LXL04_017348 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017348

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 147018940-147021180 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1518 bp · LXL04_017348|LXL04_017348|OH1004|cDNA

ATGGGTGTGGAGGGAAAGAAACAGACGACATTGGGCGATGATCAGAGCGCTACAGATAAGAAATCAAACCCAAAGCTCACTTTACTACCTCTAATCGCCCTAATTTTCTACGAAGTCTCCGGCGGTCCATTTGGGGTAGAAGATTCAGTCAAATCCGGAGGCGGAGCTCTACTTTCGTTATTAGGGTTCTTAATTTTCCCCATTTTCTGGAGCATCCCGGAAGCATTAATCACAGCGGAGCTCGCCACAAGCTTCCCCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1518 bp · LXL04_017348|LXL04_017348|OH1004|CDS

ATGGGTGTGGAGGGAAAGAAACAGACGACATTGGGCGATGATCAGAGCGCTACAGATAAGAAATCAAACCCAAAGCTCACTTTACTACCTCTAATCGCCCTAATTTTCTACGAAGTCTCCGGCGGTCCATTTGGGGTAGAAGATTCAGTCAAATCCGGAGGCGGAGCTCTACTTTCGTTATTAGGGTTCTTAATTTTCCCCATTTTCTGGAGCATCCCGGAAGCATTAATCACAGCGGAGCTCGCCACAAGCTTCCCCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

505 aa · LXL04_017348|LXL04_017348|OH1004|PROTEIN

MGVEGKKQTTLGDDQSATDKKSNPKLTLLPLIALIFYEVSGGPFGVEDSVKSGGGALLSLLGFLIFPIFWSIPEALITAELATSFPENGGYVIWISSAFGPFWGFQEGFWKWFSGVMDNALYPVLFLDYLKQSLPIFDELYARIPTLLAITILLTYLNYRGLHIVGFSAVLLASFSLLPFLVMGVLSIPKIRPRRWVTLDLKKVQWRGYFNNMFWNLNYWDKASTLAGEVEDPSRTFPKALYGAVIVVVCSYLIPLLAGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017348`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017348

位置 Chr03:147018940-147021180 (+)

描述 Similar to At3g19553: Probable polyamine transporter At3g19553

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19553`	可能的细胞膜多胺/质子共转运蛋白，参与细胞内多胺的摄取。	暂无已核实直接文献
`At1g31830`	可能的细胞膜多胺/质子共转运蛋白，参与细胞内多胺的摄取。	暂无已核实直接文献
`At5g05630`	细胞膜多胺/质子同向转运体，参与细胞内多胺的摄取。	Natural variation in a polyamine transporter determines paraquat tolerance in Arabidopsis.2012 · DOI: 10.1073/pnas.1121406109

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0700500`	细胞膜多胺/质子同向转运体，参与细胞内多胺的摄取。	Functional analysis of OsPUT1, a rice polyamine uptake transporter.2012 · DOI: 10.1007/s00425-011-1486-9
`UniProt: A2X8M8`	细胞膜多胺/质子同向转运体，参与细胞内多胺的摄取。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0015839 cadaverine transport 生物过程

GO:0015846 polyamine transport 生物过程

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0015203 polyamine transmembrane transporter activity 分子功能

GO:0015293 symporter activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G31830

ath:AT3G19553

ath:AT5G05630

dosa:Os02g0700500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.398

排名 1 · LXL04_017348 · OH-1004

溶酶体／液泡0.323

排名 2 · LXL04_017348 · OH-1004

内质网0.129

排名 3 · LXL04_017348 · OH-1004

细胞质0.108

排名 4 · LXL04_017348 · OH-1004

高尔基体0.093

排名 5 · LXL04_017348 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13520.13AA_permease_227-412 aa

PF00324.28AA_permease52-419 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017348	`PF13520.13`	AA_permease_2	27	412	4.1e-32	112.3
LXL04_017348	`PF00324.28`	AA_permease	52	419	2.5e-16	60.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LH39`	拟南芥	Probable polyamine transporter At3g19553	73.109%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6S5`	拟南芥	Probable polyamine transporter At1g31830	55.414%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FFL1`	拟南芥	Polyamine transporter RMV1	55.705%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6Z8D0`	水稻	Polyamine transporter PUT1	54.803%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2X8M8`	水稻	Polyamine transporter PUT1	54.803%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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