LXL04_009957 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009957

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 136733475-136742560 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5310 bp · LXL04_009957|LXL04_009957|OH1004|cDNA

ATGGCTGAAAATCTTCAAAATCAGCTCAAGGAAGTTGGATCCAAGCTCGAGCACCCACCCGCTAGTAAAGATGATCTTATCAAGCTACTCACGCAAGCAACAGAATCACTCTCTGAATTGGATCAATCACCACCAAAAGCATTACTGGATTCTATGCAGCCTCTTTTGCATGCTATAGTCAAACCACAGTTTCTAAAACATGAAGACAAAGAAGTTTCACTTCTTGTTGCAATTTGTACCTGTGAAATTACCAGAATCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

5310 bp · LXL04_009957|LXL04_009957|OH1004|CDS

ATGGCTGAAAATCTTCAAAATCAGCTCAAGGAAGTTGGATCCAAGCTCGAGCACCCACCCGCTAGTAAAGATGATCTTATCAAGCTACTCACGCAAGCAACAGAATCACTCTCTGAATTGGATCAATCACCACCAAAAGCATTACTGGATTCTATGCAGCCTCTTTTGCATGCTATAGTCAAACCACAGTTTCTAAAACATGAAGACAAAGAAGTTTCACTTCTTGTTGCAATTTGTACCTGTGAAATTACCAGAATCAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1769 aa · LXL04_009957|LXL04_009957|OH1004|PROTEIN

MAENLQNQLKEVGSKLEHPPASKDDLIKLLTQATESLSELDQSPPKALLDSMQPLLHAIVKPQFLKHEDKEVSLLVAICTCEITRITAPEAPYDDDVLKDIFRLFVSTFNGLKDTKDPSFEKRAMVLDTVAKYRSFVVMLDLECDDLVNEMFKTFFTVASDEHHATIISSMETIMVVLLEESEEIGEDLLLIILSFLGRDKKDVTSSARKLAMSVIKQSAGILEPLIKKFLVSSMSGDNNTCSNPQIDHHEVIYDIYRCA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009957`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009957

位置 Chr02:136733475-136742560 (-)

描述 Similar to Pds5b: Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47690`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034
`At1g77600`	Cohesin 辅因子在减数分裂过程中可有可无，但在通过同源重组（HR）修复 DNA 中可能起重要作用，可能是通过帮助 SMC5/SMC6 复合物。	Leaf phenomics: a systematic reverse genetic screen for Arabidopsis leaf mutants.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12595 Involvement of the Cohesin Cofactor PDS5 (SPO76) During Meiosis and DNA Repair in Arabidopsis thaliana.2015 · DOI: 10.3389/fpls.2015.01034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009957 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006310 DNA recombination 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0008285 negative regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0009965 leaf morphogenesis 生物过程

GO:0035825 homologous recombination 生物过程

GO:0042127 regulation of cell population proliferation 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0000785 chromatin 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G77600

ath:AT5G47690

mmu:100710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.935

排名 1 · LXL04_009957 · OH-1004

细胞质0.109

排名 2 · LXL04_009957 · OH-1004

细胞膜0.031

排名 3 · LXL04_009957 · OH-1004

内质网0.014

排名 4 · LXL04_009957 · OH-1004

线粒体0.012

排名 5 · LXL04_009957 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20168.5PDS524-1069 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009957	`PF20168.5`	PDS5	24	1069	5.7e-238	793.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B6EUB3`	拟南芥	Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog A	55.191%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4I735`	拟南芥	Sister chromatid cohesion protein PDS5 homolog B	31.053%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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