LXL04_013108 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_013108

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 24242044-24244640 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1368 bp · LXL04_013108|LXL04_013108|OH1004|cDNA

ATGGCGTTAACAACTCCGATTACCTCATCTTCACAGTTAATTCAGTTACCAGTGATTCACCCGTTATCTTTGTCTCATTACGTTCCGTTTAGGGGATACGCCTTGATCCGGTCAAAATTTCAAGTGATCGCTCTGCGGAACGCTGTGAGTTCGGTGTTTCCTGTTCCATCGAAAGTCTCGTCGACTGTTAGCTTTAGGTGTTGTGCAAAATCGACAGAGGAGAGAGAGGCGGAGACTTTAACAAGTGACAACGATGATAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1368 bp · LXL04_013108|LXL04_013108|OH1004|CDS

ATGGCGTTAACAACTCCGATTACCTCATCTTCACAGTTAATTCAGTTACCAGTGATTCACCCGTTATCTTTGTCTCATTACGTTCCGTTTAGGGGATACGCCTTGATCCGGTCAAAATTTCAAGTGATCGCTCTGCGGAACGCTGTGAGTTCGGTGTTTCCTGTTCCATCGAAAGTCTCGTCGACTGTTAGCTTTAGGTGTTGTGCAAAATCGACAGAGGAGAGAGAGGCGGAGACTTTAACAAGTGACAACGATGATAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

455 aa · LXL04_013108|LXL04_013108|OH1004|PROTEIN

MALTTPITSSSQLIQLPVIHPLSLSHYVPFRGYALIRSKFQVIALRNAVSSVFPVPSKVSSTVSFRCCAKSTEEREAETLTSDNDDNSREETHLRSNDSVKVEDGGSRKNIPSLSDALNLGIREPVYEVVEVSSTGMVSTRKINRRDLLKSSGLRPRDIRSVDPSLWLTNTMPSLLVRENAILLNLGALRAIAMQESVFIFNYNRRAGKAFIDALLPRLNPKSTHGGPVMPFELEVVEAALHSRIQRFEDKLMELDPRVQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_013108`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_013108

位置 Chr03:24242044-24244640 (-)

描述 Similar to MRS2-11: Magnesium transporter MRS2-11, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22830`	高亲和力镁转运蛋白，介导叶绿体中镁的流入。	A novel family of magnesium transport genes in Arabidopsis.2001 · DOI: 10.1105/tpc.010352

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0684400`	镁转运蛋白，可能介导叶绿体中的镁流入。	暂无已核实直接文献
`UniProt: B8APK3`	镁转运蛋白，可能介导叶绿体中的镁流入。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_013108 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010117 photoprotection 生物过程

GO:0010960 magnesium ion homeostasis 生物过程

GO:0015693 magnesium ion transport 生物过程

GO:0045016 mitochondrial magnesium ion transmembrane transport 生物过程

GO:1903830 magnesium ion transmembrane transport 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005743 mitochondrial inner membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009941 chloroplast envelope 细胞组分

GO:0031969 chloroplast membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ago:AGOS_ADR359W

ath:AT5G22830

dosa:Os03g0684400

spo:2540385

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.972

排名 1 · LXL04_013108 · OH-1004

细胞核0.024

排名 2 · LXL04_013108 · OH-1004

线粒体0.024

排名 3 · LXL04_013108 · OH-1004

过氧化物酶体0.023

排名 4 · LXL04_013108 · OH-1004

细胞质0.022

排名 5 · LXL04_013108 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22099.2MRS2-like138-385 aa

PF01544.24CorA338-444 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_013108	`PF22099.2`	MRS2-like	138	385	9.5e-36	123.9
LXL04_013108	`PF01544.24`	CorA	338	444	2.8e-07	30.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q058N4`	拟南芥	Magnesium transporter MRS2-11, chloroplastic	79.525%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9AUK4`	水稻	Magnesium transporter MRS2-A, chloroplastic	71.046%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B8APK3`	水稻	Magnesium transporter MRS2-A, chloroplastic	71.046%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情