LXL04_009990 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009990

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 137475957-137478998 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1155 bp · LXL04_009990|LXL04_009990|OH1004|cDNA

ATGGACGGTGATGGTTCTGTAGGTACATCATGTTTAATGGGGTTCGGAGATAACAACAACATCAATCAAAGCGGCAGTGGTAGTAATAATAACAACAGCATTGGATCCCTCTGTGCTCCTCCACCTCCTGTTATATACGGCAATTCTGTAATTTTTCCCACTCaggatcatcatcatcatcatcatcatcatcatcaaagCAACTGTGGTTCTTCAGCTATGATTCTCGAAGGCAACAATAGCAACATTAACGATGGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1155 bp · LXL04_009990|LXL04_009990|OH1004|CDS

ATGGACGGTGATGGTTCTGTAGGTACATCATGTTTAATGGGGTTCGGAGATAACAACAACATCAATCAAAGCGGCAGTGGTAGTAATAATAACAACAGCATTGGATCCCTCTGTGCTCCTCCACCTCCTGTTATATACGGCAATTCTGTAATTTTTCCCACTCAGGATCATCATCATCATCATCATCATCATCATCAAAGCAACTGTGGTTCTTCAGCTATGATTCTCGAAGGCAACAATAGCAACATTAACGATGGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

384 aa · LXL04_009990|LXL04_009990|OH1004|PROTEIN

MDGDGSVGTSCLMGFGDNNNINQSGSGSNNNNSIGSLCAPPPPVIYGNSVIFPTQDHHHHHHHHHQSNCGSSAMILEGNNSNINDGGSLGFISSSSCSSSVKAKIMSHPHYPRLLSAYLNCQKIGAPPEVVERLEESCRASVMAAMSASSGYGGGCAGSTSGGGTGTTTVGQDPALDQFMEAYCEMLIKYEQELSKPFKEAMLFLSRIESQFKAISFSPSDSGLPSISFFISVCCGEGGMDRNGSSEEDLDVDVNNNNMV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009990`
TK1151 ID	TkA03G488450
OH-1004 ID	LXL04_009990
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	95.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009990

位置 Chr02:137475957-137478998 (-)

描述 Similar to H1: Homeobox protein SBH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g62360`	胚胎发育期间，形成芽顶分生组织（SAM）所必需。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0129700`	可能的转录因子，可能参与胚胎发育期间的芽形成。	Isolation and characterization of a rice homebox gene, OSH15.1998 · DOI: 10.1023/a:1006065622251

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009990 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009691 cytokinin biosynthetic process 生物过程

GO:0009888 tissue development 生物过程

GO:0009934 regulation of meristem structural organization 生物过程

GO:0010497 plasmodesmata-mediated intercellular transport 生物过程

GO:0010582 floral meristem determinacy 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0048440 carpel development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005768 endosome 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G62360

dosa:Os07g0129700

gmx:547796

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.978

排名 1 · LXL04_009990 · OH-1004

细胞质0.087

排名 2 · LXL04_009990 · OH-1004

细胞膜0.024

排名 3 · LXL04_009990 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_009990 · OH-1004

质体0.010

排名 5 · LXL04_009990 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03790.19KNOX1101-140 aa

PF03791.19KNOX2170-215 aa

PF03789.19ELK268-289 aa

PF05920.18Homeobox_KN308-347 aa

PF00046.36Homeodomain315-348 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009990	`PF03790.19`	KNOX1	101	140	4e-22	78.4
LXL04_009990	`PF03791.19`	KNOX2	170	215	6.5e-22	77.5
LXL04_009990	`PF03789.19`	ELK	268	289	2.6e-11	43.8
LXL04_009990	`PF05920.18`	Homeobox_KN	308	347	1.1e-18	67.5
LXL04_009990	`PF00046.36`	Homeodomain	315	348	6.7e-07	29.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q38874`	拟南芥	Homeobox protein SHOOT MERISTEMLESS	70.671%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80416`	水稻	Homeobox protein knotted-1-like 12	53.846%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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