LXL04_015208 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_015208

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 65977727-65978346 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

531 bp · LXL04_015208|LXL04_015208|OH1004|cDNA

ATGATGAAGAAACGAGGTGAAGAATCGACAAAATTGAATGTGTGGAGTCCATATCCAGTTACTCGTTACCACAAGCCAGAAGGACATGGAAACCAAATTGATCCAGCTGAGCTTCGTGAGTTGCTTTTGAAGCATAAACCTCGTGAAACTGAAAATTTCATTGATTTAAATATCGGAATGGATTACGATGATCGATTTACTGTAGTGGAGTTGCACAAGCGGCATAATGTACAACGTATTCATGCTGCTTACTGTGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

531 bp · LXL04_015208|LXL04_015208|OH1004|CDS

ATGATGAAGAAACGAGGTGAAGAATCGACAAAATTGAATGTGTGGAGTCCATATCCAGTTACTCGTTACCACAAGCCAGAAGGACATGGAAACCAAATTGATCCAGCTGAGCTTCGTGAGTTGCTTTTGAAGCATAAACCTCGTGAAACTGAAAATTTCATTGATTTAAATATCGGAATGGATTACGATGATCGATTTACTGTAGTGGAGTTGCACAAGCGGCATAATGTACAACGTATTCATGCTGCTTACTGTGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

176 aa · LXL04_015208|LXL04_015208|OH1004|PROTEIN

MMKKRGEESTKLNVWSPYPVTRYHKPEGHGNQIDPAELRELLLKHKPRETENFIDLNIGMDYDDRFTVVELHKRHNVQRIHAAYCGGVVWEEINVMATWTQKFSFCVRFCYSPKCLRVGERFKNRGECALVRINGVVVRLGYADDTDVDIEVAAVVVAVDDLSFDQVDVGVGGAVF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_015208`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_015208

位置 Chr03:65977727-65978346 (+)

描述 Similar to LEA41: Late embryogenis abundant protein 41

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g15910`	晚期胚胎丰富蛋白41。	暂无已核实直接文献
`At4g02380`	通过最小化氧化的负面影响并在胁迫期间监测光合作用介导对氧化胁迫（例如过氧化氢H(2)O(2)、二酰胺、甲基醌和叔丁基过氧化物）的耐受。	Yeast complementation reveals a role for an Arabidopsis thaliana late embryogenesis abundant (LEA)-like protein in oxidative stress tolerance.2006 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2006.02911.x
`At1g02820`	晚期胚胎丰富蛋白 2。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_015208 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000302 response to reactive oxygen species 生物过程

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009625 response to insect 生物过程

GO:0009631 cold acclimation 生物过程

GO:0009646 response to absence of light 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02820

ath:AT4G02380

ath:AT4G15910

cit:102610022

ghi:107916177

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.392

排名 1 · LXL04_015208 · OH-1004

细胞核0.320

排名 2 · LXL04_015208 · OH-1004

线粒体0.204

排名 3 · LXL04_015208 · OH-1004

细胞膜0.100

排名 4 · LXL04_015208 · OH-1004

内质网0.068

排名 5 · LXL04_015208 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03242.19LEA_3a2-46 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_015208	`PF03242.19`	LEA_3a	2	46	1.3e-10	42.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q39084`	拟南芥	Late embryogenis abundant protein 41	47.917%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93WF6`	拟南芥	Protein SENESCENCE-ASSOCIATED GENE 21, mitochondrial	53.191%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SRX6`	拟南芥	Late embryogenis abundant protein 2	47.826%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情