LXL04_015566 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015566

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 75991676-75997140 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2511 bp · LXL04_015566|LXL04_015566|OH1004|cDNA

ATGGGATCCCCTGAAAAACCAAATAAATCAACCATATCAATCATCGCCTCCACCACCTCCCCACAATCTGCTGCTTTCCAAGACTCTCCTATCTTTAATTACATCAACAATCTCTCTCCTATAAAGCCTGATAAGAGGACATCAGCCACACAAGTCTTTCCCGGGCTTAATTCTCCTTCCCTTGTATTCACATCACCTCGAATCCATATACGACACCAGTCTATTGATTCAAAAAGGTCTCCATGTCATGTTACACCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2511 bp · LXL04_015566|LXL04_015566|OH1004|CDS

ATGGGATCCCCTGAAAAACCAAATAAATCAACCATATCAATCATCGCCTCCACCACCTCCCCACAATCTGCTGCTTTCCAAGACTCTCCTATCTTTAATTACATCAACAATCTCTCTCCTATAAAGCCTGATAAGAGGACATCAGCCACACAAGTCTTTCCCGGGCTTAATTCTCCTTCCCTTGTATTCACATCACCTCGAATCCATATACGACACCAGTCTATTGATTCAAAAAGGTCTCCATGTCATGTTACACCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

836 aa · LXL04_015566|LXL04_015566|OH1004|PROTEIN

MGSPEKPNKSTISIIASTTSPQSAAFQDSPIFNYINNLSPIKPDKRTSATQVFPGLNSPSLVFTSPRIHIRHQSIDSKRSPCHVTPLTNSSLNNSDNALSTVADAMNTKGSMETYGNKDDKGNGEVAPGASPTLIEQEKEDHAGNLPSCPHPIENNGKDRRFQSLNVLVDDISSQKYDQRVSRLMQPLFGHKDCGERTGSKDGNGDVMEQHPKVGQSQLGKRRRLQFEVVQETNVENDPGSNNGTQPEALESSCDNIQNT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015566`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015566

位置 Chr03:75991676-75997140 (+)

描述 Similar to TSO1: CRC domain-containing protein TSO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g22780`	可能是花特异性细胞分裂成分，是花中正确器官形成所必需的。	Regulation of meristem organization and cell division by TSO1, an Arabidopsis gene with cysteine-rich repeats.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.10.2207 TSO1 is a novel protein that modulates cytokinesis and cell expansion in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1242/dev.127.10.2219 TSO1 functions in cell division during Arabidopsis flower development.1997 · DOI: 10.1242/dev.124.3.665 Arabidopsis TSO1 regulates directional processes in cells during floral organogenesis.1998 · DOI: 10.1093/genetics/150.1.411
`At4g14770`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g22760`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At3g04850`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献
`At5g25790`	在雄性和雌性生殖组织的发育中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015566 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010235 guard mother cell cytokinesis 生物过程

GO:0010375 stomatal complex patterning 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010481 epidermal cell division 生物过程

GO:0048444 floral organ morphogenesis 生物过程

GO:0051302 regulation of cell division 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0000976 transcription cis-regulatory region binding 分子功能

GO:0003700 DNA-binding transcription factor activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G04850

ath:AT3G22760

ath:AT3G22780

ath:AT4G14770

ath:AT5G25790

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.936

排名 1 · LXL04_015566 · OH-1004

细胞质0.164

排名 2 · LXL04_015566 · OH-1004

线粒体0.020

排名 3 · LXL04_015566 · OH-1004

细胞膜0.019

排名 4 · LXL04_015566 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_015566 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03638.22TCR383-418 aa

PF03638.22TCR474-509 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015566	`PF03638.22`	TCR	383	418	1.2e-22	80.6
LXL04_015566	`PF03638.22`	TCR	474	509	1.2e-22	80.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUI3`	拟南芥	CRC domain-containing protein TSO1	32.302%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JIF5`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 2	59.649%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L548`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 3	45.385%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84JZ8`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 4	40.637%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`F4JY84`	拟南芥	Protein tesmin/TSO1-like CXC 7	44.681%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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