LXL04_008543 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008543

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 102277700-102280841 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1020 bp · LXL04_008543|LXL04_008543|OH1004|cDNA

ATGGATAAGAAGAAGGTTGCAGTTCCTCTCGTATGCCATGGGCATTCCCGGCCAGTAGTTGATTTGCACTATAGCCCGATCACTCCAGATGGGTTTTTCCTTATCAGTGCCAGCAAAGATTCGACTCCTATGCTTAGAAATGGAGAAACTGGAGACTGGATAGGAACCTTTGAAGGGCATAAAGGTGCAGTATGGAGTTGCTGTCTTGATACTAATGCTCTACGTGCTGCATCAGCATCTGCTGATTTTTCAGCGAAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

1020 bp · LXL04_008543|LXL04_008543|OH1004|CDS

ATGGATAAGAAGAAGGTTGCAGTTCCTCTCGTATGCCATGGGCATTCCCGGCCAGTAGTTGATTTGCACTATAGCCCGATCACTCCAGATGGGTTTTTCCTTATCAGTGCCAGCAAAGATTCGACTCCTATGCTTAGAAATGGAGAAACTGGAGACTGGATAGGAACCTTTGAAGGGCATAAAGGTGCAGTATGGAGTTGCTGTCTTGATACTAATGCTCTACGTGCTGCATCAGCATCTGCTGATTTTTCAGCGAAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

339 aa · LXL04_008543|LXL04_008543|OH1004|PROTEIN

MDKKKVAVPLVCHGHSRPVVDLHYSPITPDGFFLISASKDSTPMLRNGETGDWIGTFEGHKGAVWSCCLDTNALRAASASADFSAKLWDALTGDVLHSFDHKHIVRACSFSEDTHYLLTGGFEKILRIFDLNRPDAPPREVEHSPGSVRTVAWLHSDQTILSSCSDSGGVRLWDVRSGKMIHTLETKASVTSAEVSKDGRYITTADGSSVKFWDANHFGLVKSYDMPCNVESASLEPKFGDKFIAGGEDMWIRLFDFNTG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008543`
TK1151 ID	TkA03G360650
OH-1004 ID	LXL04_008543
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`LXL04_008543`
位置	Chr02:102277700-102280841 (+)
描述	Similar to strap: Serine-threonine kinase receptor-associated protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_008543` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000122 negative regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0000380 alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000387 spliceosomal snRNP assembly 生物过程 GO:0022618 protein-RNA complex assembly 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0030277 maintenance of gastrointestinal epithelium 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0032797 SMN complex 细胞组分 GO:0034719 SMN-Sm protein complex 细胞组分 GO:0003723 RNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用	bta:510201 ddi:DDB_G0286457 hsa:11171 mmu:20901 rno:297699 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.571

排名 1 · LXL04_008543 · OH-1004

细胞核0.354

排名 2 · LXL04_008543 · OH-1004

溶酶体／液泡0.123

排名 3 · LXL04_008543 · OH-1004

细胞膜0.108

排名 4 · LXL04_008543 · OH-1004

高尔基体0.076

排名 5 · LXL04_008543 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24105.2Beta-prop_CAF1B_HIR18-99 aa

PF24805.2EIF3I9-299 aa

PF25173.2Beta-prop_WDR3_1st12-131 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd12-130 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR513-230 aa

PF24782.3WD40_MABP1-WDR62_2nd14-210 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC319-132 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st21-248 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008543	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	8	99	1.9e-17	64.0
LXL04_008543	`PF24805.2`	EIF3I	9	299	4.7e-48	164.7
LXL04_008543	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	12	131	6.3e-38	131.0
LXL04_008543	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	12	130	9.7e-22	78.2
LXL04_008543	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	13	230	8.8e-44	150.7
LXL04_008543	`PF24782.3`	WD40_MABP1-WDR62_2nd	14	210	1.2e-11	44.9
LXL04_008543	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	19	132	1.5e-46	159.3
LXL04_008543	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	21	248	2.4e-41	142.6
LXL04_008543	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	27	99	9.4e-29	101.2
LXL04_008543	`PF24814.2`	WD40_Prp19	32	230	1.8e-33	116.5
LXL04_008543	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	34	132	3.3e-19	69.8
LXL04_008543	`PF24017.3`	Beta-prop_SCAP	38	130	5.8e-09	36.0
LXL04_008543	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	49	121	5.1e-20	72.7
LXL04_008543	`PF00400.39`	WD40	54	89	2.3e-39	132.8
LXL04_008543	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	55	133	1.9e-17	64.0
LXL04_008543	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	77	214	6.3e-38	131.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

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