LXL04_010158 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_010158

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 141249968-141252764 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1059 bp · LXL04_010158|LXL04_010158|OH1004|cDNA

ATGAGGTATTTTAGATTATGGTTGGTTTGTTTTCTTGGATTCGTTTTAAGTACCGGACTTGGCGGTGTTCAAGCTTGGAGCAAAGAGGGACACGTCATGACATGCCAAATAGCACAAGATCTACTTGAACCACAAGCAGCACATGTTGTACGGATGTTGTTGCCAGATTACGTTGACGGTAACCTATCAGCGTTATGTGTGTGGCCTGATCAGATTCGACATTGGTACCGATACCGATGGACTAGTCCTCTCCATTTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · LXL04_010158|LXL04_010158|OH1004|CDS

ATGAGGTATTTTAGATTATGGTTGGTTTGTTTTCTTGGATTCGTTTTAAGTACCGGACTTGGCGGTGTTCAAGCTTGGAGCAAAGAGGGACACGTCATGACATGCCAAATAGCACAAGATCTACTTGAACCACAAGCAGCACATGTTGTACGGATGTTGTTGCCAGATTACGTTGACGGTAACCTATCAGCGTTATGTGTGTGGCCTGATCAGATTCGACATTGGTACCGATACCGATGGACTAGTCCTCTCCATTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · LXL04_010158|LXL04_010158|OH1004|PROTEIN

MRYFRLWLVCFLGFVLSTGLGGVQAWSKEGHVMTCQIAQDLLEPQAAHVVRMLLPDYVDGNLSALCVWPDQIRHWYRYRWTSPLHFIDTPDNACSYDYSRDCHDTSGKKDMCVAGAIQNFTSQLSHYHEGSSDRRHNMTEALLFLSHFMGDIHQPMHVGFTSDEGGNTINLRWFRHKSNLHHVWDREIILTAAADFYEKDMESLQKAIKANFTHGLWSEDVTSWKDCDYLNTCINKYATESINLACKWGYKGVKAGETLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_010158`
TK1151 ID	TkA03G508350
OH-1004 ID	LXL04_010158
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 86.667 / OH-1004 73.864 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_010158

位置 Chr02:141249968-141252764 (+)

描述 Similar to ENDO1: Endonuclease 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g11190`	核酸内切酶，可以使用RNA、单链和双链DNA作为底物。	Identification of BFN1, a bifunctional nuclease induced during leaf and stem senescence in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1104/pp.122.1.169 Characterization of Arabidopsis thaliana mismatch specific endonucleases: application to mutation discovery by TILLING in pea.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03201.x Expression analysis of the BFN1 nuclease gene promoter during senescence, abscission, and programmed cell death-related processes.2008 · DOI: 10.1093/jxb/ern176
`At4g21585`	核酸内切酶，可使用单链RNA和DNA作为底物。	暂无已核实直接文献
`At1g68290`	核酸内切酶主要对 RNA 和 ssDNA 具有活性，对 dsDNA 具有较低程度的活性。	Arabidopsis ENDO2: its catalytic role and requirement of N-glycosylation for function.2012 · DOI: 10.1021/jf300945c
`At4g21600`	水解效率低，仅对单链DNA和RNA有作用，对碱基没有明显特异性。	暂无已核实直接文献
`At4g21590`	可利用RNA和单链DNA作为底物的核酸内切酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010158 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006308 DNA catabolic process 生物过程

GO:0010150 leaf senescence 生物过程

GO:0080187 floral organ senescence 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0000014 single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity 分子功能

GO:0003676 nucleic acid binding 分子功能

GO:0004519 endonuclease activity 分子功能

GO:0004521 RNA endonuclease activity 分子功能

GO:0016891 RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism 分子功能

GO:0043765 T/G mismatch-specific endonuclease activity 分子功能

GO:0046872 metal ion binding 分子功能

GO:1990238 double-stranded DNA endonuclease activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G11190

ath:AT1G68290

ath:AT4G21585

ath:AT4G21590

ath:AT4G21600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

溶酶体／液泡0.414

排名 1 · LXL04_010158 · OH-1004

细胞外0.353

排名 2 · LXL04_010158 · OH-1004

细胞质0.176

排名 3 · LXL04_010158 · OH-1004

内质网0.134

排名 4 · LXL04_010158 · OH-1004

细胞膜0.118

排名 5 · LXL04_010158 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02265.23S1-P1_nuclease26-262 aa

PF06298.17PsbY262-294 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_010158	`PF02265.23`	S1-P1_nuclease	26	262	3.5e-74	250.6
LXL04_010158	`PF06298.17`	PsbY	262	294	3.1e-17	62.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SXA6`	拟南芥	Endonuclease 1	70.980%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JJL0`	拟南芥	Endonuclease 4	50.368%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C9G4`	拟南芥	Endonuclease 2	50.397%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`F4JJL3`	拟南芥	Endonuclease 5	47.619%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LDW6`	拟南芥	Endonuclease 3	46.324%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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