGGAAATTTATCGTCGAGGCTAGTGCCAACTCCGGCCATCCTACCTTTCTTCTCGTCAGGGAATCCACACTCTCCAACCCTGCCAAATCCACCCTTGTCGAATCGTTTAAGAAATCCGGCGTTACTTTCGTCACTGGAGACTTGTATGACCACGCTAGTCTGGTGAAGGCGATAAAGCAGGTAGATGTGGTGATCTCGACAGTAGGTCACGA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · LXL04_017488|LXL04_017488|OH1004|CDS

ATGGCGGAGAAGAGTAAGATTTTGGTAATCGGAGGAACTGGTTACATCGGGAAATTTATCGTCGAGGCTAGTGCCAACTCCGGCCATCCTACCTTTCTTCTCGTCAGGGAATCCACACTCTCCAACCCTGCCAAATCCACCCTTGTCGAATCGTTTAAGAAATCCGGCGTTACTTTCGTCACTGGAGACTTGTATGACCACGCTAGTCTGGTGAAGGCGATAAAGCAGGTAGATGTGGTGATCTCGACAGTAGGTCACGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · LXL04_017488|LXL04_017488|OH1004|PROTEIN

MAEKSKILVIGGTGYIGKFIVEASANSGHPTFLLVRESTLSNPAKSTLVESFKKSGVTFVTGDLYDHASLVKAIKQVDVVISTVGHEQLGDQVKIIAAIKEAGNVKKFYPSEFGNDVDRTNAVEPAKSAFATKAQIRRAIESEGIPHTYVSANCYAGYFLPTLSQPAATAPPRDKVVILGDGNAKVVFNEEHDIGTYTIKSVDDPRTLNKIVYIKPPGNIYSFNDLVSLWEKKIGKNLERDYISDDQVLKNIQESPVPMN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017488`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_017488`
位置	Chr03:151685411-151686862 (+)
描述	Similar to TP7: Phenylcoumaran benzylic ether reductase TP7
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_017488` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0009699 phenylpropanoid biosynthetic process 生物过程 GO:0009807 lignan biosynthetic process 生物过程 GO:0000166 nucleotide binding 分子功能 GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能 GO:0032442 phenylcoumaran benzylic ether reductase activity 分子功能 GO:0050664 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, oxygen as acceptor 分子功能
KEGG 基因交叉引用	nta:107822129 pop:7464022 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.813

排名 1 · LXL04_017488 · OH-1004

细胞核0.205

排名 2 · LXL04_017488 · OH-1004

内质网0.071

排名 3 · LXL04_017488 · OH-1004

细胞膜0.058

排名 4 · LXL04_017488 · OH-1004

线粒体0.043

排名 5 · LXL04_017488 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05368.20NmrA3-304 aa

PF01370.28Epimerase7-86 aa

PF16363.12GDP_Man_Dehyd8-78 aa

PF01073.263Beta_HSD8-89 aa

PF13460.13NAD_binding_1011-151 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017488	`PF05368.20`	NmrA	3	304	7.8e-98	328.5
LXL04_017488	`PF01370.28`	Epimerase	7	86	7.1e-10	39.4
LXL04_017488	`PF16363.12`	GDP_Man_Dehyd	8	78	3.4e-07	30.7
LXL04_017488	`PF01073.26`	3Beta_HSD	8	89	3e-06	27.2
LXL04_017488	`PF13460.13`	NAD_binding_10	11	151	1.3e-13	51.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情