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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_017317
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 146333554-146336855 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2634 bp · LXL04_017317|LXL04_017317|OH1004|cDNA

ATGACTACCAGCATAGCTGGTAAGATGCCAGTGGGGTTTCTCCTAAGAGGTGGTAGGTTCGAGCATTGTTCGGACCAAAGTGGTGAAAATAGGTGTGGAGGAAAGGAGGCGATTCCGGACCGTCAGAGTTACCTGACCCGATCTAACGCCACTATCCAAAGACTTAGTGCCATCAGCCGTTCTTTCAATGCTCGAGCTACTAATTGGAGATTGCTTCCAAATCTCAAAAGCAACCACTTTCCAAGACTTCTTTCTTCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

2634 bp · LXL04_017317|LXL04_017317|OH1004|CDS

ATGACTACCAGCATAGCTGGTAAGATGCCAGTGGGGTTTCTCCTAAGAGGTGGTAGGTTCGAGCATTGTTCGGACCAAAGTGGTGAAAATAGGTGTGGAGGAAAGGAGGCGATTCCGGACCGTCAGAGTTACCTGACCCGATCTAACGCCACTATCCAAAGACTTAGTGCCATCAGCCGTTCTTTCAATGCTCGAGCTACTAATTGGAGATTGCTTCCAAATCTCAAAAGCAACCACTTTCCAAGACTTCTTTCTTCTGG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

877 aa · LXL04_017317|LXL04_017317|OH1004|PROTEIN

MTTSIAGKMPVGFLLRGGRFEHCSDQSGENRCGGKEAIPDRQSYLTRSNATIQRLSAISRSFNARATNWRLLPNLKSNHFPRLLSSGRFLYTQTSLDDSWTNNRELNIDLLFHSCTKTHHASRLHALLIILGKIQSLFISTRLVNLYANLGNISLSQQTFDQIQNKDVYTWNSMVSSYVRNGSHNDAVNCLYKMLKHQIKPDFYTFPPVLKACRDIKNGKRIHCLISKTGLEWDVYVAASLVHMYCRFGGFDAAYGIFTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_017317
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_017317
位置Chr03:146333554-146336855 (+)
描述Similar to EMB2758: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g33990
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667
At4g30700 含五重复肽序列的蛋白At4g30700。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At4g18750 在叶绿体中的单 RNA 编辑事件中发挥重要作用。
Identification of two pentatricopeptide repeat genes required for RNA editing and zinc binding by C-terminal cytidine deaminase-like domains.2013 · DOI: 10.1074/jbc.m113.485755

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017317 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0016556 mRNA modification 生物过程
GO:0031425 chloroplast RNA processing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0004519 endonuclease activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G11290
ath:AT3G57430
ath:AT4G30700
ath:AT4G33990
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.638
排名 1 · LXL04_017317 · OH-1004
质体0.225
排名 2 · LXL04_017317 · OH-1004
细胞核0.052
排名 3 · LXL04_017317 · OH-1004
细胞质0.034
排名 4 · LXL04_017317 · OH-1004
细胞膜0.006
排名 5 · LXL04_017317 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2166-213 aa
PF13812.13PPR_3167-213 aa
PF01535.27PPR169-198 aa
PF13041.13PPR_2265-309 aa
PF12854.14PPR_1265-293 aa
PF01535.27PPR268-297 aa
PF23276.3TPR_24270-359 aa
PF13041.13PPR_2366-404 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_017317PF13041.13PPR_21662136.7e-72238.2
LXL04_017317PF13812.13PPR_31672139.6e-34116.0
LXL04_017317PF01535.27PPR1691984.8e-69224.6
LXL04_017317PF13041.13PPR_22653096.7e-72238.2
LXL04_017317PF12854.14PPR_12652938e-45151.0
LXL04_017317PF01535.27PPR2682974.8e-69224.6
LXL04_017317PF23276.3TPR_242703591e-1868.3
LXL04_017317PF13041.13PPR_23664046.7e-72238.2
LXL04_017317PF12854.14PPR_13663948e-45151.0
LXL04_017317PF13812.13PPR_33664049.6e-34116.0
LXL04_017317PF01535.27PPR3683984.8e-69224.6
LXL04_017317PF13041.13PPR_24675166.7e-72238.2
LXL04_017317PF12854.14PPR_14684968e-45151.0
LXL04_017317PF01535.27PPR4704974.8e-69224.6
LXL04_017317PF13041.13PPR_25716176.7e-72238.2
LXL04_017317PF20431.5E_motif6877491.7e-1661.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
O81767拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399054.890%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic37.873%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SUH6拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3070038.731%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic36.903%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9SN39拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein DOT4, chloroplastic37.332%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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