LXL04_015210 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015210

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 65985933-65998078 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4791 bp · LXL04_015210|LXL04_015210|OH1004|cDNA

ATGGGCGGAGTGGGGAAGACCACAATGATGCGTAGGCTGCGAAATGTTGTGCatgaaaagaaaatgtttaattttattgttGAGGCGGTTATTGGAGAACATACGGACCCCATTGCCATCCAGGATGCTATAGCAGATTATCTCGGTGTAATGCTTAGCGAGAAAACTAAGTCGGCACGAGCTGATAAGCTTCGTCATGGGTTCAATGACAAATCAGATGGAGGTAAAAACAAGTTCCTTGTAATACTGGATGATGTTTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4791 bp · LXL04_015210|LXL04_015210|OH1004|CDS

ATGGGCGGAGTGGGGAAGACCACAATGATGCGTAGGCTGCGAAATGTTGTGCATGAAAAGAAAATGTTTAATTTTATTGTTGAGGCGGTTATTGGAGAACATACGGACCCCATTGCCATCCAGGATGCTATAGCAGATTATCTCGGTGTAATGCTTAGCGAGAAAACTAAGTCGGCACGAGCTGATAAGCTTCGTCATGGGTTCAATGACAAATCAGATGGAGGTAAAAACAAGTTCCTTGTAATACTGGATGATGTTTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1596 aa · LXL04_015210|LXL04_015210|OH1004|PROTEIN

MGGVGKTTMMRRLRNVVHEKKMFNFIVEAVIGEHTDPIAIQDAIADYLGVMLSEKTKSARADKLRHGFNDKSDGGKNKFLVILDDVWQSIDMEDIGLSPLPNQGVNFKVLLTSRDRHVCTIMGVDGNSIFNVKLLTEAESQSLFWRFVDRSDPELHNIGEDIVRKCCHLPIAIKTMACTLRDKSKDAWKDALSRLERHENDNIASKVFETSYENLPDEETKSTFLICGLFPEDFNIPIEELLWYGWGLKSFKKVYTIREA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015210`
TK1151 ID	TkA02G356040
OH-1004 ID	LXL04_015210
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	80.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 90.710 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015210

位置 Chr03:65985933-65998078 (+)

描述 Similar to At4g27220: Probable disease resistance protein At4g27220

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g27220`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g26090`	疾病抗性（R）蛋白，能特异性识别来自铜绿假单胞菌（Pseudomonas syringae）的AvrRpt2 III型效应子致病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At4g27190`	抗病蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g15890`	可能的疾病抗性蛋白。	暂无已核实直接文献
`At1g61180`	通过水杨酸（SA）信号通路参与病害抵抗。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015210 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002220 innate immune response activating cell surface receptor signaling pathway 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0016045 detection of bacterium 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0005524 ATP binding 分子功能

GO:0043531 ADP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G15890

ath:AT1G61180

ath:AT4G26090

ath:AT4G27190

ath:AT4G27220

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.411

排名 1 · LXL04_015210 · OH-1004

细胞质0.330

排名 2 · LXL04_015210 · OH-1004

细胞核0.308

排名 3 · LXL04_015210 · OH-1004

内质网0.094

排名 4 · LXL04_015210 · OH-1004

细胞外0.040

排名 5 · LXL04_015210 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00931.29NB-ARC1-149 aa

PF23598.2LRR_14397-677 aa

PF23247.2LRR_RPS2557-650 aa

PF23247.2LRR_RPS2605-713 aa

PF23247.2LRR_RPS2733-806 aa

PF23247.2LRR_RPS2744-817 aa

PF23247.2LRR_RPS2827-904 aa

PF23247.2LRR_RPS2945-1074 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015210	`PF00931.29`	NB-ARC	1	149	2.8e-20	73.3
LXL04_015210	`PF23598.2`	LRR_14	397	677	1.1e-10	41.5
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	557	650	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	605	713	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	733	806	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	744	817	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	827	904	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	945	1074	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1026	1120	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1230	1285	3.5e-109	362.6
LXL04_015210	`PF23247.2`	LRR_RPS2	1343	1477	3.5e-109	362.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81825`	拟南芥	Probable disease resistance protein At4g27220	26.883%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q42484`	拟南芥	Disease resistance protein RPS2	26.761%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9T048`	拟南芥	Disease resistance protein At4g27190	25.707%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LMP6`	拟南芥	Probable disease resistance protein At1g15890	28.252%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q940K0`	拟南芥	Disease resistance protein UNI	28.632%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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