LXL04_012223 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_012223

当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 8588336-8597943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5418 bp · LXL04_012223|LXL04_012223|OH1004|cDNA

ATGTCATCAATCGGGGTCCGACACCTCACTATTCTTGGAGAGTTCAAGCCATTCGGTCTTATAGCTGAAGCTCTCGACGGGAAACCTGCGGACGAGGTCACAGGCGAGTATGATTACTTCTTATTCGATCCAGAAGTAACTAGGCAGCAAGACGAATCTGATTCAGCTGACAATGAAGCCTCGTCTTCACTGAGTGATCGAAGCGATCACGAGCTGTTCATTAGAGGAAACCGGATAATATGGACAATAGGAGCAAGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

5418 bp · LXL04_012223|LXL04_012223|OH1004|CDS

ATGTCATCAATCGGGGTCCGACACCTCACTATTCTTGGAGAGTTCAAGCCATTCGGTCTTATAGCTGAAGCTCTCGACGGGAAACCTGCGGACGAGGTCACAGGCGAGTATGATTACTTCTTATTCGATCCAGAAGTAACTAGGCAGCAAGACGAATCTGATTCAGCTGACAATGAAGCCTCGTCTTCACTGAGTGATCGAAGCGATCACGAGCTGTTCATTAGAGGAAACCGGATAATATGGACAATAGGAGCAAGAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1805 aa · LXL04_012223|LXL04_012223|OH1004|PROTEIN

MSSIGVRHLTILGEFKPFGLIAEALDGKPADEVTGEYDYFLFDPEVTRQQDESDSADNEASSSLSDRSDHELFIRGNRIIWTIGARVYKRFTLPGPVVMACWCRMGDLSEARLCVLQVDSLTIFSTSGDAVTIPLPRAVASIWPLPSGLLLQQTNESNPSTHSLFSSSSPLLNTLDIPRSKKDLGYSPQQTLNLRSSWDHMIKVDRASMSSHLILKDPLEEPQPIHIEERGKLNTMKEYDEKTIWTSDLIPLMASYHKGK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_012223`
TK1151 ID	TkA02G580510
OH-1004 ID	LXL04_012223
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_012223

位置 Chr03:8588336-8597943 (+)

描述 Similar to APC1: Anaphase-promoting complex subunit 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g05560`	后期促进复合物/环体 (APC/C) 的组成部分，这是一种细胞周期调节的 E3 泛素-蛋白连接酶复合物，可控制细胞周期有丝分裂和 G1 期的进展。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_012223 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0007091 metaphase/anaphase transition of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0007346 regulation of mitotic cell cycle 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031145 anaphase-promoting complex-dependent catabolic process 生物过程

GO:0048481 plant ovule development 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051445 regulation of meiotic cell cycle 生物过程

GO:0070936 protein K48-linked ubiquitination 生物过程

GO:0070979 protein K11-linked ubiquitination 生物过程

GO:0141198 protein branched polyubiquitination 生物过程

KEGG 基因交叉引用

hsa:64682

mmu:17222

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.558

排名 1 · LXL04_012223 · OH-1004

细胞质0.365

排名 2 · LXL04_012223 · OH-1004

线粒体0.056

排名 3 · LXL04_012223 · OH-1004

高尔基体0.052

排名 4 · LXL04_012223 · OH-1004

细胞膜0.048

排名 5 · LXL04_012223 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12859.14ANAPC137-273 aa

PF12859.14ANAPC1305-512 aa

PF20518.5Apc1_MidN515-782 aa

PF27562.1APC1_4th855-1044 aa

PF29300.1APC1_5th1050-1455 aa

PF01851.29PC_rep1294-1327 aa

PF21282.3APC1_3rd1459-1521 aa

PF18122.7APC1_C1596-1758 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_012223	`PF12859.14`	ANAPC1	37	273	2.1e-64	219.0
LXL04_012223	`PF12859.14`	ANAPC1	305	512	2.1e-64	219.0
LXL04_012223	`PF20518.5`	Apc1_MidN	515	782	1.1e-25	91.3
LXL04_012223	`PF27562.1`	APC1_4th	855	1044	2.3e-63	214.0
LXL04_012223	`PF29300.1`	APC1_5th	1050	1455	1.3e-129	432.8
LXL04_012223	`PF01851.29`	PC_rep	1294	1327	1.7e-08	35.1
LXL04_012223	`PF21282.3`	APC1_3rd	1459	1521	3.6e-16	60.2
LXL04_012223	`PF18122.7`	APC1_C	1596	1758	3.7e-35	122.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFF9`	拟南芥	Anaphase-promoting complex subunit 1	58.694%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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