LXL04_017298 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017298

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 145536801-145538229 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

648 bp · LXL04_017298|LXL04_017298|OH1004|cDNA

ATGGGTGCAGCTAGGTCGAAACGCGAGAAAGCTTTAGGCAACCAATTTCCAGAAGGCAAACGATACTTCGGTCTCGAAATTTTTGGCAATACATGTTCACACTTGTGCGAGAAATTGCTGTCGGAGACGCCGCACACTATTTTAGCCGTCGACGTGTACAATGACAAGATCAAACACCTTCTCGAGCCGGATTCCCTTCCTTGGGCCGGTCGCATCCAGTTCCACCGCCTCAACATTAAGAATGATTCGCGCCTTGAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

648 bp · LXL04_017298|LXL04_017298|OH1004|CDS

ATGGGTGCAGCTAGGTCGAAACGCGAGAAAGCTTTAGGCAACCAATTTCCAGAAGGCAAACGATACTTCGGTCTCGAAATTTTTGGCAATACATGTTCACACTTGTGCGAGAAATTGCTGTCGGAGACGCCGCACACTATTTTAGCCGTCGACGTGTACAATGACAAGATCAAACACCTTCTCGAGCCGGATTCCCTTCCTTGGGCCGGTCGCATCCAGTTCCACCGCCTCAACATTAAGAATGATTCGCGCCTTGAAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

215 aa · LXL04_017298|LXL04_017298|OH1004|PROTEIN

MGAARSKREKALGNQFPEGKRYFGLEIFGNTCSHLCEKLLSETPHTILAVDVYNDKIKHLLEPDSLPWAGRIQFHRLNIKNDSRLEGLIKCSDLSEEVIQLSCYVVQLLNTPLNCASFTSRLVKYMGKPSAAIFPKTAPYDRIPLTKSLKKIHPLAFSGQLRNRDEGAENGLEFTIVRPFNWIGPRMDFIPGIDGPSEGVPRVQKDVSGNRVFSK

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017298`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017298

位置 Chr03:145536801-145538229 (+)

描述 Similar to AXS2: UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g08200`	与 AXS1 一起，通过氧化和还原循环，催化 UDP-D-葡萄糖醛酸转化为主要产物 UDP-D-芹菜糖和少量 UDP-D-木糖的混合物。	UDP-Api/UDP-Xyl synthases affect plant development by controlling the content of UDP-Api to regulate the RG-II-borate complex.2020 · DOI: 10.1111/tpj.14921
`At2g27860`	与 AXS2 一起，通过氧化和还原循环，催化 UDP-D-葡萄糖醛酸转化为主要产物 UDP-D-芹菜糖和少量 UDP-D-木糖的混合物。	The biosynthesis of the branched-chain sugar d-apiose in plants: functional cloning and characterization of a UDP-d-apiose/UDP-d-xylose synthase from Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2003.01841.x Deciphering the enzymatic mechanism of sugar ring contraction in UDP-apiose biosynthesis.2019 · DOI: 10.1038/s41929-019-0382-8 UDP-Api/UDP-Xyl synthases affect plant development by controlling the content of UDP-Api to regulate the RG-II-borate complex.2020 · DOI: 10.1111/tpj.14921
`At2g22310`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Ubiquitin-specific proteases from Arabidopsis thaliana: cloning of AtUBP5 and analysis of substrate specificity of AtUBP3, AtUBP4, and AtUBP5 using Escherichia coli in vivo and in vitro assays.2000 · DOI: 10.1006/abbi.2000.1874 The ubiquitin-specific protease subfamily UBP3/UBP4 is essential for pollen development and transmission in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.095323
`At4g39910`	识别并水解泛素 C 末端 Gly 的肽键。	Ubiquitin-specific proteases from Arabidopsis thaliana: cloning of AtUBP5 and analysis of substrate specificity of AtUBP3, AtUBP4, and AtUBP5 using Escherichia coli in vivo and in vitro assays.2000 · DOI: 10.1006/abbi.2000.1874 The ubiquitin-specific protease subfamily UBP3/UBP4 is essential for pollen development and transmission in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1104/pp.106.095323

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0969100`	催化UDP-D-葡萄糖醛酸转化为UDP-D-阿比奥糖和UDP-D-木糖的混合物。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

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功能注释来源：OH1004 · LXL04_017298 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009226 nucleotide-sugar biosynthetic process 生物过程

GO:0016579 protein deubiquitination 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0033320 UDP-D-xylose biosynthetic process 生物过程

GO:0033352 UDP-D-apiose biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G08200

ath:AT2G22310

ath:AT2G27860

ath:AT4G39910

dosa:Os01g0969100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.393

排名 1 · LXL04_017298 · OH-1004

细胞核0.276

排名 2 · LXL04_017298 · OH-1004

线粒体0.175

排名 3 · LXL04_017298 · OH-1004

细胞外0.097

排名 4 · LXL04_017298 · OH-1004

细胞膜0.066

排名 5 · LXL04_017298 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01370.28Epimerase33-186 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017298	`PF01370.28`	Epimerase	33	186	3e-06	27.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SGE0`	拟南芥	UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 2	50.467%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUY6`	拟南芥	UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase 1	50.463%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8LAM0`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4	81.250%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`O24454`	拟南芥	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3	81.250%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8S9Z2`	水稻	UDP-D-apiose/UDP-D-xylose synthase	45.794%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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