LXL04_009120 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_009120

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 118156052-118159192 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3141 bp · LXL04_009120|LXL04_009120|OH1004|cDNA

atgCTCCCAAAACccctcttcttcctcttcttcttccatctGGGTTTTGTTCGATTGTTGATTACAGACGCCGACGCCGCTTGTTCCGGTTCTGATCGAGATTCTCTGCTGTTATTCGCCGCTAACTTTCCGACCCTTAACTGGACTGCCGACGTCGATTGCTGTTCATGGGAAGGAATCGATTGTGATGATGCTGGAGATCGGGTTGTGGAGTTGTCGTTACCTGATAGAGGACTTCGTGGTGGTATCCCTTCTTCTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

3141 bp · LXL04_009120|LXL04_009120|OH1004|CDS

ATGCTCCCAAAACCCCTCTTCTTCCTCTTCTTCTTCCATCTGGGTTTTGTTCGATTGTTGATTACAGACGCCGACGCCGCTTGTTCCGGTTCTGATCGAGATTCTCTGCTGTTATTCGCCGCTAACTTTCCGACCCTTAACTGGACTGCCGACGTCGATTGCTGTTCATGGGAAGGAATCGATTGTGATGATGCTGGAGATCGGGTTGTGGAGTTGTCGTTACCTGATAGAGGACTTCGTGGTGGTATCCCTTCTTCTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1046 aa · LXL04_009120|LXL04_009120|OH1004|PROTEIN

MLPKPLFFLFFFHLGFVRLLITDADAACSGSDRDSLLLFAANFPTLNWTADVDCCSWEGIDCDDAGDRVVELSLPDRGLRGGIPSSLQSVTTLSLLNLSSNFLSGPLPDGLFASMNNLHTIDLSYNRLTGRLPDTLPDTLQSLNCSSNHFNGTIQDTFFRSTPNLIAFNISNNSFAGVIPRSICDSSPGLVILDFSLNDFIGIIPTGFGACSNLQVLSMGFNKLTGTIPIDIDGARSLQVLSFPGNNLTGEMDESITNLT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_009120`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_009120

位置 Chr02:118156052-118159192 (-)

描述 Similar to PSY1R: Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g72300`	酪氨酸硫酸化糖肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性。	Tyrosine-sulfated glycopeptide involved in cellular proliferation and expansion in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1073/pnas.0706403104 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050 Receptor kinase-mediated control of primary active proton pumping at the plasma membrane.2014 · DOI: 10.1111/tpj.12680
`At5g53890`	具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性的植物硫肽受体。	暂无已核实直接文献
`At2g02220`	植物磺肽受体，具有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶活性和鸟苷酸环化酶活性。	Disruption and overexpression of Arabidopsis phytosulfokine receptor gene affects cellular longevity and potential for growth.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.081109 The phytosulfokine (PSK) receptor is capable of guanylate cyclase activity and enabling cyclic GMP-dependent signaling in plants.2011 · DOI: 10.1074/jbc.m110.168823 The tyrosine-sulfated peptide receptors PSKR1 and PSY1R modify the immunity of Arabidopsis to biotrophic and necrotrophic pathogens in an antagonistic manner.2013 · DOI: 10.1111/tpj.12050
`At1g17240`	参与CLV3及CLV3样肽的感知，这些肽作为调节分生组织维护的细胞外信号。	Functional analyses of the CLAVATA2-like proteins and their domains that contribute to CLAVATA2 specificity.2010 · DOI: 10.1104/pp.109.148197

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009120 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0010073 meristem maintenance 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0045087 innate immune response 生物过程

GO:0045851 pH reduction 生物过程

GO:0051707 response to other organism 生物过程

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17240

ath:AT1G72300

ath:AT2G02220

ath:AT5G53890

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.887

排名 1 · LXL04_009120 · OH-1004

内质网0.080

排名 2 · LXL04_009120 · OH-1004

细胞质0.059

排名 3 · LXL04_009120 · OH-1004

细胞核0.039

排名 4 · LXL04_009120 · OH-1004

溶酶体／液泡0.023

排名 5 · LXL04_009120 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13855.13LRR_892-150 aa

PF13855.13LRR_8188-248 aa

PF23598.2LRR_14236-494 aa

PF13855.13LRR_8448-492 aa

PF12799.14LRR_4456-493 aa

PF13855.13LRR_8457-506 aa

PF13855.13LRR_8546-601 aa

PF23598.2LRR_14548-622 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	92	150	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	188	248	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF23598.2`	LRR_14	236	494	1.2e-20	74.4
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	448	492	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF12799.14`	LRR_4	456	493	7e-24	84.0
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	457	506	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	546	601	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF23598.2`	LRR_14	548	622	1.2e-20	74.4
LXL04_009120	`PF13855.13`	LRR_8	568	625	3.2e-37	126.8
LXL04_009120	`PF00069.32`	Pkinase	765	1032	9.8e-38	130.8
LXL04_009120	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	767	1033	1.9e-39	136.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7S5`	拟南芥	Tyrosine-sulfated glycopeptide receptor 1	55.650%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FN37`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 2	45.825%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVR7`	拟南芥	Phytosulfokine receptor 1	43.945%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SHI3`	拟南芥	Receptor-like protein 2	49.356%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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