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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

LXL04_008560
当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 102779751-102780848 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1098 bp · LXL04_008560|LXL04_008560|OH1004|cDNA

ATGTGGAGTAATCTTCCTTCCGATCTCCTATCCAACATCTTCTCTTACCTTCCACCTCACTCCATCCCCCGCGCCATGGCGGTCTGCCGCCACTGGCGGTCAGCAACCGGCGACACAAAACGGTACCACCGCCACAACCACCACCCGCCATGGTTCATCGCCTTACCCACCCATAGAAACCATTTGTGTTTTATTCATAATCCAATCGAAAACACGTGGCACTCACTCAATCTCAAACATGTTCCTAAATTTATCAGACC...

CDS

下载 CDS FASTA

1098 bp · LXL04_008560|LXL04_008560|OH1004|CDS

ATGTGGAGTAATCTTCCTTCCGATCTCCTATCCAACATCTTCTCTTACCTTCCACCTCACTCCATCCCCCGCGCCATGGCGGTCTGCCGCCACTGGCGGTCAGCAACCGGCGACACAAAACGGTACCACCGCCACAACCACCACCCGCCATGGTTCATCGCCTTACCCACCCATAGAAACCATTTGTGTTTTATTCATAATCCAATCGAAAACACGTGGCACTCACTCAATCTCAAACATGTTCCTAAATTTATCAGACC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

365 aa · LXL04_008560|LXL04_008560|OH1004|PROTEIN

MWSNLPSDLLSNIFSYLPPHSIPRAMAVCRHWRSATGDTKRYHRHNHHPPWFIALPTHRNHLCFIHNPIENTWHSLNLKHVPKFIRPVSTIGGHGLILFKGATGGVPIQLSVCNPFTGQFGQLPPLQKPRRNPAVGIIEVCPCQFKVYVAGGMSEAATGGGATSYEPTLEMFDSKSEKWTTAGSMPVEFAVRLTVWTPNESVYSNGVLYWMTSARAYSIMGFEISANKWMEFSVPNGYMLEFAALVPRNGKLVVIGGVEG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDLXL04_008560
TK1151 IDTkA03G358790
OH-1004 IDLXL04_008560
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)98.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 100.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDLXL04_008560
位置Chr02:102779751-102780848 (+)
描述Similar to UFO: Protein UNUSUAL FLORAL ORGANS
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g30950 SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。 暂无已核实直接文献
At5g15710 F-box/kelch-repeat 蛋白 At5g15710。 暂无已核实直接文献
At1g27340 仅F-box蛋白6。 暂无已核实直接文献
At3g61590 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os06g0665400 SCF(ASK- Cullin-F-box) E3泛素连接酶复合物的组分，可能介导靶蛋白的泛素化及随后的蛋白酶体降解（通过相似性）。
ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1 temporally regulates meristem identity in rice.2005 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2005.03.016
Rice ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1, encoding an F-box protein, regulates meristem fate.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03200.x
Expression level of ABERRANT PANICLE ORGANIZATION1 determines rice inflorescence form through control of cell proliferation in the meristem.2009 · DOI: 10.1104/pp.109.136739
A gene controlling the number of primary rachis branches also controls the vascular bundle formation and hence is responsible to increase the harvest index and grain yield in rice.2010 · DOI: 10.1007/s00122-009-1218-8
New approach for rice improvement using a pleiotropic QTL gene for lodging resistance and yield.2010 · DOI: 10.1038/ncomms1132
ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 2/RFL, the rice ortholog of Arabidopsis LEAFY, suppresses the transition from inflorescence meristem to floral meristem through interaction with APO1.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2011.04781.x
Isolation of a novel lodging resistance QTL gene involved in strigolactone signaling and its pyramiding with a QTL gene involved in another mechanism.2014 · DOI: 10.1093/mp/ssu131
Ozone-Induced Rice Grain Yield Loss Is Triggered via a Change in Panicle Morphology That Is Controlled by ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 1 Gene.2015 · DOI: 10.1371/journal.pone.0123308
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008560 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0009908 flower development 生物过程
GO:0009909 regulation of flower development 生物过程
GO:0009933 meristem structural organization 生物过程
GO:0010074 maintenance of meristem identity 生物过程
GO:0010087 phloem or xylem histogenesis 生物过程
GO:0010193 response to ozone 生物过程
GO:0010305 leaf vascular tissue pattern formation 生物过程
GO:0010928 regulation of auxin mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G27340
ath:AT1G30950
ath:AT3G61590
ath:AT5G15710
osa:107277138
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.665
排名 1 · LXL04_008560 · OH-1004
细胞质0.325
排名 2 · LXL04_008560 · OH-1004
细胞膜0.082
排名 3 · LXL04_008560 · OH-1004
内质网0.062
排名 4 · LXL04_008560 · OH-1004
质体0.025
排名 5 · LXL04_008560 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12937.13F-box-like2-44 aa
PF00646.39F-box2-42 aa
PF13964.13Beta-prop_Calicin65-203 aa
PF08268.18FBA_392-266 aa
PF01344.32Kelch_1146-186 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
LXL04_008560PF12937.13F-box-like2441.2e-1248.1
LXL04_008560PF00646.39F-box2424.9e-1245.9
LXL04_008560PF13964.13Beta-prop_Calicin652033e-0627.2
LXL04_008560PF08268.18FBA_3922661.9e-0731.2
LXL04_008560PF01344.32Kelch_11461865.5e-0729.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q39090拟南芥Protein UNUSUAL FLORAL ORGANS24.924%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9LFV5拟南芥F-box/kelch-repeat protein At5g1571024.138%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9FZK1拟南芥F-box only protein 625.137%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q9M310拟南芥F-box/kelch-repeat protein At3g6159024.773%Swiss-Prot低置信数据库同源证据
Q655Y0水稻Protein ABERRANT PANICLE ORGANIZATION 123.565%Swiss-Prot低置信数据库同源证据

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