LXL04_009555 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009555

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 128933101-128934926 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1038 bp · LXL04_009555|LXL04_009555|OH1004|cDNA

ATGACCATCAAAGGCGCAGATTTTAAGTGGTACGATGGGTTTTTCCTATCGATGCTTGCCACTAGCATAATAATCATAGCGATCAATTGGAACCATTACCATCTCTGCACTCACCCATTGCACATATGGATTGTGGTCGACTACTCAACAGTTTTCGTGTTCCGTCTCTTGATGTTTGTGGACAATGGACTCGCTGCAGGAATGGGATTGGATTTTGGCCGACAACAAAGGCACGCTCGTTTTTGTGGAAGAGTTGCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1038 bp · LXL04_009555|LXL04_009555|OH1004|CDS

ATGACCATCAAAGGCGCAGATTTTAAGTGGTACGATGGGTTTTTCCTATCGATGCTTGCCACTAGCATAATAATCATAGCGATCAATTGGAACCATTACCATCTCTGCACTCACCCATTGCACATATGGATTGTGGTCGACTACTCAACAGTTTTCGTGTTCCGTCTCTTGATGTTTGTGGACAATGGACTCGCTGCAGGAATGGGATTGGATTTTGGCCGACAACAAAGGCACGCTCGTTTTTGTGGAAGAGTTGCAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

345 aa · LXL04_009555|LXL04_009555|OH1004|PROTEIN

MTIKGADFKWYDGFFLSMLATSIIIIAINWNHYHLCTHPLHIWIVVDYSTVFVFRLLMFVDNGLAAGMGLDFGRQQRHARFCGRVAVLSILCVLLYPFLWAWTIIGSLWFSSARDCLPEEGQKWGFLIWLLFSYCGLICLAGMSMKTWLRRRQAHALRAQQGIPLSEYGVLVDMIRVPDFAFESAAGQELRGMGQDAASYHPGLYLTEPQREAVEALIQELPKFMLKAVPTDCSECPICLEEFHVGNEVRGLPCAHNFHV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009555`
TK1151 ID	TkA03G448300
OH-1004 ID	LXL04_009555
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009555

位置 Chr02:128933101-128934926 (-)

描述 Similar to SIS3: E3 ubiquitin-protein ligase SIS3

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g47990`	E3 泛素蛋白连接酶在幼苗早期发育过程中充当糖信号传导的正调节剂。	SUGAR-INSENSITIVE3, a RING E3 ligase, is a new player in plant sugar response.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.150573
`At5g66070`	可能参与植物防御信号通路的早期阶段。	暂无已核实直接文献
`At4g11680`	在体外介导E2依赖的蛋白泛素化。	暂无已核实直接文献
`At2g17730`	内在类囊体膜蛋白，将 RPOT2 固定在类囊体膜的基质侧。	暂无已核实直接文献
`At1g22500`	E3泛素蛋白连接酶，能够在体外催化泛素结合酶E2 UBC8、UBC10、UBC11、UBC28和UBC29的多泛素化。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009555 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009788 negative regulation of abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010182 sugar mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0033591 response to L-ascorbic acid 生物过程

GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22500

ath:AT2G17730

ath:AT3G47990

ath:AT4G11680

ath:AT5G66070

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

高尔基体0.287

排名 1 · LXL04_009555 · OH-1004

细胞质0.277

排名 2 · LXL04_009555 · OH-1004

内质网0.251

排名 3 · LXL04_009555 · OH-1004

细胞膜0.225

排名 4 · LXL04_009555 · OH-1004

溶酶体／液泡0.215

排名 5 · LXL04_009555 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF26753.1SIS3_N11-161 aa

PF13639.13zf-RING_2235-277 aa

PF17123.12zf-RING_11235-263 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2235-276 aa

PF00097.32zf-C3HC4236-276 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX236-274 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009555	`PF26753.1`	SIS3_N	11	161	6.2e-70	234.6
LXL04_009555	`PF13639.13`	zf-RING_2	235	277	1.7e-14	54.5
LXL04_009555	`PF17123.12`	zf-RING_11	235	263	1.7e-09	37.9
LXL04_009555	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	235	276	1.9e-08	34.7
LXL04_009555	`PF00097.32`	zf-C3HC4	236	276	6e-08	33.1
LXL04_009555	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	236	274	8.6e-08	32.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GYT9`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase SIS3	68.927%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FKX5`	拟南芥	NEP1-interacting protein-like 1	32.979%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q93Z92`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase At4g11680	25.728%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q8GT74`	拟南芥	NEP1-interacting protein 2	35.294%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SK92`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase ATL15	41.463%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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