LXL04_014137 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_014137

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 42536901-42538865 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

963 bp · LXL04_014137|LXL04_014137|OH1004|cDNA

ATGTCTTCGATTGATCTGGAATCCATTTCGGAGGCCACATCAGGAGCAATTGGAGCTGTTTTAAGCACAACCATCTTGTACCCTCTTGACACCTGTAAAGCTAAGTATCAAGCTGAGGTTCGCACTCATGGTCGGCAGAAATACCGGTACCTATCAGATGTGTTGTTGGAGGCAGTATCCAGTGGTCGAGTTTTATCATTATATCAAGGGCTTGGAACAAAGAATTTGCAATCTTTTATTGCACAATTTGTATACTTTTA...

CDS

下载 CDS FASTA

963 bp · LXL04_014137|LXL04_014137|OH1004|CDS

ATGTCTTCGATTGATCTGGAATCCATTTCGGAGGCCACATCAGGAGCAATTGGAGCTGTTTTAAGCACAACCATCTTGTACCCTCTTGACACCTGTAAAGCTAAGTATCAAGCTGAGGTTCGCACTCATGGTCGGCAGAAATACCGGTACCTATCAGATGTGTTGTTGGAGGCAGTATCCAGTGGTCGAGTTTTATCATTATATCAAGGGCTTGGAACAAAGAATTTGCAATCTTTTATTGCACAATTTGTATACTTTTA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

320 aa · LXL04_014137|LXL04_014137|OH1004|PROTEIN

MSSIDLESISEATSGAIGAVLSTTILYPLDTCKAKYQAEVRTHGRQKYRYLSDVLLEAVSSGRVLSLYQGLGTKNLQSFIAQFVYFYGYSYFKRLYQVKYGTKNIGTKANLLLAASAGACTAIITQPLDTASSRMQTSAFGRSKGLWAMLTEGSWIEAFDGLGISLLLTSNPAIQYTVFDQLKQRLLDGKMKKSGNGSSPESLSAFSAFLLGAISKSIATVLTYPAIRCKVMIQAAESSDEETKENKKKPRKTILSVLDA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_014137`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_014137

位置 Chr03:42536901-42538865 (-)

描述 Similar to PNC1: Peroxisomal adenine nucleotide carrier 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g05290`	过氧化物酶体腺嘌呤核苷酸转运蛋白，催化 ATP 与 AMP 的交换。	暂无已核实直接文献
`At5g27520`	过氧化物酶体腺嘌呤核苷酸转运蛋白，催化 ATP 与 AMP 的反交换。	Proteomic identification and characterization of a novel peroxisomal adenine nucleotide transporter supplying ATP for fatty acid beta-oxidation in soybean and Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062877 Peroxisomal ATP import is essential for seedling development in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.062042

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_014137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001561 fatty acid alpha-oxidation 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0015866 ADP transport 生物过程

GO:0015867 ATP transport 生物过程

GO:0015908 fatty acid transport 生物过程

GO:0035349 coenzyme A transmembrane transport 生物过程

GO:0035350 FAD transmembrane transport 生物过程

GO:0043132 NAD transport 生物过程

GO:0080024 indolebutyric acid metabolic process 生物过程

GO:0080121 AMP transport 生物过程

GO:0090351 seedling development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G05290

ath:AT5G27520

gmx:100301879

hsa:10478

mmu:20524

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

过氧化物酶体0.692

排名 1 · LXL04_014137 · OH-1004

线粒体0.184

排名 2 · LXL04_014137 · OH-1004

内质网0.069

排名 3 · LXL04_014137 · OH-1004

细胞质0.052

排名 4 · LXL04_014137 · OH-1004

质体0.050

排名 5 · LXL04_014137 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00153.33Mito_carr8-97 aa

PF00153.33Mito_carr109-188 aa

PF00153.33Mito_carr203-296 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_014137	`PF00153.33`	Mito_carr	8	97	1.8e-40	137.3
LXL04_014137	`PF00153.33`	Mito_carr	109	188	1.8e-40	137.3
LXL04_014137	`PF00153.33`	Mito_carr	203	296	1.8e-40	137.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9MA90`	拟南芥	Peroxisomal adenine nucleotide carrier 1	74.528%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VZS0`	拟南芥	Peroxisomal adenine nucleotide carrier 2	75.633%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情