LXL04_016923 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016923

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 136926445-136939498 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4908 bp · LXL04_016923|LXL04_016923|OH1004|cDNA

ATGGGGACCGGATTCAGATCTGGGTGTCGTTTACTGATTATAATCGCGGTTTGTATAATAGTCTGTGGCTACTCGGTTTCAGCAGAGACTCAACGACCCAAGAATGTACAAGTTGCTCTTCGTGCCAAATGGCCTGGAACCTCACTCCTCCTCGAAGCCGGTGAACTACTATCTAAACAATGGAAAGACCTTTTCTGGGAATTCATCGAATCATGGATTAACAACGAAAGTGGAAACATAGATCCTTACACAGCCAAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4908 bp · LXL04_016923|LXL04_016923|OH1004|CDS

ATGGGGACCGGATTCAGATCTGGGTGTCGTTTACTGATTATAATCGCGGTTTGTATAATAGTCTGTGGCTACTCGGTTTCAGCAGAGACTCAACGACCCAAGAATGTACAAGTTGCTCTTCGTGCCAAATGGCCTGGAACCTCACTCCTCCTCGAAGCCGGTGAACTACTATCTAAACAATGGAAAGACCTTTTCTGGGAATTCATCGAATCATGGATTAACAACGAAAGTGGAAACATAGATCCTTACACAGCCAAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1635 aa · LXL04_016923|LXL04_016923|OH1004|PROTEIN

MGTGFRSGCRLLIIIAVCIIVCGYSVSAETQRPKNVQVALRAKWPGTSLLLEAGELLSKQWKDLFWEFIESWINNESGNIDPYTAKDCLQKISNYGKSLVTGPLASLFELSLTLRSSSPRLVLYQQLAEESLSSFPLSDDINPSPGGKCCWVDTGGALFFDVPELQSWLRDPHKNGDGFQQPELFDFDHVHFDSSNGSPIAILYGALGTDCFKEFHRTLVEAAKEGKVKYVLRPVLPSGCESKTGHCGAIGTKDPVNLGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016923`
TK1151 ID	TkA02G092710
OH-1004 ID	LXL04_016923
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 93.548 / OH-1004 21.284 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016923

位置 Chr03:136926445-136939498 (+)

描述 Similar to UGGT: UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71220`	识别具有轻微折叠缺陷的糖蛋白。	Allele-specific suppression of a defective brassinosteroid receptor reveals a physiological role of UGGT in ER quality control.2007 · DOI: 10.1016/j.molcel.2007.05.015 Specific ER quality control components required for biogenesis of the plant innate immune receptor EFR.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0905532106 Receptor quality control in the endoplasmic reticulum for plant innate immunity.2009 · DOI: 10.1038/emboj.2009.263

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016923 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009101 glycoprotein biosynthetic process 生物过程

GO:0009306 protein secretion 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0009751 response to salicylic acid 生物过程

GO:0046283 anthocyanin-containing compound metabolic process 生物过程

GO:0051084 'de novo' post-translational protein folding 生物过程

GO:1904380 endoplasmic reticulum mannose trimming 生物过程

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G71220

dme:Dmel_CG6850

hsa:56886

mmu:320011

rno:171129

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.695

排名 1 · LXL04_016923 · OH-1004

高尔基体0.251

排名 2 · LXL04_016923 · OH-1004

细胞质0.093

排名 3 · LXL04_016923 · OH-1004

细胞核0.081

排名 4 · LXL04_016923 · OH-1004

细胞膜0.047

排名 5 · LXL04_016923 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18400.8Thioredoxin_1247-243 aa

PF18401.8Thioredoxin_13331-446 aa

PF18402.8Thioredoxin_14459-721 aa

PF18403.8Thioredoxin_15741-979 aa

PF06427.18UDP-g_GGTase1140-1239 aa

PF18404.8Glyco_transf_241295-1517 aa

PF01501.27Glyco_transf_81306-1421 aa

PF18404.8Glyco_transf_241520-1588 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016923	`PF18400.8`	Thioredoxin_12	47	243	5.8e-50	170.5
LXL04_016923	`PF18401.8`	Thioredoxin_13	331	446	1.7e-34	119.3
LXL04_016923	`PF18402.8`	Thioredoxin_14	459	721	2e-60	205.6
LXL04_016923	`PF18403.8`	Thioredoxin_15	741	979	1.1e-38	134.1
LXL04_016923	`PF06427.18`	UDP-g_GGTase	1140	1239	5.3e-27	94.7
LXL04_016923	`PF18404.8`	Glyco_transf_24	1295	1517	5.4e-136	453.0
LXL04_016923	`PF01501.27`	Glyco_transf_8	1306	1421	2.2e-06	28.1
LXL04_016923	`PF18404.8`	Glyco_transf_24	1520	1588	5.4e-136	453.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q0WL80`	拟南芥	UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase	67.766%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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