LXL04_008893 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008893

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 111498250-111500126 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

735 bp · LXL04_008893|LXL04_008893|OH1004|cDNA

ATGGGAACCCTAGGAAGAGCAGCGTACACAGTCGGCTTTTGGATCCGGGAAACTGGTCAAGCCATGGATCGTCTTGGTTCACGTCTTCAGGGCAACAACTTCTTCAAAGAACAACTGTCCAGGCATCGAACTCTTATGAATGTTTACAATAAAGCCCCTGCGGTTGCTAAAGATGCATTTGTGGCCCCAAGTGCTTCCATCATCGGTGATGTCCAAGTGGGCCCAGGATCCTCCATTTGGTACGGATGCGTTTTAAGAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

729 bp · LXL04_008893|LXL04_008893|OH1004|CDS

ATGGGAACCCTAGGAAGAGCAGCGTACACAGTCGGCTTTTGGATCCGGGAAACTGGTCAAGCCATGGATCGTCTTGGTTCACGTCTTCAGGGCAACAACTTCTTCAAAGAACAACTGTCCAGGCATCGAACTCTTATGAATGTTTACAATAAAGCCCCTGCGGTTGCTAAAGATGCATTTGTGGCCCCAAGTGCTTCCATCATCGGTGATGTCCAAGTGGGCCCAGGATCCTCCATTTGGTACGGATGCGTTTTAAGAGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

242 aa · LXL04_008893|LXL04_008893|OH1004|PROTEIN

MGTLGRAAYTVGFWIRETGQAMDRLGSRLQGNNFFKEQLSRHRTLMNVYNKAPAVAKDAFVAPSASIIGDVQVGPGSSIWYGCVLRGDVNSISIGSGTNIQDHSLVHVAKSNLPGKVHPTIIGDNVTVGHSAVLHGCSIGNKAFIGMKATLLDGVVVEKNAMVAAGALVRQGTTIPAGEIWGGNPARFIRKLTDEEIAFFAKSADNYASLAQVHAGQNAGPIDKSELLKVLKRKVNEPATLF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008893`
TK1151 ID	TkA03G315460
OH-1004 ID	LXL04_008893
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008893

位置 Chr02:111498250-111500126 (-)

描述 Similar to GAMMACA1: Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g19580`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献
`At1g47260`	可能参与碳酸分解，但不介导二氧化碳的可逆水合。	Disruption of a nuclear gene encoding a mitochondrial gamma carbonic anhydrase reduces complex I and supercomplex I + III2 levels and alters mitochondrial physiology in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1016/j.jmb.2005.04.062 Recombinant plant gamma carbonic anhydrase homotrimers bind inorganic carbon.2009 · DOI: 10.1016/j.febslet.2009.09.055
`At5g66510`	参与H(2)CO(3)分解代谢的酶，但不介导二氧化碳的可逆水化反应。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008893 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0009901 anther dehiscence 生物过程

GO:0070207 protein homotrimerization 生物过程

GO:2000377 regulation of reactive oxygen species metabolic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0031966 mitochondrial membrane 细胞组分

GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分

GO:0004089 carbonate dehydratase activity 分子功能

GO:0042802 identical protein binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G19580

ath:AT1G47260

ath:AT5G66510

ddi:DDB_G0288155

mja:MJ_0304

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.884

排名 1 · LXL04_008893 · OH-1004

细胞质0.124

排名 2 · LXL04_008893 · OH-1004

细胞核0.067

排名 3 · LXL04_008893 · OH-1004

细胞膜0.040

排名 4 · LXL04_008893 · OH-1004

质体0.030

排名 5 · LXL04_008893 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00132.31Hexapep57-87 aa

PF25084.2LbH_EIF2B91-176 aa

PF14602.13Hexapep_2119-147 aa

PF00132.31Hexapep136-170 aa

PF28366.1GAMMACA1_C197-236 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008893	`PF00132.31`	Hexapep	57	87	8.1e-18	64.0
LXL04_008893	`PF25084.2`	LbH_EIF2B	91	176	8.9e-08	32.8
LXL04_008893	`PF14602.13`	Hexapep_2	119	147	1.2e-06	28.9
LXL04_008893	`PF00132.31`	Hexapep	136	170	8.1e-18	64.0
LXL04_008893	`PF28366.1`	GAMMACA1_C	197	236	2.8e-11	44.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FWR5`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 1, mitochondrial	76.923%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9C6B3`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 2, mitochondrial	69.658%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q94AU7`	拟南芥	Gamma carbonic anhydrase 3, mitochondrial	69.231%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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