LXL04_013346 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013346

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 28176807-28179741 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1341 bp · LXL04_013346|LXL04_013346|OH1004|cDNA

ATGGTTTTCACATCCCAACAACCACTTTTAAATCGCACTTCATTTTTTACTATTTATATGGGCGTCGTTATAACCTCTCCTTTTATCATCAAGTTATGCCACATGTTTTCGTTTCTTACAAAACTGCAGGGTCCAATCATACAAATTTTAAGTATTGATAAACTGTTAGAAGGAATAACTTCCTTTTACTCACTTATCGATCACCGTGAAAGAATTACCAGCATGCGATTGTTTCCTCTaaaagaaacaacaatattACG...

CDS

下载 CDS FASTA

1341 bp · LXL04_013346|LXL04_013346|OH1004|CDS

ATGGTTTTCACATCCCAACAACCACTTTTAAATCGCACTTCATTTTTTACTATTTATATGGGCGTCGTTATAACCTCTCCTTTTATCATCAAGTTATGCCACATGTTTTCGTTTCTTACAAAACTGCAGGGTCCAATCATACAAATTTTAAGTATTGATAAACTGTTAGAAGGAATAACTTCCTTTTACTCACTTATCGATCACCGTGAAAGAATTACCAGCATGCGATTGTTTCCTCTAAAAGAAACAACAATATTACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

446 aa · LXL04_013346|LXL04_013346|OH1004|PROTEIN

MVFTSQQPLLNRTSFFTIYMGVVITSPFIIKLCHMFSFLTKLQGPIIQILSIDKLLEGITSFYSLIDHRERITSMRLFPLKETTILRDKTEVNDNVLVTSSCDNSIRIWWRGSCQRLFRGHKGAVTILSDKLLGDGSGKVFASGGEDTTVRIWSLSSRKKRDPHALKATLYGHEKPLVFMAVTGHNSSLLTTMSTDSMVRVWDTTVSSDHSSCCVGMTSVHGAPVGIKCHDSLVYIASGSSFEAVDLRTMKTAFKTSTNQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013346`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013346

位置 Chr03:28176807-28179741 (-)

描述 Similar to Taf5l: TAF5-like RNA polymerase II p300/CBP-associated factor-associated factor 65 kDa subunit 5L

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g25150`	TAF 是转录因子 IID (TFIID) 复合物的组成部分，对于介导 RNA 聚合酶转录的调节至关重要。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013346 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006366 transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0006367 transcription initiation at RNA polymerase II promoter 生物过程

GO:0008593 regulation of Notch signaling pathway 生物过程

GO:0010826 negative regulation of centrosome duplication 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0045746 negative regulation of Notch signaling pathway 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G25150

cel:CELE_F55B12.3

ddi:DDB_G0287273

hsa:27097

mmu:102162

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.454

排名 1 · LXL04_013346 · OH-1004

细胞质0.368

排名 2 · LXL04_013346 · OH-1004

线粒体0.095

排名 3 · LXL04_013346 · OH-1004

内质网0.078

排名 4 · LXL04_013346 · OH-1004

细胞膜0.074

排名 5 · LXL04_013346 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24807.2WD40_CDC20-Fz90-210 aa

PF24814.2WD40_Prp1992-159 aa

PF24817.2WD40_WDHD1_1st93-160 aa

PF25047.1Beta-prop_TEP1_2nd93-221 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd94-205 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st95-204 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st112-241 aa

PF00400.39WD40112-154 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013346	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	90	210	7e-09	36.1
LXL04_013346	`PF24814.2`	WD40_Prp19	92	159	4.7e-15	56.1
LXL04_013346	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	93	160	1.6e-11	44.7
LXL04_013346	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	93	221	6.5e-08	32.8
LXL04_013346	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	94	205	2.5e-09	37.5
LXL04_013346	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	95	204	7.3e-10	39.4
LXL04_013346	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	112	241	2.3e-19	70.6
LXL04_013346	`PF00400.39`	WD40	112	154	1e-14	55.0
LXL04_013346	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	137	273	6e-21	75.4
LXL04_013346	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	137	253	3e-16	60.3
LXL04_013346	`PF24814.2`	WD40_Prp19	138	260	4.7e-15	56.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6S7B0`	拟南芥	Transcription initiation factor TFIID subunit 5	31.915%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情