LXL04_008578 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008578

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 103107776-103113612 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3171 bp · LXL04_008578|LXL04_008578|OH1004|cDNA

ATTTGAACTTGACGATTGACCCATTGTCAAAGACTTCCTCAAAGAAACACAGAGATGAGATCTATCAGACGGCTGATAATTACTTCCAATACCACCCCAAATCGCAAGAACCCTTGAAAGCTCTACCCACGGGCGCCAAAAACCTCCCAAACATAATCACAAAAATACACATTACACACGCATACACATCTTCAAATCATTACTATAAAGATACACCAATAAAACCCTCTATCTGGATTTCAATTTGTTTGAAGTCCTAC...

CDS

下载 CDS FASTA

2892 bp · LXL04_008578|LXL04_008578|OH1004|CDS

ATGGCCCTCGAGAACATTGTCAAAGAAGCATTGAACGCACTCTATCATCACCCAGATGACGCTGTTCGCTCTCAAGCCGATCAATGGCTTCAAGAGTTCCAACGGACAATCGATGCGTGGCAGGTGTCCGATAATTTGCTTCACGATGCTAGTAGCAATGTGGAAACTCTAATTTTCTGCTCACAAACTCTCAGAAGTAAGGTGCAAAGAGATTTTGAAGAATTACCCTCTGAAGCATTCCGTTCACTTCGCGATTCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

963 aa · LXL04_008578|LXL04_008578|OH1004|PROTEIN

MALENIVKEALNALYHHPDDAVRSQADQWLQEFQRTIDAWQVSDNLLHDASSNVETLIFCSQTLRSKVQRDFEELPSEAFRSLRDSLNNLLKTFHKGPPKVRTQISLAVAALAVQVPAEDWGDGGIMNWLRDEMNLHPDIVPSFLELLRVLPEEVFNYKIAARPDRRRKFENELASTMDVSLGILTACLNIPELKEQALEAFASWLRLRHRIPASVLATHPLVLTALSSLTSDVLSEAAVNVISELIHYTSARNTDGFSV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008578`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008578

位置 Chr02:103107776-103113612 (-)

描述 Similar to MOS14: Transportin MOS14

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g62600`	作为富含丝氨酸-精氨酸(SR)蛋白的核入受体。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008578 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006403 RNA localization 生物过程

GO:0006404 RNA import into nucleus 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0035719 tRNA import into nucleus 生物过程

GO:0043484 regulation of RNA splicing 生物过程

GO:0051031 tRNA transport 生物过程

GO:0061015 snRNA import into nucleus 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

GO:0005642 annulate lamellae 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G62600

hsa:23534

mmu:320938

sce:YOR160W

spo:2539916

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.662

排名 1 · LXL04_008578 · OH-1004

细胞质0.499

排名 2 · LXL04_008578 · OH-1004

溶酶体／液泡0.055

排名 3 · LXL04_008578 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_008578 · OH-1004

高尔基体0.043

排名 5 · LXL04_008578 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03810.26IBN_N26-91 aa

PF08389.19Xpo198-243 aa

PF24138.2TPR_TNPO3_IPO13_2nd285-351 aa

PF24140.2TPR_TNPO3_IPO13_3rd474-563 aa

PF24139.2TPR_TNPO3_IPO13_4th656-753 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008578	`PF03810.26`	IBN_N	26	91	9.6e-07	29.4
LXL04_008578	`PF08389.19`	Xpo1	98	243	2.5e-20	73.8
LXL04_008578	`PF24138.2`	TPR_TNPO3_IPO13_2nd	285	351	9e-17	61.9
LXL04_008578	`PF24140.2`	TPR_TNPO3_IPO13_3rd	474	563	1.5e-06	29.0
LXL04_008578	`PF24139.2`	TPR_TNPO3_IPO13_4th	656	753	3.7e-17	63.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GUL2`	拟南芥	Transportin MOS14	69.488%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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