LXL04_015296 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015296

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 67710315-67717205 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5109 bp · LXL04_015296|LXL04_015296|OH1004|cDNA

ATGATTCTTCACctctccaccaccacctccacctccacctccacctccacctccaccgctAGACTGCACCGCAGCCTCCTCCCCTCCAAATCACACAATTTCTCCCGCGATCATCAATTCACTCGCTACCGAGCAGCATGGCAAGAGCTTGCTGGAGTATTAGTTTTCTCAGCCATTCCTTTCACCGCCGTTAAAGCAATAGCCAACAGTCCCCTTGGCGAGACTCTGCAGAGACGAATGGAGGAGAAAAAGAAAGCTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

5109 bp · LXL04_015296|LXL04_015296|OH1004|CDS

ATGATTCTTCACCTCTCCACCACCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCTCCACCGCTAGACTGCACCGCAGCCTCCTCCCCTCCAAATCACACAATTTCTCCCGCGATCATCAATTCACTCGCTACCGAGCAGCATGGCAAGAGCTTGCTGGAGTATTAGTTTTCTCAGCCATTCCTTTCACCGCCGTTAAAGCAATAGCCAACAGTCCCCTTGGCGAGACTCTGCAGAGACGAATGGAGGAGAAAAAGAAAGCTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1702 aa · LXL04_015296|LXL04_015296|OH1004|PROTEIN

MILHLSTTTSTSTSTSTSTARLHRSLLPSKSHNFSRDHQFTRYRAAWQELAGVLVFSAIPFTAVKAIANSPLGETLQRRMEEKKKAAVQNASVYKSLAENAKKYSFWYGKQRPRWLGPLPFQYPTYLDGDLPGDYGFDIAGLGQDPAAFKKYYNFEILHARWAMLGALGALIPEVLDLVGAFHFVEPVWWRVGYSKLQGETIDYLGIPGLHFAGSQGVIVIAICQALLMVGPEYARYCGIEALEPLGIYLPGDVNYPGGV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015296`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015296

位置 Chr03:67710315-67717205 (+)

描述 Similar to Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon TNT 1-94

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g76570`	光捕获复合体(LHC)作为光受体，捕获并将激发能量传递给其密切相关的光系统（可能）。	Light-harvesting complex B7 shifts the irradiance response of photosynthetic light-harvesting regulation in leaves of Arabidopsis thaliana.2014 · DOI: 10.1016/j.jplph.2013.09.007
`UniProt: Q94HW2`	来自转座子 RE1 的逆转录病毒相关 Pol 多蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g02960`	转座子RE2来源的逆转录病毒相关Pol多蛋白。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015296 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009768 photosynthesis, light harvesting in photosystem I 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009522 photosystem I 细胞组分

GO:0009523 photosystem II 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0003964 RNA-directed DNA polymerase activity 分子功能

GO:0004190 aspartic-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G76570

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.366

排名 1 · LXL04_015296 · OH-1004

线粒体0.343

排名 2 · LXL04_015296 · OH-1004

细胞质0.109

排名 3 · LXL04_015296 · OH-1004

过氧化物酶体0.105

排名 4 · LXL04_015296 · OH-1004

细胞核0.044

排名 5 · LXL04_015296 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00504.29Chloroa_b-bind124-299 aa

PF13961.13DUF4219365-390 aa

PF14223.15Retrotran_gag_2377-541 aa

PF22936.2Pol_BBD698-778 aa

PF13976.12gag_pre-integrs806-873 aa

PF00665.33rve887-988 aa

PF29688.1TnsB_C954-1007 aa

PF25597.2SH3_retrovirus1061-1123 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015296	`PF00504.29`	Chloroa_b-bind	124	299	6.7e-41	141.2
LXL04_015296	`PF13961.13`	DUF4219	365	390	8.7e-07	29.2
LXL04_015296	`PF14223.15`	Retrotran_gag_2	377	541	3.6e-12	47.1
LXL04_015296	`PF22936.2`	Pol_BBD	698	778	1.2e-24	87.1
LXL04_015296	`PF13976.12`	gag_pre-integrs	806	873	3.8e-18	65.7
LXL04_015296	`PF00665.33`	rve	887	988	1e-11	45.7
LXL04_015296	`PF29688.1`	TnsB_C	954	1007	5.7e-06	26.9
LXL04_015296	`PF25597.2`	SH3_retrovirus	1061	1123	7.9e-18	64.7
LXL04_015296	`PF07727.20`	RVT_2	1248	1397	1.2e-72	245.1
LXL04_015296	`PF07727.20`	RVT_2	1400	1459	1.2e-72	245.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9K1`	拟南芥	Chlorophyll a-b binding protein 7, chloroplastic	80.565%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q94HW2`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE1	36.445%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9ZT94`	拟南芥	Retrovirus-related Pol polyprotein from transposon RE2	36.719%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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