LXL04_015388 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015388

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 70349547-70361086 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

6405 bp · LXL04_015388|LXL04_015388|OH1004|cDNA

atGAATTATACAACATACAAAGTTGGTGAGTCTTCGTCGGCTGCTACGAATGGTAGCACTGTTAGTTCTTCCGTCCCTGCGTCTTTGCCTTTTCTGCAATCTTTTGTGGAAGACCAATCGACCATTTGTCCGACCTCAGCTCCCCTTCCGTCATGCAATCCAACTTCTCATGTTCGCCGTCGTCGTCGTGGTAGAACGACAGGATACGCAGATCTTTCACCTTCGACCATTTCTTCTACTTCTGAGCCGTCAAATATTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

6405 bp · LXL04_015388|LXL04_015388|OH1004|CDS

ATGAATTATACAACATACAAAGTTGGTGAGTCTTCGTCGGCTGCTACGAATGGTAGCACTGTTAGTTCTTCCGTCCCTGCGTCTTTGCCTTTTCTGCAATCTTTTGTGGAAGACCAATCGACCATTTGTCCGACCTCAGCTCCCCTTCCGTCATGCAATCCAACTTCTCATGTTCGCCGTCGTCGTCGTGGTAGAACGACAGGATACGCAGATCTTTCACCTTCGACCATTTCTTCTACTTCTGAGCCGTCAAATATTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

2134 aa · LXL04_015388|LXL04_015388|OH1004|PROTEIN

MNYTTYKVGESSSAATNGSTVSSSVPASLPFLQSFVEDQSTICPTSAPLPSCNPTSHVRRRRRGRTTGYADLSPSTISSTSEPSNIGLLPTFASVSHRRSTRRRVSTPVVSPPNVVGFTVPLSGPCPQNRRPRGRPRPLQQQPSISGDVMFGISLPAYVDCGDAIYTCSKCNAFFWYAERVIRDSTVSNPVYKQCCKLGAVFLSLPLDPPPLLAALFADTRFMDNIRAYNSMFAMTSFGAKIDDSLNIGHGPYIFKISGQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015388`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_015388`
位置	Chr03:70349547-70361086 (+)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_015388` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0000781 chromosome, telomeric region 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005739 mitochondrion 细胞组分 GO:0042645 mitochondrial nucleoid 细胞组分 GO:0000287 magnesium ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	hsa:80119 mmu:208084 rno:367645 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.914

排名 1 · LXL04_015388 · OH-1004

细胞质0.178

排名 2 · LXL04_015388 · OH-1004

线粒体0.036

排名 3 · LXL04_015388 · OH-1004

细胞膜0.014

排名 4 · LXL04_015388 · OH-1004

内质网0.008

排名 5 · LXL04_015388 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214.12Helitron_like_N436-619 aa

PF05970.21PIF11230-1279 aa

PF05970.21PIF11277-1412 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom1514-1560 aa

PF02689.21Herpes_Helicase1607-1651 aa

PF08646.17Rep_fac-A_C1940-2071 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015388	`PF14214.12`	Helitron_like_N	436	619	3.3e-58	197.7
LXL04_015388	`PF05970.21`	PIF1	1230	1279	2.4e-51	175.2
LXL04_015388	`PF05970.21`	PIF1	1277	1412	2.4e-51	175.2
LXL04_015388	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	1514	1560	1.4e-15	57.4
LXL04_015388	`PF02689.21`	Herpes_Helicase	1607	1651	7.3e-07	28.3
LXL04_015388	`PF08646.17`	Rep_fac-A_C	1940	2071	1.3e-06	29.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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