LXL04_013950 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013950

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 38989101-38993057 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2526 bp · LXL04_013950|LXL04_013950|OH1004|cDNA

ATGGCTTCTTCAAGTGCGATCATGAAACGATCCGAATCCGTAATTGACACTATGCCCGAAGCGTTAAGAGAAAGCCGGTATCACATGAAAAAATGCTTTCTAAAATACTTAGAAAAAGGAAAGCGAATGATGAAATTGCACCATTTGATGCAAGAAATGGAGAGTATCATTGAGGACAAAGACGAAAAGGCTCAAGTCTTGGAAGGCTTACTTGGCTACATCTTGTGCACCACTCAGGAAGCTGCCATTGTTCCTCCTTT...

CDS

下载 CDS FASTA

2526 bp · LXL04_013950|LXL04_013950|OH1004|CDS

ATGGCTTCTTCAAGTGCGATCATGAAACGATCCGAATCCGTAATTGACACTATGCCCGAAGCGTTAAGAGAAAGCCGGTATCACATGAAAAAATGCTTTCTAAAATACTTAGAAAAAGGAAAGCGAATGATGAAATTGCACCATTTGATGCAAGAAATGGAGAGTATCATTGAGGACAAAGACGAAAAGGCTCAAGTCTTGGAAGGCTTACTTGGCTACATCTTGTGCACCACTCAGGAAGCTGCCATTGTTCCTCCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

841 aa · LXL04_013950|LXL04_013950|OH1004|PROTEIN

MASSSAIMKRSESVIDTMPEALRESRYHMKKCFLKYLEKGKRMMKLHHLMQEMESIIEDKDEKAQVLEGLLGYILCTTQEAAIVPPFVAFAIRPNPGFWEFVKVNSNTLAVEGITATDYLKFKESIVDETWANDENALELDFGSMNFKLPTMSLSSSIGHGVNFASKFITSKLYAQSGGQQLLVDYLLSLNHQGEKIMVNETLNTVSKLQAALIVAHAALSSLSNDTPYQSFELRFQQWGFEKGWGDNAERVRETIGFLL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013950`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013950

位置 Chr03:38989101-38993057 (+)

描述 Similar to SUS6: Sucrose synthase 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73370`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	Normal growth of Arabidopsis requires cytosolic invertase but not sucrose synthase.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0900689106
`At5g37180`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	Normal growth of Arabidopsis requires cytosolic invertase but not sucrose synthase.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0900689106

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os04g0249500`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	暂无已核实直接文献
`Os04g0309600`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	暂无已核实直接文献
`Os02g0831500`	蔗糖裂解酶，为各种代谢途径提供 UDP-葡萄糖和果糖。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013950 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005985 sucrose metabolic process 生物过程

GO:0080165 callose deposition in phloem sieve plate 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016157 sucrose synthase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G73370

dosa:Os02g0831500

dosa:Os04g0249500

dosa:Os04g0309600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.533

排名 1 · LXL04_013950 · OH-1004

细胞核0.229

排名 2 · LXL04_013950 · OH-1004

线粒体0.138

排名 3 · LXL04_013950 · OH-1004

过氧化物酶体0.079

排名 4 · LXL04_013950 · OH-1004

内质网0.076

排名 5 · LXL04_013950 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24861.3SUS_N10-124 aa

PF24862.2SUS_EPBD160-247 aa

PF00862.27GT-B_Sucrose_synth270-558 aa

PF00534.27Glycos_transf_1569-733 aa

PF13692.13Glyco_trans_1_4577-731 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013950	`PF24861.3`	SUS_N	10	124	1.1e-47	161.7
LXL04_013950	`PF24862.2`	SUS_EPBD	160	247	2.1e-26	92.9
LXL04_013950	`PF00862.27`	GT-B_Sucrose_synth	270	558	2e-168	559.3
LXL04_013950	`PF00534.27`	Glycos_transf_1	569	733	3e-28	99.2
LXL04_013950	`PF13692.13`	Glyco_trans_1_4	577	731	1.3e-12	48.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FX32`	拟南芥	Sucrose synthase 6	69.682%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4K5W8`	拟南芥	Sucrose synthase 5	69.663%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7XNX6`	水稻	Sucrose synthase 7	68.434%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`H6TFZ4`	水稻	Sucrose synthase 5	68.187%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q6K973`	水稻	Sucrose synthase 6	67.123%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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