LXL04_008514 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008514

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 101629636-101630453 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

489 bp · LXL04_008514|LXL04_008514|OH1004|cDNA

ATGTTTGCTGGTTTAAGATCTTCCATATGTTGTTTGTTGGCATATTCAGATATGAGAGCCTTCGATGAGTTAAGAAAGCTGGAAATGTTCTTCAAGGAGGAAGACAGACATGGCTGTTCAGTAGTAGACCTGTATGAACTTGTCCAACATGCTGGAAACATTTTACCTAGACTGTATCTTCTATGTACAGTAGGGTCTGTTTACATAAAATCAAAAGAAGCTCCTGCTAATAGAGATGAGGATACTGTCATGGATGCTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

489 bp · LXL04_008514|LXL04_008514|OH1004|CDS

ATGTTTGCTGGTTTAAGATCTTCCATATGTTGTTTGTTGGCATATTCAGATATGAGAGCCTTCGATGAGTTAAGAAAGCTGGAAATGTTCTTCAAGGAGGAAGACAGACATGGCTGTTCAGTAGTAGACCTGTATGAACTTGTCCAACATGCTGGAAACATTTTACCTAGACTGTATCTTCTATGTACAGTAGGGTCTGTTTACATAAAATCAAAAGAAGCTCCTGCTAATAGAGATGAGGATACTGTCATGGATGCTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

162 aa · LXL04_008514|LXL04_008514|OH1004|PROTEIN

MFAGLRSSICCLLAYSDMRAFDELRKLEMFFKEEDRHGCSVVDLYELVQHAGNILPRLYLLCTVGSVYIKSKEAPANRDEDTVMDAVEFVLQNFSEMNKLWVWMEVQGTARVRDKMEKERNELCDLFIFDCRLLLQKIYIAKRKLERAISSLPKKHIDYILE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008514`
TK1151 ID	TkA03G363710
OH-1004 ID	LXL04_008514
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 82.716 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008514

位置 Chr02:101629636-101630453 (-)

描述 Similar to VPS35B: Vacuolar protein sorting-associated protein 35B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g75850`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Arabidopsis VPS35, a retromer component, is required for vacuolar protein sorting and involved in plant growth and leaf senescence.2008 · DOI: 10.1093/pcp/pcn006
`At2g17790`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	Loss-of-function mutations of retromer large subunit genes suppress the phenotype of an Arabidopsis zig mutant that lacks Qb-SNARE VTI11.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.069294
`At3g51310`	在囊泡蛋白分选中发挥作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008514 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程

GO:0010628 positive regulation of gene expression 生物过程

GO:0031647 regulation of protein stability 生物过程

GO:0032456 endocytic recycling 生物过程

GO:0036010 protein localization to endosome 生物过程

GO:0042147 retrograde transport, endosome to Golgi 生物过程

GO:0045053 protein retention in Golgi apparatus 生物过程

GO:0045056 transcytosis 生物过程

GO:0045732 positive regulation of protein catabolic process 生物过程

GO:0090141 positive regulation of mitochondrial fission 生物过程

GO:0099074 mitochondrion to lysosome vesicle-mediated transport 生物过程

GO:0099639 neurotransmitter receptor transport, endosome to plasma membrane 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G75850

ath:AT2G17790

ath:AT3G51310

bta:521864

ddi:DDB_G0293218

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.481

排名 1 · LXL04_008514 · OH-1004

细胞核0.385

排名 2 · LXL04_008514 · OH-1004

线粒体0.111

排名 3 · LXL04_008514 · OH-1004

细胞膜0.109

排名 4 · LXL04_008514 · OH-1004

高尔基体0.069

排名 5 · LXL04_008514 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03635.24Vps3518-77 aa

PF03635.24Vps3579-126 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008514	`PF03635.24`	Vps35	18	77	5e-40	138.4
LXL04_008514	`PF03635.24`	Vps35	79	126	5e-40	138.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4I0P8`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35B	51.111%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q7X659`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35A	52.597%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`A8R7K9`	拟南芥	Vacuolar protein sorting-associated protein 35C	46.111%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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