LXL04_009532 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009532

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 128282365-128285908 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2046 bp · LXL04_009532|LXL04_009532|OH1004|cDNA

ATGGATATAGCCGAGTTCTTTAGGGATACTGGTATTCTAGAACTCGAATCAGGATCAGTTAAATTGGAGAATAATCTAGATGCGGTATCAAGTCAACAAACACAAAACCATACTGATGTCACCCTGCACAAAAGCTCCAAGATTCATGGTGTAAGACAAGAAACCGAAGAAAATAGAAGCTCTAGTGGCATtagtgttcttgatcaagaacagtcACCAGCTGATGATGCAAACCTTTGTTCAACATCTCCCATATGTGC...

CDS

下载 CDS FASTA

2046 bp · LXL04_009532|LXL04_009532|OH1004|CDS

ATGGATATAGCCGAGTTCTTTAGGGATACTGGTATTCTAGAACTCGAATCAGGATCAGTTAAATTGGAGAATAATCTAGATGCGGTATCAAGTCAACAAACACAAAACCATACTGATGTCACCCTGCACAAAAGCTCCAAGATTCATGGTGTAAGACAAGAAACCGAAGAAAATAGAAGCTCTAGTGGCATTAGTGTTCTTGATCAAGAACAGTCACCAGCTGATGATGCAAACCTTTGTTCAACATCTCCCATATGTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

681 aa · LXL04_009532|LXL04_009532|OH1004|PROTEIN

MDIAEFFRDTGILELESGSVKLENNLDAVSSQQTQNHTDVTLHKSSKIHGVRQETEENRSSSGISVLDQEQSPADDANLCSTSPICAAPLCRQFWKAGAYNDDLTPKSTIKSGSSYLHIHPKFLHSNATSHKWAFGAIAELIDNAVDEIQKDASYVIIDKTINPRNGSTALLVQDDGGGMDPEAMRRCLSFGFSEKKSKFAIGKGSDGNGFKTSTMRLGADVIVFTRYLTDRTLTQSIGLLSYTFLTQSGYDRIVVPMVH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009532`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009532

位置 Chr02:128282365-128285908 (-)

描述 Similar to MORC6: Protein MICRORCHIDIA 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19100`	作为 RdDM 机械的一部分参与 RNA 导向的 DNA 甲基化（RdDM），并且对基因沉默是必需的。	MORC family ATPases required for heterochromatin condensation and gene silencing.2012 · DOI: 10.1126/science.1221472 Involvement of a GHKL ATPase in RNA-directed DNA methylation in Arabidopsis thaliana.2012 · DOI: 10.1016/j.cub.2012.03.061 The stochastic silencing phenotype of Arabidopsis morc6 mutants reveals a role in efficient RNA-directed DNA methylation.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12246 Arabidopsis AtMORC4 and AtMORC7 Form Nuclear Bodies and Repress a Large Number of Protein-Coding Genes.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005998 Two Components of the RNA-Directed DNA Methylation Pathway Associate with MORC6 and Silence Loci Targeted by MORC6 in Arabidopsis.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1006026
`At4g36280`	由不同类别的 R 蛋白触发的防御信号传导介体。	Endosome-associated CRT1 functions early in resistance gene-mediated defense signaling in Arabidopsis and tobacco.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071662 CRT1 is a nuclear-translocated MORC endonuclease that participates in multiple levels of plant immunity.2012 · DOI: 10.1038/ncomms2279 Transcriptional gene silencing by Arabidopsis microrchidia homologues involves the formation of heteromers.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1406611111
`At4g36290`	由不同类别的 R 蛋白触发的防御信号传导介体。	MORC family ATPases required for heterochromatin condensation and gene silencing.2012 · DOI: 10.1126/science.1221472 Transcriptional gene silencing by Arabidopsis microrchidia homologues involves the formation of heteromers.2014 · DOI: 10.1073/pnas.1406611111
`At5g50780`	显示 ATP酶活性。	Arabidopsis AtMORC4 and AtMORC7 Form Nuclear Bodies and Repress a Large Number of Protein-Coding Genes.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005998
`At4g24970`	显示 ATP酶活性。	Arabidopsis AtMORC4 and AtMORC7 Form Nuclear Bodies and Repress a Large Number of Protein-Coding Genes.2016 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1005998

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002230 positive regulation of defense response to virus by host 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006282 regulation of DNA repair 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

GO:0009626 plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0034052 positive regulation of plant-type hypersensitive response 生物过程

GO:0051607 defense response to virus 生物过程

GO:0060966 regulation of gene silencing by regulatory ncRNA 生物过程

GO:0080188 gene silencing by siRNA-directed DNA methylation 生物过程

GO:0098542 defense response to other organism 生物过程

GO:1900426 positive regulation of defense response to bacterium 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19100

ath:AT4G24970

ath:AT4G36280

ath:AT4G36290

ath:AT5G50780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.907

排名 1 · LXL04_009532 · OH-1004

细胞质0.147

排名 2 · LXL04_009532 · OH-1004

细胞膜0.027

排名 3 · LXL04_009532 · OH-1004

线粒体0.022

排名 4 · LXL04_009532 · OH-1004

内质网0.015

排名 5 · LXL04_009532 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13589.13HATPase_c_3135-235 aa

PF17942.9Morc6_S5362-500 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009532	`PF13589.13`	HATPase_c_3	135	235	4.2e-14	53.5
LXL04_009532	`PF17942.9`	Morc6_S5	362	500	7e-60	201.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q56Y74`	拟南芥	Protein MICRORCHIDIA 6	53.704%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5FV35`	拟南芥	Protein MICRORCHIDIA 2	44.372%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q84WV6`	拟南芥	Protein MICRORCHIDIA 1	43.234%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4KAF2`	拟南芥	Protein MICRORCHIDIA 4	46.316%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`F4JRS4`	拟南芥	Protein MICRORCHIDIA 7	47.534%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情