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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_016896
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 136302424-136305633 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2364 bp · LXL04_016896|LXL04_016896|OH1004|cDNA

ATGAAAGCGAGGGTTCGATCCGTCGTCGAGAATGGGAGCCTTCTCTTTCAGCAAAACAGCAAGATAACCCAGTTTAGCAAATCGGGTAGGGTTGAAGAAGCCTGTAAATTATTCAACGAAATGACTCATCGGAACACTGTGACATTCAACTCCATGATCTCTGCCTACGCGAAAAATAGAAGGATCAACGATGCGTTAAACTTGTTTGATAAAATGCCTCGACGCAATCTTGTTTCTTGGAACACAATGATATCGGGTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

2364 bp · LXL04_016896|LXL04_016896|OH1004|CDS

ATGAAAGCGAGGGTTCGATCCGTCGTCGAGAATGGGAGCCTTCTCTTTCAGCAAAACAGCAAGATAACCCAGTTTAGCAAATCGGGTAGGGTTGAAGAAGCCTGTAAATTATTCAACGAAATGACTCATCGGAACACTGTGACATTCAACTCCATGATCTCTGCCTACGCGAAAAATAGAAGGATCAACGATGCGTTAAACTTGTTTGATAAAATGCCTCGACGCAATCTTGTTTCTTGGAACACAATGATATCGGGTTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

787 aa · LXL04_016896|LXL04_016896|OH1004|PROTEIN

MKARVRSVVENGSLLFQQNSKITQFSKSGRVEEACKLFNEMTHRNTVTFNSMISAYAKNRRINDALNLFDKMPRRNLVSWNTMISGCLHNERVEKARQLLDQMPQRDIFTWTLMITCYTRNGELEKARNLFNSMPDKMNPACWNAMISGYVNHRKLKEARQMFDEMPVKDLVSWNSMLGGYTQTGEMSLALNFFDQIPVKDVVSWNLIVDGFSQIGDCNSAWRFFKNIPNPNIVSWVTILSALGKNGQIKDARKLLDEMP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_016896
TK1151 IDTkA02G094560
OH-1004 IDLXL04_016896
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)95.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 39.489 / OH-1004 34.943
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_016896
位置Chr03:136302424-136305633 (+)
描述Similar to PCMP-H24: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At1g09410 含五肽重复的蛋白At1g09410，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g56690 Pentatricopeptide重复含蛋白At1g56690，线粒体。 暂无已核实直接文献
At2g35030 含五重复肽的蛋白 At2g35030，线粒体。 暂无已核实直接文献
At1g62260 含五重复肽的蛋白质 At1g62260，线粒体。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016896 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0048731 system development 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G09410
ath:AT4G02750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.670
排名 1 · LXL04_016896 · OH-1004
质体0.166
排名 2 · LXL04_016896 · OH-1004
细胞核0.084
排名 3 · LXL04_016896 · OH-1004
细胞质0.039
排名 4 · LXL04_016896 · OH-1004
细胞膜0.008
排名 5 · LXL04_016896 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23276.3TPR_2436-134 aa
PF13041.13PPR_244-77 aa
PF12854.14PPR_144-72 aa
PF01535.27PPR47-76 aa
PF13041.13PPR_276-107 aa
PF01535.27PPR78-107 aa
PF13041.13PPR_2106-137 aa
PF12854.14PPR_1106-134 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_016896PF23276.3TPR_24361346.8e-2691.5
LXL04_016896PF13041.13PPR_244773.9e-129421.4
LXL04_016896PF12854.14PPR_144723.4e-102334.5
LXL04_016896PF01535.27PPR47762.4e-142454.4
LXL04_016896PF13041.13PPR_2761073.9e-129421.4
LXL04_016896PF01535.27PPR781072.4e-142454.4
LXL04_016896PF13041.13PPR_21061373.9e-129421.4
LXL04_016896PF12854.14PPR_11061343.4e-102334.5
LXL04_016896PF01535.27PPR1091362.4e-142454.4
LXL04_016896PF13041.13PPR_21411683.9e-129421.4
LXL04_016896PF01535.27PPR1421692.4e-142454.4
LXL04_016896PF01535.27PPR1721982.4e-142454.4
LXL04_016896PF12854.14PPR_12302593.4e-102334.5
LXL04_016896PF13041.13PPR_22312643.9e-129421.4
LXL04_016896PF01535.27PPR2342642.4e-142454.4
LXL04_016896PF13041.13PPR_22622943.9e-129421.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SY02拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275038.072%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q56XI1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09410, mitochondrial38.569%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9FXB9拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g56690, mitochondrial38.146%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O64766拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g35030, mitochondrial37.361%Swiss-Prot中等数据库同源证据
O04590拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62260, mitochondrial34.545%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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