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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_010080
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 139510060-139513686 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2181 bp · LXL04_010080|LXL04_010080|OH1004|cDNA

ATGTTTCAACCGAACATGTTTGAGAGTCATCATCATATTCTTGATATGAGCCATAAAACCCAAGAAAATGAGCTCGATATGCTAAGAGATGAGGAATTCGAGAGCAAATCCGGCACTGATATCATGGAAGCTCACTCCGGTGATGATCAAGATCCTAATCAACGACCCAACAAAAAGAAACGATACCATCGTCACACCCAACATCAAATCCAAGAAATGGAATCGTTTTTCAAAGAATGCCCACATCCAGATGATAAGCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2181 bp · LXL04_010080|LXL04_010080|OH1004|CDS

ATGTTTCAACCGAACATGTTTGAGAGTCATCATCATATTCTTGATATGAGCCATAAAACCCAAGAAAATGAGCTCGATATGCTAAGAGATGAGGAATTCGAGAGCAAATCCGGCACTGATATCATGGAAGCTCACTCCGGTGATGATCAAGATCCTAATCAACGACCCAACAAAAAGAAACGATACCATCGTCACACCCAACATCAAATCCAAGAAATGGAATCGTTTTTCAAAGAATGCCCACATCCAGATGATAAGCA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

726 aa · LXL04_010080|LXL04_010080|OH1004|PROTEIN

MFQPNMFESHHHILDMSHKTQENELDMLRDEEFESKSGTDIMEAHSGDDQDPNQRPNKKKRYHRHTQHQIQEMESFFKECPHPDDKQRKELGRRLTLEPLQVKFWFQNKRTQMKAQHERHENTQLRNENDKLRSENIRYKEALANATCPNCGGPAAIGEMSFDEQHLRIENARLREEIDRISGIAAKYVGKPMLSYPNLSPHGPTRSLDLGVASFSPQQGMVGDMFGANDLLRSVSGPTEADKPIIIELAVAAMEELIRM...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_010080
版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_010080
位置Chr02:139510060-139513686 (-)
描述Similar to PDF2: Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At4g04890 可能结合L1盒DNA序列5′-TAAATG[CT]A-3′的转录因子。
Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211
Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647
At4g21750 可能参与胚胎发生过程中细胞规格和模式形成的转录因子。
Identification of a cis-regulatory element for L1 layer-specific gene expression, which is targeted by an L1-specific homeodomain protein.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01047.x
Regulation of shoot epidermal cell differentiation by a pair of homeodomain proteins in Arabidopsis.2003 · DOI: 10.1242/dev.00292
Arabidopsis DELLA and two HD-ZIP transcription factors regulate GA signaling in the epidermis through the L1 box cis-element.2014 · DOI: 10.1105/tpc.114.127647
At1g05230 可能的转录因子（通过同源推测）。
Mutations in epidermis-specific HD-ZIP IV genes affect floral organ identity in Arabidopsis thaliana.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12211

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0627000 可能的转录因子。 暂无已核实直接文献
Os08g0187500 可能参与早期胚胎发生过程中原胚层分化和放射状图案形成的可能转录因子。
Position dependent expression of GL2-type homeobox gene, Roc1: significance for protoderm differentiation and radial pattern formation in early rice embryogenesis.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01234.x
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_010080 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0009845 seed germination 生物过程
GO:0010029 regulation of seed germination 生物过程
GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0030154 cell differentiation 生物过程
GO:0048354 mucilage biosynthetic process involved in seed coat development 生物过程
GO:0048497 maintenance of floral organ identity 生物过程
GO:0048825 cotyledon development 生物过程
GO:0052541 plant-type cell wall cellulose metabolic process 生物过程
GO:0090627 plant epidermal cell differentiation 生物过程
GO:2000033 regulation of seed dormancy process 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G05230
ath:AT4G04890
ath:AT4G21750
dosa:Os04g0627000
dosa:Os08g0187500
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.892
排名 1 · LXL04_010080 · OH-1004
细胞质0.143
排名 2 · LXL04_010080 · OH-1004
细胞膜0.059
排名 3 · LXL04_010080 · OH-1004
内质网0.027
排名 4 · LXL04_010080 · OH-1004
质体0.023
排名 5 · LXL04_010080 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00046.36Homeodomain59-114 aa
PF01852.26START249-468 aa
PF25797.2PDF2_C487-723 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_010080PF00046.36Homeodomain591143.4e-1762.7
LXL04_010080PF01852.26START2494684e-55187.1
LXL04_010080PF25797.2PDF2_C4877236.3e-100333.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q93V99拟南芥Homeobox-leucine zipper protein PROTODERMAL FACTOR 279.973%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q8RWU4拟南芥Homeobox-leucine zipper protein MERISTEM L177.836%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q94C37拟南芥Homeobox-leucine zipper protein HDG273.098%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q0J9X2水稻Homeobox-leucine zipper protein ROC277.980%Swiss-Prot强数据库同源证据
Q6ZAR0水稻Homeobox-leucine zipper protein ROC177.479%Swiss-Prot强数据库同源证据

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