LXL04_011654 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_011654

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 168971331-168977616 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3639 bp · LXL04_011654|LXL04_011654|OH1004|cDNA

ATGTCGGCAATGGTTTCGCAAGGCAAAATCCATCGAATCGAACTCGAAAACTTCAAATCTTACAAAGGTCACCAAGTCATCGGCCCTTTCTTTGATTTCACGGCGATCATTGGTCCCAACGGTTCTGGTAAGTCTAACCTCCTGGACGCTATAAGCTTCGTGCTCGGTGTTCGAACCAGTCAACTCAGGGGCGAGCAGTTGAAGGACTTGATTTACGCTTTTGACGACCGGGAAAGGGGACAAAGCGGTCGTAGGGCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3639 bp · LXL04_011654|LXL04_011654|OH1004|CDS

ATGTCGGCAATGGTTTCGCAAGGCAAAATCCATCGAATCGAACTCGAAAACTTCAAATCTTACAAAGGTCACCAAGTCATCGGCCCTTTCTTTGATTTCACGGCGATCATTGGTCCCAACGGTTCTGGTAAGTCTAACCTCCTGGACGCTATAAGCTTCGTGCTCGGTGTTCGAACCAGTCAACTCAGGGGCGAGCAGTTGAAGGACTTGATTTACGCTTTTGACGACCGGGAAAGGGGACAAAGCGGTCGTAGGGCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1212 aa · LXL04_011654|LXL04_011654|OH1004|PROTEIN

MSAMVSQGKIHRIELENFKSYKGHQVIGPFFDFTAIIGPNGSGKSNLLDAISFVLGVRTSQLRGEQLKDLIYAFDDRERGQSGRRALVKLVYRLEDGTELLFTRTITSAGGSEYRIDNRVVNWNDYNARLKSLGILVKARNFLVFQGDVESIACKTPKELTALLEQISGSDEDKSLYKDLEEKKGAAEEKCTIAYQKKKTIIIDRKQKKVQKEEAQKHIHLQQELISLKKEHFLWQLFNIENDVEKSNKEIQAERSSLQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_011654`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_011654

位置 Chr02:168971331-168977616 (-)

描述 Similar to SMC1: Structural maintenance of chromosomes protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54670`	黏连蛋白复合物（cohesin）的核心组分；该复合物是细胞周期中染色体黏连所必需的。	Condensin and cohesin knockouts in Arabidopsis exhibit a titan seed phenotype.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01224.x Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_011654 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0034087 establishment of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0072423 response to DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54670

bta:282370

hsa:8243

mmu:24061

rno:63996

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.741

排名 1 · LXL04_011654 · OH-1004

细胞质0.268

排名 2 · LXL04_011654 · OH-1004

线粒体0.028

排名 3 · LXL04_011654 · OH-1004

细胞膜0.026

排名 4 · LXL04_011654 · OH-1004

内质网0.015

排名 5 · LXL04_011654 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463.26SMC_N10-1192 aa

PF13555.13AAA_2911-55 aa

PF13304.13AAA_2133-65 aa

PF06470.19SMC_hinge527-602 aa

PF13304.13AAA_211081-1172 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_011654	`PF02463.26`	SMC_N	10	1192	2.9e-46	158.4
LXL04_011654	`PF13555.13`	AAA_29	11	55	2.9e-08	34.1
LXL04_011654	`PF13304.13`	AAA_21	33	65	1e-14	55.9
LXL04_011654	`PF06470.19`	SMC_hinge	527	602	1.7e-17	64.6
LXL04_011654	`PF13304.13`	AAA_21	1081	1172	1e-14	55.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6Q1P4`	拟南芥	Structural maintenance of chromosomes protein 1	54.831%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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