LXL04_017025 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_017025

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 139265713-139271890 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2319 bp · LXL04_017025|LXL04_017025|OH1004|cDNA

ATGGAGAATAATAATGTTGATATCGAAAGCGAAGGAGGAGAGAAGTTGGAGACAAATGGATCGATTTTTGAGGATAGGGATATGATTCGCGAACCACTGCTTATGAAGAGCAGAGTCAATACGACGTCGCAGATTGCCATCGTTGGTGCTAACATCTGTCCCATCGAGTCTCTTGATTACGAGATTGTAGAAAACGATCTGTTCAAGCAGGATTGGAGATCCAGGAAGAAGGTGCAGATATTTCAATACGTCGTTTTGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

2319 bp · LXL04_017025|LXL04_017025|OH1004|CDS

ATGGAGAATAATAATGTTGATATCGAAAGCGAAGGAGGAGAGAAGTTGGAGACAAATGGATCGATTTTTGAGGATAGGGATATGATTCGCGAACCACTGCTTATGAAGAGCAGAGTCAATACGACGTCGCAGATTGCCATCGTTGGTGCTAACATCTGTCCCATCGAGTCTCTTGATTACGAGATTGTAGAAAACGATCTGTTCAAGCAGGATTGGAGATCCAGGAAGAAGGTGCAGATATTTCAATACGTCGTTTTGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

772 aa · LXL04_017025|LXL04_017025|OH1004|PROTEIN

MENNNVDIESEGGEKLETNGSIFEDRDMIREPLLMKSRVNTTSQIAIVGANICPIESLDYEIVENDLFKQDWRSRKKVQIFQYVVLKWTLVLLIGIATGLVAFFNNIAVENIAGFKLLLTGNLMLKQKYFQAFAALAGCNVVLATCAGVLCAYVAPAAAGSGIPEVKAYLNGVDAHSILAPSTLFVKIFGSIFGVAAGFVVGKEGPMVHTGACIANLLGQGGSRKYHLTWKWLRYFKNDRDRRDLITCGAAAGVAAAFRA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_017025`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_017025

位置 Chr03:139265713-139271890 (+)

描述 Similar to CLC-C: Chloride channel protein CLC-c

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g49890`	电压门控氯通道。	暂无已核实直接文献
`At5g33280`	推测的电压门控氯通道。	暂无已核实直接文献
`At3g27170`	电压门控氯通道。	暂无已核实直接文献
`At5g40890`	电压门控氯离子通道，可在硝酸盐含量调节中发挥作用。	Disruption of putative anion channel gene AtCLC-a in Arabidopsis suggests a role in the regulation of nitrate content.2000 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2000.00680.x
`At5g26240`	电压门控氯通道。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_017025 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006821 chloride transport 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010167 response to nitrate 生物过程

GO:0015706 nitrate transmembrane transport 生物过程

GO:0045824 negative regulation of innate immune response 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005802 trans-Golgi network 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009705 plant-type vacuole membrane 细胞组分

GO:0034707 chloride channel complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G27170

ath:AT5G26240

ath:AT5G33280

ath:AT5G40890

ath:AT5G49890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.354

排名 1 · LXL04_017025 · OH-1004

细胞膜0.299

排名 2 · LXL04_017025 · OH-1004

细胞质0.221

排名 3 · LXL04_017025 · OH-1004

高尔基体0.129

排名 4 · LXL04_017025 · OH-1004

内质网0.122

排名 5 · LXL04_017025 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00654.26Voltage_CLC144-558 aa

PF00571.34CBS705-755 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_017025	`PF00654.26`	Voltage_CLC	144	558	3.5e-81	273.8
LXL04_017025	`PF00571.34`	CBS	705	755	1.1e-07	32.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q96282`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-c	76.486%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P60300`	拟南芥	Putative chloride channel-like protein CLC-g	61.949%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P92942`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-b	54.440%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P92941`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-a	53.995%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`P92943`	拟南芥	Chloride channel protein CLC-d	48.747%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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