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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_011831
当前版本: OH-1004 染色体: Chr03 坐标: 1165219-1168492 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2748 bp · LXL04_011831|LXL04_011831|OH1004|cDNA

ATGTCAACTCTCCCTCTTCTCTCTCCCGCCAATTTAGCTCCAACGTCTCACAAACACAGAAATCCTTGTAGCAAAAGAACCCAATTGGTTAAAACCCTAAAAAAACCCACTTTCGAACCTCTAAAGGACCGATTAATCCGTTTATCCAATGTCGGGCAGATTCAAGAAgcaattttagtccttgatGTTATGACACAACAACACCAGCTCACCCCAGACCTCACTACCTTCTCCGTCCTCCTCAAATCTTGCATCCGAAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2748 bp · LXL04_011831|LXL04_011831|OH1004|CDS

ATGTCAACTCTCCCTCTTCTCTCTCCCGCCAATTTAGCTCCAACGTCTCACAAACACAGAAATCCTTGTAGCAAAAGAACCCAATTGGTTAAAACCCTAAAAAAACCCACTTTCGAACCTCTAAAGGACCGATTAATCCGTTTATCCAATGTCGGGCAGATTCAAGAAGCAATTTTAGTCCTTGATGTTATGACACAACAACACCAGCTCACCCCAGACCTCACTACCTTCTCCGTCCTCCTCAAATCTTGCATCCGAAC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

915 aa · LXL04_011831|LXL04_011831|OH1004|PROTEIN

MSTLPLLSPANLAPTSHKHRNPCSKRTQLVKTLKKPTFEPLKDRLIRLSNVGQIQEAILVLDVMTQQHQLTPDLTTFSVLLKSCIRTRNFELGKLVHSKLNQSGIILDAIVLNSLISLYSKCGDWVTAKTIFDSMDGDGLRDLVSWSAMISCFVQSGMATQALLTFVEMLRHGESPNQFCFSAAIQACCNGENAWIGKVIFGFAIKTGYFESHVCVGCALLDLFAKGFQDLESAKKVFDKMSERNSVTWTLLITRYAQMG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_011831
TK1151 IDTkA02G609660
OH-1004 IDLXL04_011831
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.900
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.883 / OH-1004 93.443
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_011831
位置Chr03:1165219-1168492 (+)
描述Similar to EMB2261: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g49170 可能在胚胎发生中起作用。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At2g27610 含五聚蛋白重复序列蛋白 At2g27610。 暂无已核实直接文献
At3g57430 参与叶绿体中的RNA编辑事件。
A study of new Arabidopsis chloroplast RNA editing mutants reveals general features of editing factors and their target sites.2009 · DOI: 10.1105/tpc.109.071472
At1g11290 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。
Pentatricopeptide repeat proteins with the DYW motif have distinct molecular functions in RNA editing and RNA cleavage in Arabidopsis chloroplasts.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064667

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011831 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G49170
ath:AT4G13650
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.584
排名 1 · LXL04_011831 · OH-1004
质体0.312
排名 2 · LXL04_011831 · OH-1004
细胞核0.054
排名 3 · LXL04_011831 · OH-1004
细胞质0.039
排名 4 · LXL04_011831 · OH-1004
过氧化物酶体0.008
排名 5 · LXL04_011831 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535.27PPR112-140 aa
PF13041.13PPR_2142-190 aa
PF01535.27PPR144-173 aa
PF13041.13PPR_2244-292 aa
PF01535.27PPR247-277 aa
PF13041.13PPR_2349-396 aa
PF13041.13PPR_2449-493 aa
PF24603.2TPR_30449-545 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_011831PF01535.27PPR1121402e-64210.1
LXL04_011831PF13041.13PPR_21421901.6e-75249.7
LXL04_011831PF01535.27PPR1441732e-64210.1
LXL04_011831PF13041.13PPR_22442921.6e-75249.7
LXL04_011831PF01535.27PPR2472772e-64210.1
LXL04_011831PF13041.13PPR_23493961.6e-75249.7
LXL04_011831PF13041.13PPR_24494931.6e-75249.7
LXL04_011831PF24603.2TPR_304495453.1e-0834.7
LXL04_011831PF13041.13PPR_25205491.6e-75249.7
LXL04_011831PF01535.27PPR5205492e-64210.1
LXL04_011831PF13041.13PPR_25475951.6e-75249.7
LXL04_011831PF12854.14PPR_15475761.4e-39134.2
LXL04_011831PF13812.13PPR_35475941.1e-35122.2
LXL04_011831PF01535.27PPR5505802e-64210.1
LXL04_011831PF17177.11PPR_long5656427.4e-1968.7
LXL04_011831PF20431.5E_motif6657271.8e-1970.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q5G1T1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g49170, chloroplastic58.131%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q9SVP7拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365037.800%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q9ZUW3拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g2761037.802%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q7Y211拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g57430, chloroplastic37.005%Swiss-Prot中等数据库同源证据
Q3E6Q1拟南芥Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g11290, chloroplastic38.076%Swiss-Prot中等数据库同源证据

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