LXL04_008865 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008865

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 110702733-110709641 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4305 bp · LXL04_008865|LXL04_008865|OH1004|cDNA

ATGACGATTCCTGGTAAAGAGAACTTCAATCATAATGTCGGGCAAGTAGATGCAGATAAAAAAAAAGAAAAACGAAAACTCTCAAATCAAAGAcattaccaaaaaaaaaaaaatgtcaAACTTCGACGAGTGGATAATGGAGAAGGAGAAGAAGTATCTCAATTCTATCCACAGTTTACAAATGAAAATATTTACGGCGTTGAAACTCAAGCTACAGATTTACCTAATGAGGAGAATGTCAACACATCAGTACAACATGA...

CDS

下载 CDS FASTA

4305 bp · LXL04_008865|LXL04_008865|OH1004|CDS

ATGACGATTCCTGGTAAAGAGAACTTCAATCATAATGTCGGGCAAGTAGATGCAGATAAAAAAAAAGAAAAACGAAAACTCTCAAATCAAAGACATTACCAAAAAAAAAAAAATGTCAAACTTCGACGAGTGGATAATGGAGAAGGAGAAGAAGTATCTCAATTCTATCCACAGTTTACAAATGAAAATATTTACGGCGTTGAAACTCAAGCTACAGATTTACCTAATGAGGAGAATGTCAACACATCAGTACAACATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1434 aa · LXL04_008865|LXL04_008865|OH1004|PROTEIN

MTIPGKENFNHNVGQVDADKKKEKRKLSNQRHYQKKKNVKLRRVDNGEGEEVSQFYPQFTNENIYGVETQATDLPNEENVNTSVQHDNVMDDPYDYIFHRLPRKHRVLKPMRNCQICHAKRLKFEFETFCCMNGNTKLADSPIPDELLGLFTSESDLSKLFRDMIRAYNTNFSFASIGVTLDQSMANMTNGVYTFRVSGGIYHRIDQLVPRDGQPRYLQLYFYDAENEMSHRLIWPNLDKEIVQILTRVLASNPYVETFR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008865`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_008865`
位置	Chr02:110702733-110709641 (+)
描述	Similar to pif1: ATP-dependent DNA helicase PIF1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008865` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000723 telomere maintenance 生物过程 GO:0001117 protein-DNA-RNA complex disassembly 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006310 DNA recombination 生物过程 GO:0007004 telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0031297 replication fork processing 生物过程 GO:0032211 negative regulation of telomere maintenance via telomerase 生物过程 GO:0043504 mitochondrial DNA repair 生物过程 GO:0071932 replication fork reversal 生物过程 GO:1902983 DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication 生物过程 GO:1903469 removal of RNA primer involved in mitotic DNA replication 生物过程 GO:1990426 mitotic recombination-dependent replication fork processing 生物过程
KEGG 基因交叉引用	hsa:80119 rno:367645 spo:2541213 xla:734585 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.927

排名 1 · LXL04_008865 · OH-1004

细胞质0.134

排名 2 · LXL04_008865 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_008865 · OH-1004

细胞膜0.013

排名 4 · LXL04_008865 · OH-1004

细胞外0.008

排名 5 · LXL04_008865 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14214.12Helitron_like_N395-454 aa

PF14214.12Helitron_like_N457-522 aa

PF05970.21PIF1946-1128 aa

PF13604.13AAA_30947-1080 aa

PF21530.4Pif1_2B_dom1223-1265 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008865	`PF14214.12`	Helitron_like_N	395	454	5.3e-31	109.0
LXL04_008865	`PF14214.12`	Helitron_like_N	457	522	5.3e-31	109.0
LXL04_008865	`PF05970.21`	PIF1	946	1128	2.5e-64	217.7
LXL04_008865	`PF13604.13`	AAA_30	947	1080	2e-06	28.4
LXL04_008865	`PF21530.4`	Pif1_2B_dom	1223	1265	4.6e-19	68.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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