LXL04_009417 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009417

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 125637822-125639296 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1068 bp · LXL04_009417|LXL04_009417|OH1004|cDNA

ATGGCTCCCGAAATTAACAGAGAGAAACTTAGTTCCGAAGAAGCCGCAGCCGTCAAAGAAATATGGATGAGATACGTTCTTGGTTTCACCCCCATGGCCGTCGTTAAATGTGCCATCGAGCTCCAAATACCCGACATCctccaaaaacatgaaaccccCATCACACTTTCCGAACTTGCATCCGAGCTCGGATGTTCATGTTCCTCTTCATCATTGTATAGAATCATGAGGTTCTTGATTCAATATAACATATTTCAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

1068 bp · LXL04_009417|LXL04_009417|OH1004|CDS

ATGGCTCCCGAAATTAACAGAGAGAAACTTAGTTCCGAAGAAGCCGCAGCCGTCAAAGAAATATGGATGAGATACGTTCTTGGTTTCACCCCCATGGCCGTCGTTAAATGTGCCATCGAGCTCCAAATACCCGACATCCTCCAAAAACATGAAACCCCCATCACACTTTCCGAACTTGCATCCGAGCTCGGATGTTCATGTTCCTCTTCATCATTGTATAGAATCATGAGGTTCTTGATTCAATATAACATATTTCAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

355 aa · LXL04_009417|LXL04_009417|OH1004|PROTEIN

MAPEINREKLSSEEAAAVKEIWMRYVLGFTPMAVVKCAIELQIPDILQKHETPITLSELASELGCSCSSSSLYRIMRFLIQYNIFQEKPISETSVGYSQTPLSRLLTRDANHSMADLVLLETSPIMLAPWQKLSASVLGNGESAFRAAHGDDLWKLAAGNPGHSKLIEDAMACDARMAVEAVIEGCPEVFEGLKTVVDVGGGDGTALKMIVEGSPWMKGINFDLPHVVSVAPLWNGVEHVGGDMFDHIPKADAAYLMKVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009417`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009417

位置 Chr02:125637822-125639296 (-)

描述 Similar to ASMT: Acetylserotonin O-methyltransferase

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g35160`	甲基转移酶，催化甲基转移到 N-乙酰血清素上，产生褪黑激素。	Cloning and functional characterization of the Arabidopsis N-acetylserotonin O-methyltransferase responsible for melatonin synthesis.2016 · DOI: 10.1111/jpi.12289 Daily rhythms of phytomelatonin signaling modulate diurnal stomatal closure via regulating reactive oxygen species dynamics in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1111/jpi.12640 Melatonin inhibits seed germination by crosstalk with abscisic acid, gibberellin, and auxin in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/jpi.12736 Roles of Endogenous Melatonin in Resistance to Botrytis cinerea Infection in an Arabidopsis Model.2021 · DOI: 10.3389/fpls.2021.683228

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009417 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0030187 melatonin biosynthetic process 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0090333 regulation of stomatal closure 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0008171 O-methyltransferase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G35160

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.843

排名 1 · LXL04_009417 · OH-1004

细胞核0.308

排名 2 · LXL04_009417 · OH-1004

内质网0.048

排名 3 · LXL04_009417 · OH-1004

线粒体0.044

排名 4 · LXL04_009417 · OH-1004

过氧化物酶体0.039

排名 5 · LXL04_009417 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF08100.19Dimerisation23-108 aa

PF00891.25Methyltransf_2130-336 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009417	`PF08100.19`	Dimerisation	23	108	1.2e-19	70.8
LXL04_009417	`PF00891.25`	Methyltransf_2	130	336	1.9e-50	171.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9T003`	拟南芥	Acetylserotonin O-methyltransferase	49.728%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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