LXL04_008559 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008559

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 102777085-102777908 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

621 bp · LXL04_008559|LXL04_008559|OH1004|cDNA

ATGTTTCAGAATGAAAATCAATTTCCCAAAAGACCAAGAATATCTGAACAGATGGCGAATCGAAGAACTCAATACAAAAGTGATCTGTGTTTGAGATTTCAAAGGGGTACTTGCGATTACGGTGATCGCTGTTGCTTCGCCCACGGCTATGGAGATCTCAGAGGACAGATTGCGCTTGATGAGGCTTCCCGTGTCAAATATATGGATGAAAACCAAAACCCTAGGTGTAGCGATAAATCGAGATTATGCTGGAGGTTCAT...

CDS

下载 CDS FASTA

621 bp · LXL04_008559|LXL04_008559|OH1004|CDS

ATGTTTCAGAATGAAAATCAATTTCCCAAAAGACCAAGAATATCTGAACAGATGGCGAATCGAAGAACTCAATACAAAAGTGATCTGTGTTTGAGATTTCAAAGGGGTACTTGCGATTACGGTGATCGCTGTTGCTTCGCCCACGGCTATGGAGATCTCAGAGGACAGATTGCGCTTGATGAGGCTTCCCGTGTCAAATATATGGATGAAAACCAAAACCCTAGGTGTAGCGATAAATCGAGATTATGCTGGAGGTTCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

206 aa · LXL04_008559|LXL04_008559|OH1004|PROTEIN

MFQNENQFPKRPRISEQMANRRTQYKSDLCLRFQRGTCDYGDRCCFAHGYGDLRGQIALDEASRVKYMDENQNPRCSDKSRLCWRFMNGEKCQFGDKCHFYHIKTERKSDVISVLDVAGSGGMQQHKQTPWRTKLCNRWMSTGSCPYGLKCCFAHGESELLNQRSNGDGTFEKKIDGNRWEFKWKNVEKIGRVYADWINVTPAALA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008559`
TK1151 ID	TkA03G358800
OH-1004 ID	LXL04_008559
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008559

位置 Chr02:102777085-102777908 (+)

描述 Similar to At3g19360: Zinc finger CCCH domain-containing protein 39

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g19360`	含锌指CCCH结构域蛋白39。	暂无已核实直接文献
`At1g32360`	含锌指 CCCH 结构域的蛋白 12。	暂无已核实直接文献
`At2g35430`	含锌指CCCH结构域的蛋白28。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os08g0159800`	含锌指CCCH结构域的蛋白56。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008559 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0000165 MAPK cascade 生物过程

GO:0000288 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay 生物过程

GO:0000289 nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0009611 response to wounding 生物过程

GO:0010837 regulation of keratinocyte proliferation 生物过程

GO:0031086 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-independent decay 生物过程

GO:0032680 regulation of tumor necrosis factor production 生物过程

GO:0032703 negative regulation of interleukin-2 production 生物过程

GO:0032897 negative regulation of viral transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32360

ath:AT2G35430

ath:AT3G19360

dosa:Os08g0159800

hsa:7538

osa:4344715

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.813

排名 1 · LXL04_008559 · OH-1004

细胞质0.207

排名 2 · LXL04_008559 · OH-1004

线粒体0.034

排名 3 · LXL04_008559 · OH-1004

质体0.031

排名 4 · LXL04_008559 · OH-1004

细胞膜0.030

排名 5 · LXL04_008559 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00642.31zf-CCCH25-49 aa

PF00642.31zf-CCCH79-102 aa

PF18044.8zf-CCCH_481-102 aa

PF00642.31zf-CCCH131-157 aa

PF25585.2zf-CCCH_DUS3L133-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008559	`PF00642.31`	zf-CCCH	25	49	2.2e-23	82.3
LXL04_008559	`PF00642.31`	zf-CCCH	79	102	2.2e-23	82.3
LXL04_008559	`PF18044.8`	zf-CCCH_4	81	102	4.6e-12	46.1
LXL04_008559	`PF00642.31`	zf-CCCH	131	157	2.2e-23	82.3
LXL04_008559	`PF25585.2`	zf-CCCH_DUS3L	133	155	2.1e-10	41.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LT81`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 39	25.081%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9LQM3`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 12	24.138%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q5PP65`	拟南芥	Zinc finger CCCH domain-containing protein 28	27.119%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q84UQ3`	水稻	Zinc finger CCCH domain-containing protein 56	28.421%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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