LXL04_012382 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012382

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11423633-11424235 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

603 bp · LXL04_012382|LXL04_012382|OH1004|cDNA

ATGGAGCAATACTCACAATACTTGATGTTGGTGAAGAGCGACAACAGCAATATCCATGTGAACCCATTTTCCGGCCATTCATGGGAAGAACAAGCTTTCGCAGAAGACGCTCGAGGCCCTTTTGGGGGGTTCGTATGGCCTCCGAGGTCTTATTCATGTAGCTTCTGTAAAAGAGATTTCAGGTCAGCTCAAGCCCTAGGTGGTCACATGAATGTCCATAGAAAAGAAAGAGCGAAGCTCAAGCATTCTACACCCAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

603 bp · LXL04_012382|LXL04_012382|OH1004|CDS

ATGGAGCAATACTCACAATACTTGATGTTGGTGAAGAGCGACAACAGCAATATCCATGTGAACCCATTTTCCGGCCATTCATGGGAAGAACAAGCTTTCGCAGAAGACGCTCGAGGCCCTTTTGGGGGGTTCGTATGGCCTCCGAGGTCTTATTCATGTAGCTTCTGTAAAAGAGATTTCAGGTCAGCTCAAGCCCTAGGTGGTCACATGAATGTCCATAGAAAAGAAAGAGCGAAGCTCAAGCATTCTACACCCAAAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

200 aa · LXL04_012382|LXL04_012382|OH1004|PROTEIN

MEQYSQYLMLVKSDNSNIHVNPFSGHSWEEQAFAEDARGPFGGFVWPPRSYSCSFCKRDFRSAQALGGHMNVHRKERAKLKHSTPKVPPQNPNYKQNVCNKESLVDPGFCTLALSPSRVSSIPALGEESFDTNNSDTKSYVYDEDFAVLGHGNGDVETNLVLGFEFDSCSNTVSGCKRQKTAGVTPPSMEGLDLELRLGS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012382`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012382

位置 Chr03:11423633-11424235 (+)

描述 Similar to RBE: Probable transcriptional regulator RABBIT EARS

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g06070`	可能的转录调控因子，对花瓣发育至关重要。	暂无已核实直接文献
`At2g37740`	可能调节细胞分裂和生长的推测转录因子。	Ectopic expression of an Arabidopsis single zinc finger gene in tobacco results in dwarf plants.2002 · DOI: 10.1093/pcp/pcf086
`At3g23130`	可能的转录调节因子，被认为是地籍蛋白，通过间接作用阻止B类同源异型蛋白APETALA3以及可能的PISTILLATA在心皮轮中发挥作用。	Regulation of SUP expression identifies multiple regulators involved in arabidopsis floral meristem development.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.9.1607 The FLO10 Gene Product Regulates the Expression Domain of Homeotic Genes AP3 and PI in Arabidopsis Flowers.1991 · DOI: 10.1105/tpc.3.11.1221
`At2g42410`	可能调节细胞分裂和生长的推测转录因子。	暂无已核实直接文献
`At3g09290`	激活因子，通过调节 BT2 介导端粒酶活性并增强对生长素的响应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012382 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009755 hormone-mediated signaling pathway 生物过程

GO:0009908 flower development 生物过程

GO:0010093 specification of floral organ identity 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048441 petal development 生物过程

GO:0090691 formation of plant organ boundary 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G37740

ath:AT2G42410

ath:AT3G09290

ath:AT3G23130

ath:AT5G06070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.972

排名 1 · LXL04_012382 · OH-1004

细胞质0.086

排名 2 · LXL04_012382 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 3 · LXL04_012382 · OH-1004

内质网0.018

排名 4 · LXL04_012382 · OH-1004

质体0.011

排名 5 · LXL04_012382 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13912.13zf-C2H2_651-76 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012382	`PF13912.13`	zf-C2H2_6	51	76	3.8e-06	27.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LHS9`	拟南芥	Probable transcriptional regulator RABBIT EARS	38.308%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O80942`	拟南芥	Zinc finger protein 10	68.421%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q38895`	拟南芥	Transcriptional regulator SUPERMAN	82.051%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SLB8`	拟南芥	Zinc finger protein 11	42.857%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SR34`	拟南芥	Transcriptional regulator TAC1	72.727%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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