LXL04_015610 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015610

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 77548494-77551290 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1743 bp · LXL04_015610|LXL04_015610|OH1004|cDNA

ATGGCTAACACTACAATCCTGGTGCTCTTATTTCTAATTTTGTGGGCTTCAACCACCACCGCCatcccaccaccaccaccaatTCAGTGCACCGACGGAACCACCGGCTGCACCCTCCACAACTCCTACGGCGTATGGGGTGACAGAAAAGACTGCCTTGCCTCCAACGTCATCTACCCAACGACCCAACAACAACTTCTCTCAATCGTAGCCAATGCAGCCAAAAACAAACTCAAACTCAAAGTAGTCTCCAAATTCTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1743 bp · LXL04_015610|LXL04_015610|OH1004|CDS

ATGGCTAACACTACAATCCTGGTGCTCTTATTTCTAATTTTGTGGGCTTCAACCACCACCGCCATCCCACCACCACCACCAATTCAGTGCACCGACGGAACCACCGGCTGCACCCTCCACAACTCCTACGGCGTATGGGGTGACAGAAAAGACTGCCTTGCCTCCAACGTCATCTACCCAACGACCCAACAACAACTTCTCTCAATCGTAGCCAATGCAGCCAAAAACAAACTCAAACTCAAAGTAGTCTCCAAATTCTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

580 aa · LXL04_015610|LXL04_015610|OH1004|PROTEIN

MANTTILVLLFLILWASTTTAIPPPPPIQCTDGTTGCTLHNSYGVWGDRKDCLASNVIYPTTQQQLLSIVANAAKNKLKLKVVSKFSHTIPKFACPAAGNSSVLISTEKYNSGIDIDVAGLTVTADAGVSLRDLINLVENAGLSLVAAPYWEGVSVGGVISTGAHGSSWWGKGGAVHDHVVKIDMVVPAKENEGFAKILHLDSKNQLFNAAKVSLGTLGIISKVTLSLEKGFKRSITFNFTDDGGLEDEFISHAKAHEFG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015610`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015610

位置 Chr03:77548494-77551290 (+)

描述 Similar to GULLO3: L-gulonolactone oxidase 3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g11540`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	暂无已核实直接文献
`At2g46740`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	暂无已核实直接文献
`At2g46760`	可能参与抗坏血酸的生物合成。	暂无已核实直接文献
`At2g46750`	催化 L-古洛糖-1,4-内酯氧化为抗坏血酸。	The contribution of Arabidopsis homologs of L-gulono-1,4-lactone oxidase to the biosynthesis of ascorbic acid.2010 · DOI: 10.1271/bbb.100157
`At1g32300`	可能参与抗坏血酸的生物合成。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015610 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0019853 L-ascorbic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0003885 D-arabinono-1,4-lactone oxidase activity 分子功能

GO:0016491 oxidoreductase activity 分子功能

GO:0050105 L-gulonolactone oxidase activity 分子功能

GO:0071949 FAD binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32300

ath:AT2G46740

ath:AT2G46750

ath:AT2G46760

ath:AT5G11540

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.331

排名 1 · LXL04_015610 · OH-1004

溶酶体／液泡0.273

排名 2 · LXL04_015610 · OH-1004

细胞膜0.160

排名 3 · LXL04_015610 · OH-1004

内质网0.110

排名 4 · LXL04_015610 · OH-1004

细胞质0.100

排名 5 · LXL04_015610 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01565.29FAD_binding_456-187 aa

PF04030.20ALO427-524 aa

PF22906.2GULLO2-like_3rd536-574 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015610	`PF01565.29`	FAD_binding_4	56	187	2.9e-17	63.4
LXL04_015610	`PF04030.20`	ALO	427	524	2e-15	57.9
LXL04_015610	`PF22906.2`	GULLO2-like_3rd	536	574	6.3e-20	71.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LYD8`	拟南芥	L-gulonolactone oxidase 3	64.298%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81030`	拟南芥	L-gulonolactone oxidase 5	45.927%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O81032`	拟南芥	Probable L-gulonolactone oxidase 6	46.248%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q6NQ66`	拟南芥	L-gulonolactone oxidase 2	45.375%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C614`	拟南芥	Probable L-gulonolactone oxidase 1	43.739%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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