LXL04_016348 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_016348

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 119959637-119961842 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2123 bp · LXL04_016348|LXL04_016348|OH1004|cDNA

ataaataaaatcttATATGTAACTAAACGTAATTGTATTTTGATTTATATTTTACCTTTCTATAAAGCTGAAGCAATTTCATATTCCATTCAACACGATTTCTCCAACTGTCCTTTCTACACTCATCGTCTACTAGCAGTTCCTGCAACAATGGCGGAAATAAGCAACACCATGGTTCAAGTTGAAAATGATACCAACAACCACAAACCGCTGTTTCCGCCTATCGTTTCATCTTACAACGAAAAAATACGTCCCATTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2073 bp · LXL04_016348|LXL04_016348|OH1004|CDS

TTGATTTATATTTTACCTTTCTATAAAGCTGAAGCAATTTCATATTCCATTCAACACGATTTCTCCAACTGTCCTTTCTACACTCATCGTCTACTAGCAGTTCCTGCAACAATGGCGGAAATAAGCAACACCATGGTTCAAGTTGAAAATGATACCAACAACCACAAACCGCTGTTTCCGCCTATCGTTTCATCTTACAACGAAAAAATACGTCCCATTCTTGATGCCGTCGACAAGCTACGACGTCTCAACGTCGCCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

690 aa · LXL04_016348|LXL04_016348|OH1004|PROTEIN

MIYILPFYKAEAISYSIQHDFSNCPFYTHRLLAVPATMAEISNTMVQVENDTNNHKPLFPPIVSSYNEKIRPILDAVDKLRRLNVAQEGIPLPAIVVVGDQSSGKSSVLESLAGISLPRGQNICTRVPLIMRLQNHSDPFPELVLEYQKKSVTIMKESQISDAIDKATLEIAGDNKGISNVPLTLVVKKSGVPNLTMIDLPGIARVAVGDQPENIYEQISDMIMEYIKPEESIILNVLAANVDFATCESICMSRRVDSTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_016348`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_016348

位置 Chr03:119959637-119961842 (+)

描述 Similar to DRP4C: Dynamin-related protein 4C

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g60500`	假定的微管相关力产生蛋白，能够结合并水解GTP。	暂无已核实直接文献
`At1g60530`	假定的动力蛋白相关蛋白4A。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016348 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009615 response to virus 生物过程

GO:0031623 receptor internalization 生物过程

GO:0043330 response to exogenous dsRNA 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003924 GTPase activity 分子功能

GO:0005525 GTP binding 分子功能

GO:0008017 microtubule binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G60500

ath:AT1G60530

ipu:100304652

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.613

排名 1 · LXL04_016348 · OH-1004

细胞核0.311

排名 2 · LXL04_016348 · OH-1004

细胞膜0.084

排名 3 · LXL04_016348 · OH-1004

内质网0.069

排名 4 · LXL04_016348 · OH-1004

线粒体0.062

排名 5 · LXL04_016348 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00350.30Dynamin_N95-269 aa

PF01031.26Dynamin_M278-556 aa

PF02212.24GED598-686 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_016348	`PF00350.30`	Dynamin_N	95	269	2.9e-41	142.0
LXL04_016348	`PF01031.26`	Dynamin_M	278	556	6.4e-60	203.5
LXL04_016348	`PF02212.24`	GED	598	686	1.8e-10	41.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZP55`	拟南芥	Dynamin-related protein 4C	54.961%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZP56`	拟南芥	Putative dynamin-related protein 4A	69.314%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情