LXL04_009868 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009868

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 135184305-135186155 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1601 bp · LXL04_009868|LXL04_009868|OH1004|cDNA

TTGAAACCTATTTACATCTATGCGGAGCTCCGCCGCGAATACTCGCCGAGATGGCACTTGGCAGTGCAGTAAAGGCTAAAATCATCTGAACTACAATGCACTTCGGTGGCTCCTCCGCCATGAAGATGATAGTGGGGAAATTGCGAACTCCTCCGTTAGCCTCATGGAGTGAATTTTGTTGCGGTTCGTCTAGGGCTCTAAGGGTTTTGCGTTACTCCACAAAAACCCTAACCCCCAATCACTTAGTCACTACATCTTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1506 bp · LXL04_009868|LXL04_009868|OH1004|CDS

ATGCACTTCGGTGGCTCCTCCGCCATGAAGATGATAGTGGGGAAATTGCGAACTCCTCCGTTAGCCTCATGGAGTGAATTTTGTTGCGGTTCGTCTAGGGCTCTAAGGGTTTTGCGTTACTCCACAAAAACCCTAACCCCCAATCACTTAGTCACTACATCTTCAACTGCTACGCCTACCACTCTGTACCACAGACTCGTCCGTTCTCAAGAACCTTCGATTACTCCGGTTCTAGACCAATGGGTAGGAGAAGGAAGACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

501 aa · LXL04_009868|LXL04_009868|OH1004|PROTEIN

MHFGGSSAMKMIVGKLRTPPLASWSEFCCGSSRALRVLRYSTKTLTPNHLVTTSSTATPTTLYHRLVRSQEPSITPVLDQWVGEGRPVDQEDLHRIMKQLRKFSRYKHALEICRWMNNKPYLDVSHKSISIELDLISKVYGLKQAEDYFNKIPNNSRVWQVYGALLNCYAESKSLEKAESTMQKLRELGYSKSLTYNVMMGLYSTMLQYEKLDILMNEMEQKGIRIDKFTYGIRLNAYAKTSEIPKMEKLLLKMEADPEI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009868`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009868

位置 Chr02:135184305-135186155 (-)

描述 Similar to At2g20710: Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20710`	含五重复肽序列蛋白 At2g20710，线粒体型。	暂无已核实直接文献
`At1g02150`	含五重复肽的蛋白 At1g02150。	暂无已核实直接文献
`At4g21705`	含五螺旋肽重复的蛋白At4g21705，线粒体的。	暂无已核实直接文献
`At5g27460`	含五肽重复序列的蛋白 At5g27460。	暂无已核实直接文献
`At4g02820`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02820，线粒体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009868 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000963 mitochondrial RNA processing 生物过程

GO:0008380 RNA splicing 生物过程

GO:1903427 negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G02150

ath:AT2G20710

ath:AT4G02820

ath:AT4G21705

ath:AT5G27460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.822

排名 1 · LXL04_009868 · OH-1004

质体0.090

排名 2 · LXL04_009868 · OH-1004

细胞核0.059

排名 3 · LXL04_009868 · OH-1004

细胞质0.038

排名 4 · LXL04_009868 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_009868 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N84-184 aa

PF13041.13PPR_2194-240 aa

PF29070.1MSC6_N275-430 aa

PF01535.27PPR376-402 aa

PF13041.13PPR_2376-417 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009868	`PF29070.1`	MSC6_N	84	184	3.5e-14	53.4
LXL04_009868	`PF13041.13`	PPR_2	194	240	7.1e-23	81.2
LXL04_009868	`PF29070.1`	MSC6_N	275	430	3.5e-14	53.4
LXL04_009868	`PF01535.27`	PPR	376	402	3.6e-23	80.8
LXL04_009868	`PF13041.13`	PPR_2	376	417	7.1e-23	81.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SKU6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g20710, mitochondrial	42.953%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8LPS6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g02150	33.949%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84JR3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g21705, mitochondrial	31.416%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3E911`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g27460	32.883%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SY07`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02820, mitochondrial	32.547%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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