LXL04_014154 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014154

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 42930168-42957503 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

11601 bp · LXL04_014154|LXL04_014154|OH1004|cDNA

ATGGCGGTTCATTCCCTCTCACCGATGCATTTGCTACCATCTCATCCGAAATTGAGCTACTCCGTTACCAACAATTCCTGCTCCTCGATTCGTTTCCTACAGAAAACAATCACAACCGGGCACATTCGTAATCATTCCGTTACAGCTACTATGTCGGTTGACGCTTACGCAGTCGGAGAGGACTTGCCGGTGGATTACGCGGATTGGCTTCGGAAAGTTGATCCTGGTGATAGGAGAAGAGCCGGAGTGCTTCTCCATCC...

CDS

下载 CDS FASTA

11601 bp · LXL04_014154|LXL04_014154|OH1004|CDS

ATGGCGGTTCATTCCCTCTCACCGATGCATTTGCTACCATCTCATCCGAAATTGAGCTACTCCGTTACCAACAATTCCTGCTCCTCGATTCGTTTCCTACAGAAAACAATCACAACCGGGCACATTCGTAATCATTCCGTTACAGCTACTATGTCGGTTGACGCTTACGCAGTCGGAGAGGACTTGCCGGTGGATTACGCGGATTGGCTTCGGAAAGTTGATCCTGGTGATAGGAGAAGAGCCGGAGTGCTTCTCCATCC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

3866 aa · LXL04_014154|LXL04_014154|OH1004|PROTEIN

MAVHSLSPMHLLPSHPKLSYSVTNNSCSSIRFLQKTITTGHIRNHSVTATMSVDAYAVGEDLPVDYADWLRKVDPGDRRRAGVLLHPTSFPGPYGIGDLGDQAFQFIDWLHEAGCSLWQVLPLVPPGRKANEEGSPYSGQDANCGNTLLISLDKLVEDGLLLKEELPEPLDTDRVNYDTVAHIKDPLIAKAAKRLISSKGDLKNQLEDFCKDPDVASWLEDAAYFAAIDDIYNSSYNWYDWPEPLKNRHLSALEDIYHSK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014154`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014154

位置 Chr03:42930168-42957503 (-)

描述 Similar to DPEP: 4-alpha-glucanotransferase, chloroplastic/amyloplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g64860`	叶绿体 α-葡聚糖转移酶参与麦芽三糖代谢。	A critical role for disproportionating enzyme in starch breakdown is revealed by a knock-out mutation in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01012.x Blocking the metabolism of starch breakdown products in Arabidopsis leaves triggers chloroplast degradation.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp093

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0627000`	叶绿体 α-葡聚糖转移酶参与麦芽三糖代谢。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014154 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000025 maltose catabolic process 生物过程

GO:0000272 polysaccharide catabolic process 生物过程

GO:0005983 starch catabolic process 生物过程

GO:0006006 glucose metabolic process 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0015074 DNA integration 生物过程

GO:0075523 viral translational frameshifting 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009501 amyloplast 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G64860

dosa:Os07g0627000

sce:YIL082W-A

sot:102595076

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.526

排名 1 · LXL04_014154 · OH-1004

细胞核0.338

排名 2 · LXL04_014154 · OH-1004

线粒体0.129

排名 3 · LXL04_014154 · OH-1004

质体0.070

排名 4 · LXL04_014154 · OH-1004

过氧化物酶体0.054

排名 5 · LXL04_014154 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02446.24Glyco_hydro_7785-553 aa

PF19259.5Ty3_capsid823-973 aa

PF03732.25PEG10_N-capsid824-896 aa

PF08284.17RVP_21083-1182 aa

PF30863.1PRO_PEG10-RTL11102-1182 aa

PF00078.33RVT_11287-1447 aa

PF17919.8RT_RNaseH_21509-1603 aa

PF17917.8RT_RNaseH1534-1633 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014154	`PF02446.24`	Glyco_hydro_77	85	553	1.2e-150	503.1
LXL04_014154	`PF19259.5`	Ty3_capsid	823	973	1e-19	71.5
LXL04_014154	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	824	896	6.5e-27	94.4
LXL04_014154	`PF08284.17`	RVP_2	1083	1182	8e-45	152.7
LXL04_014154	`PF30863.1`	PRO_PEG10-RTL1	1102	1182	3e-19	70.2
LXL04_014154	`PF00078.33`	RVT_1	1287	1447	8e-79	264.9
LXL04_014154	`PF17919.8`	RT_RNaseH_2	1509	1603	3.3e-60	201.1
LXL04_014154	`PF17917.8`	RT_RNaseH	1534	1633	9.3e-61	203.2
LXL04_014154	`PF17921.8`	Integrase_H2C2	1780	1830	6.5e-34	116.6
LXL04_014154	`PF09337.17`	zf-H2C2	1789	1827	8.5e-13	49.1
LXL04_014154	`PF00665.33`	rve	1854	1945	6.2e-18	65.7
LXL04_014154	`PF31073.1`	DUF8803	2016	2081	8.3e-17	61.5
LXL04_014154	`PF24626.2`	SH3_Tf2-1	2019	2083	2.6e-49	165.9
LXL04_014154	`PF22938.3`	Integrase_p58_C	2048	2081	4.9e-07	30.4
LXL04_014154	`PF19259.5`	Ty3_capsid	2448	2623	1e-19	71.5
LXL04_014154	`PF03732.25`	PEG10_N-capsid	2458	2536	6.5e-27	94.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LV91`	拟南芥	4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic	71.698%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8LI30`	水稻	4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic	68.906%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情