LXL04_008961 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008961

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 114134353-114135777 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1425 bp · LXL04_008961|LXL04_008961|OH1004|cDNA

ATGCTAGTTCCATTTGTATCGCGATCCCTATCATCTTCACTCCGAACCAAAAACCCTAGTTTCTTCTTAGCAACCCGTGCTGTTACAAATCCAGTGGAAAAGTATTGGACGCATTTACAGAGCAACGATCCAAACATCGAAAAAGCCCTAACAAGAGTTGGGGCTAAATTGGATTCTTCATGCGTAAAAGAGTTACTAACGAGATGCAGTTGTACCAATAAACATCCTACATCAGGTCTTCGATTCTTCATTTGGGCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1425 bp · LXL04_008961|LXL04_008961|OH1004|CDS

ATGCTAGTTCCATTTGTATCGCGATCCCTATCATCTTCACTCCGAACCAAAAACCCTAGTTTCTTCTTAGCAACCCGTGCTGTTACAAATCCAGTGGAAAAGTATTGGACGCATTTACAGAGCAACGATCCAAACATCGAAAAAGCCCTAACAAGAGTTGGGGCTAAATTGGATTCTTCATGCGTAAAAGAGTTACTAACGAGATGCAGTTGTACCAATAAACATCCTACATCAGGTCTTCGATTCTTCATTTGGGCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

474 aa · LXL04_008961|LXL04_008961|OH1004|PROTEIN

MLVPFVSRSLSSSLRTKNPSFFLATRAVTNPVEKYWTHLQSNDPNIEKALTRVGAKLDSSCVKELLTRCSCTNKHPTSGLRFFIWAGIQREYRHNSHMYNIACKLFNINQNPNLITDVIDAYTLDNSVVNLKSFKVVLNLCKEAKLPNEGLWVLKKMQDFNCKPDTTAYNLVIRVFCEKGKMDEALMLMQEMSLSNLYPDMVTFITMVKSFCDLGRIQDASKLFKIVKQQGCSLNVIAYSTLLDGICKVGDLEKGLNLLD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008961`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008961

位置 Chr02:114134353-114135777 (-)

描述 Similar to At5g47360: Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g47360

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g47360`	含五重复肽（Pentatricopeptide）蛋白 At5g47360。	暂无已核实直接文献
`At4g20090`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At1g12775`	含五肽重复的蛋白 At1g12775，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g65820`	假定含有五十二肽重复序列的蛋白 At5g65820。	暂无已核实直接文献
`At3g53700`	可能参与雌配子体发育。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008961 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006396 RNA processing 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12775

ath:AT4G20090

ath:AT5G47360

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.850

排名 1 · LXL04_008961 · OH-1004

质体0.072

排名 2 · LXL04_008961 · OH-1004

细胞核0.059

排名 3 · LXL04_008961 · OH-1004

细胞质0.028

排名 4 · LXL04_008961 · OH-1004

细胞膜0.010

排名 5 · LXL04_008961 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF17177.11PPR_long120-263 aa

PF12854.14PPR_1161-193 aa

PF13041.13PPR_2164-213 aa

PF01535.27PPR168-194 aa

PF13812.13PPR_3188-244 aa

PF12854.14PPR_1196-225 aa

PF13041.13PPR_2199-248 aa

PF13812.13PPR_3230-281 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008961	`PF17177.11`	PPR_long	120	263	8e-18	65.3
LXL04_008961	`PF12854.14`	PPR_1	161	193	1.2e-44	150.4
LXL04_008961	`PF13041.13`	PPR_2	164	213	7.5e-56	186.8
LXL04_008961	`PF01535.27`	PPR	168	194	8e-41	136.2
LXL04_008961	`PF13812.13`	PPR_3	188	244	1.5e-22	80.2
LXL04_008961	`PF12854.14`	PPR_1	196	225	1.2e-44	150.4
LXL04_008961	`PF13041.13`	PPR_2	199	248	7.5e-56	186.8
LXL04_008961	`PF13812.13`	PPR_3	230	281	1.5e-22	80.2
LXL04_008961	`PF12854.14`	PPR_1	231	262	1.2e-44	150.4
LXL04_008961	`PF13041.13`	PPR_2	235	284	7.5e-56	186.8
LXL04_008961	`PF01535.27`	PPR	238	266	8e-41	136.2
LXL04_008961	`PF13812.13`	PPR_3	258	310	1.5e-22	80.2
LXL04_008961	`PF12854.14`	PPR_1	269	300	1.2e-44	150.4
LXL04_008961	`PF13041.13`	PPR_2	271	318	7.5e-56	186.8
LXL04_008961	`PF01535.27`	PPR	274	304	8e-41	136.2
LXL04_008961	`PF23276.3`	TPR_24	275	339	4.4e-18	66.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LVS3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g47360	44.068%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O49436`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090	28.352%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LPX2`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g12775, mitochondrial	28.954%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9FH87`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65820	24.943%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LFF1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic	29.661%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情