LXL04_012368 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012368

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 11141977-11143107 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

777 bp · LXL04_012368|LXL04_012368|OH1004|cDNA

ATGGAGGTCAGGGGTGTGGGTTACGTTGTAATTTTGTATGCCATACTCACAGCAGTCAACGCTCGTCTACCGGGAGTTTACACCGGAGGGAAGTGGGAGAGTGCTCACGCCACCTTCTACGGTGGTAGCGACGCCTCTGGTACCATGGGTGGAGCATGTGGGTATGGGAATTTGTACAGCCAAGGCTATGGCGTTAACACGGCGGCGCTGAGCACAGCTCTGTTCAACAACGGGCTGAGCTGCGGTGCTTGTTTCGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

777 bp · LXL04_012368|LXL04_012368|OH1004|CDS

ATGGAGGTCAGGGGTGTGGGTTACGTTGTAATTTTGTATGCCATACTCACAGCAGTCAACGCTCGTCTACCGGGAGTTTACACCGGAGGGAAGTGGGAGAGTGCTCACGCCACCTTCTACGGTGGTAGCGACGCCTCTGGTACCATGGGTGGAGCATGTGGGTATGGGAATTTGTACAGCCAAGGCTATGGCGTTAACACGGCGGCGCTGAGCACAGCTCTGTTCAACAACGGGCTGAGCTGCGGTGCTTGTTTCGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

258 aa · LXL04_012368|LXL04_012368|OH1004|PROTEIN

MEVRGVGYVVILYAILTAVNARLPGVYTGGKWESAHATFYGGSDASGTMGGACGYGNLYSQGYGVNTAALSTALFNNGLSCGACFELKCVNDPRWCHSGSPSIFITATNFCPPNFAQPSDNGGWCNPPRTHFDLAMPMFLKIAEYRAGIVPVSYRRVPCRKQGGIRFTINGFRYFNLVLITNVAGAGDITRAWVKGSRTGWMSLSRNWGQNWQSNAVLVGQSLSFRVTGSDRRTSTSWNVVPANWKFGQTFTGKNFRV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012368`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012368

位置 Chr03:11141977-11143107 (-)

描述 Similar to EXPA4: Expansin-A4

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g39700`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At3g55500`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At2g28950`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献
`At2g37640`	通过破坏纤维素微纤维和基质葡聚糖之间的非共价键，导致植物细胞壁松弛和延伸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0822000`	可能通过破坏纤维素微纤维与基质葡聚糖之间的非共价键导致植物细胞壁松弛和伸长。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012368 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006949 syncytium formation 生物过程

GO:0009739 response to gibberellin 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009828 plant-type cell wall loosening 生物过程

GO:0010114 response to red light 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G28950

ath:AT2G37640

ath:AT2G39700

ath:AT3G55500

dosa:Os03g0822000

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞外0.804

排名 1 · LXL04_012368 · OH-1004

细胞质0.060

排名 2 · LXL04_012368 · OH-1004

溶酶体／液泡0.046

排名 3 · LXL04_012368 · OH-1004

内质网0.026

排名 4 · LXL04_012368 · OH-1004

质体0.022

排名 5 · LXL04_012368 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF22514.3EXPB1_D137-161 aa

PF29515.1Expansin_N46-89 aa

PF03330.25DPBB_167-154 aa

PF01357.28Expansin_C165-242 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012368	`PF22514.3`	EXPB1_D1	37	161	4.7e-09	37.4
LXL04_012368	`PF29515.1`	Expansin_N	46	89	5.1e-07	30.6
LXL04_012368	`PF03330.25`	DPBB_1	67	154	8.2e-21	74.8
LXL04_012368	`PF01357.28`	Expansin_C	165	242	6e-28	97.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48818`	拟南芥	Expansin-A4	86.992%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M2S9`	拟南芥	Expansin-A16	81.200%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q38865`	拟南芥	Expansin-A6	86.290%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80932`	拟南芥	Expansin-A3	81.102%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q852A1`	水稻	Expansin-A7	83.673%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情