LXL04_012407 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012407

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11712666-11723625 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4743 bp · LXL04_012407|LXL04_012407|OH1004|cDNA

ATGGCGTCTCGATTATGTTTTCTCTTCTTGGTCACTGTCACATTTTCAAATATCTTTAGTGACAGTCTTGCATCCGACTCCAATGATCTCAAGGCATTTCTCACGTACATTGTCTACATGGGTGGCCTACCAAAGAGTGATTTATCCTTGCCATCACTCCACTCTAGTATGCTACAACAAGTCGTTGGCAGCCGTACATCAACTTCATTGCTAAGAAGCTACAAACGTAGCTTTAATGGATTTGCCGCCAAGCTAACCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4743 bp · LXL04_012407|LXL04_012407|OH1004|CDS

ATGGCGTCTCGATTATGTTTTCTCTTCTTGGTCACTGTCACATTTTCAAATATCTTTAGTGACAGTCTTGCATCCGACTCCAATGATCTCAAGGCATTTCTCACGTACATTGTCTACATGGGTGGCCTACCAAAGAGTGATTTATCCTTGCCATCACTCCACTCTAGTATGCTACAACAAGTCGTTGGCAGCCGTACATCAACTTCATTGCTAAGAAGCTACAAACGTAGCTTTAATGGATTTGCCGCCAAGCTAACCGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1580 aa · LXL04_012407|LXL04_012407|OH1004|PROTEIN

MASRLCFLFLVTVTFSNIFSDSLASDSNDLKAFLTYIVYMGGLPKSDLSLPSLHSSMLQQVVGSRTSTSLLRSYKRSFNGFAAKLTEDEKNQIARMEGVVSVFPSKVMEVHTTRSWDFMGFPQDVKRAPLESDVIVGMLDTGAWPESDSFKDDGFGPPPSKWKGSCDSTNFTCNNKLIGAKYYRTDQRLDLVGNLSARDTEGHGTHTASTVAGRAVNNASLVGLANGTARGGVPSARIAVYKICWPGGCEEVDILAAFDD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012407`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012407

位置 Chr03:11712666-11723625 (+)

描述 Similar to Cucumisin

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g59100`	类胰蛋白酶 SBT4.4。	暂无已核实直接文献
`At3g46850`	类蛋白酶 SBT4.6。	暂无已核实直接文献
`At5g59090`	似蛋白酶SBT4.12。	暂无已核实直接文献
`At5g58840`	纤溶酶样蛋白酶 SBT4.9。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012407 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006508 proteolysis 生物过程

GO:0009609 response to symbiotic bacterium 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0004252 serine-type endopeptidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G46850

ath:AT5G59100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.649

排名 1 · LXL04_012407 · OH-1004

溶酶体／液泡0.093

排名 2 · LXL04_012407 · OH-1004

细胞膜0.091

排名 3 · LXL04_012407 · OH-1004

细胞质0.074

排名 4 · LXL04_012407 · OH-1004

内质网0.070

排名 5 · LXL04_012407 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05922.22Inhibitor_I935-111 aa

PF00082.28Peptidase_S8132-578 aa

PF17766.8fn3_6633-728 aa

PF05922.22Inhibitor_I9875-953 aa

PF00082.28Peptidase_S8974-1422 aa

PF17766.8fn3_61477-1572 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012407	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	35	111	8.3e-37	126.4
LXL04_012407	`PF00082.28`	Peptidase_S8	132	578	6.2e-85	285.7
LXL04_012407	`PF17766.8`	fn3_6	633	728	3.5e-57	191.4
LXL04_012407	`PF05922.22`	Inhibitor_I9	875	953	8.3e-37	126.4
LXL04_012407	`PF00082.28`	Peptidase_S8	974	1422	6.2e-85	285.7
LXL04_012407	`PF17766.8`	fn3_6	1477	1572	3.5e-57	191.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FGU3`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.4	49.653%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9STF7`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.6	50.404%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8L7D2`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.12	51.401%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FIM5`	拟南芥	Subtilisin-like protease SBT4.9	49.930%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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