LXL04_013825 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013825

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 36490102-36491437 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

495 bp · LXL04_013825|LXL04_013825|OH1004|cDNA

ATGATCGCTCAAACAAGTTCAGGATCAGAGATTCTAAATTGTCACATCCAGATAAAACAATGGTGGATTCCAAtcatctctcttcttcttcttctgatcCAATCGTGTAACGCAGAATCAGAAATCATCACCATTGATGTTCACAAAGCGAAATATCTTCTCAGCAATGGCAACTACCGTTACCTTGACGTCAGGACTTCGGAAGAGTTCATGAAAGGGCATATCGAATTCAATGATGCTCTTAATATTCCTTACATGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

495 bp · LXL04_013825|LXL04_013825|OH1004|CDS

ATGATCGCTCAAACAAGTTCAGGATCAGAGATTCTAAATTGTCACATCCAGATAAAACAATGGTGGATTCCAATCATCTCTCTTCTTCTTCTTCTGATCCAATCGTGTAACGCAGAATCAGAAATCATCACCATTGATGTTCACAAAGCGAAATATCTTCTCAGCAATGGCAACTACCGTTACCTTGACGTCAGGACTTCGGAAGAGTTCATGAAAGGGCATATCGAATTCAATGATGCTCTTAATATTCCTTACATGTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

164 aa · LXL04_013825|LXL04_013825|OH1004|PROTEIN

MIAQTSSGSEILNCHIQIKQWWIPIISLLLLLIQSCNAESEIITIDVHKAKYLLSNGNYRYLDVRTSEEFMKGHIEFNDALNIPYMFTTPQGRVKNVNFMKQVLSLYNMDDRLIVGCQSGVRSVYATTVLLDEGFKHVYNMGGGYLAWIENALPVDVVTPKVEL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013825`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013825

位置 Chr03:36490102-36491437 (+)

描述 Similar to STR18: Thiosulfate sulfurtransferase 18

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g66170`	催化硫离子从供体转移到氰化物或其他硫醇化合物。	暂无已核实直接文献
`At2g17850`	含硫醇铁杂蛋白样结构域的蛋白质 17。	暂无已核实直接文献
`At2g21045`	对砷耐受性至关重要的砷酸还原酶。	暂无已核实直接文献
`At4g35770`	含有硫氰酸酶样结构域的蛋白15，叶绿体型。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013825 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0009753 response to jasmonic acid 生物过程

GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程

GO:0071722 detoxification of arsenic-containing substance 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009579 thylakoid 细胞组分

GO:0003824 catalytic activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G17850

ath:AT2G21045

ath:AT4G35770

ath:AT5G66170

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.219

排名 1 · LXL04_013825 · OH-1004

细胞外0.165

排名 2 · LXL04_013825 · OH-1004

内质网0.158

排名 3 · LXL04_013825 · OH-1004

细胞质0.143

排名 4 · LXL04_013825 · OH-1004

质体0.093

排名 5 · LXL04_013825 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00581.26Rhodanese48-150 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013825	`PF00581.26`	Rhodanese	48	150	4.7e-15	56.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FKW8`	拟南芥	Thiosulfate sulfurtransferase 18	52.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4IPI4`	拟南芥	Rhodanese-like domain-containing protein 17	53.333%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8RUD6`	拟南芥	Protein HIGH ARSENIC CONTENT 1, mitochondrial	52.586%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38853`	拟南芥	Rhodanese-like domain-containing protein 15, chloroplastic	46.018%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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