LXL04_008482 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_008482

当前版本: OH-1004 染色体: Chr02 坐标: 100803733-100806598 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1896 bp · LXL04_008482|LXL04_008482|OH1004|cDNA

ATGAACGAGTATGGAAGACGCGGCCTAAGATCTGGGTCATCGGCGGCACATCAGCAGCGTCAGTACACCGACAACTTCATAAACACCACTTCTTCATCTAATGGCCAATGGCAACAATCTGCTGGTTTACAACACCCCCAACAACAATCTTACAACACTTCTTCATCTATGGACTATGGTTACTATAATGGCAACGGAGCTCAAGCTTCGAGAACGTATAACAATAGTAGGAACATCAGTCCACAGATGCCCGTAAGCGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1896 bp · LXL04_008482|LXL04_008482|OH1004|CDS

ATGAACGAGTATGGAAGACGCGGCCTAAGATCTGGGTCATCGGCGGCACATCAGCAGCGTCAGTACACCGACAACTTCATAAACACCACTTCTTCATCTAATGGCCAATGGCAACAATCTGCTGGTTTACAACACCCCCAACAACAATCTTACAACACTTCTTCATCTATGGACTATGGTTACTATAATGGCAACGGAGCTCAAGCTTCGAGAACGTATAACAATAGTAGGAACATCAGTCCACAGATGCCCGTAAGCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

631 aa · LXL04_008482|LXL04_008482|OH1004|PROTEIN

MNEYGRRGLRSGSSAAHQQRQYTDNFINTTSSSNGQWQQSAGLQHPQQQSYNTSSSMDYGYYNGNGAQASRTYNNSRNISPQMPVSGGTSLFAEPLSPPARHKKLGVGGGDNPSDFSPGLLDLHSFDTELISEVPVTRMHNASLNGDPYYENSKQNSINRGLSDKEKGSSVAKIKVVVRKRPLNKKELAKNEEDIITTESRSNCLAVHETKLKVDLTEYMEKHEFVFDAVLNEEVSNDEVYHETVEPIVPIIFQRTKATC...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_008482`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_008482

位置 Chr02:100803733-100806598 (-)

描述 Similar to KIN13B: Kinesin-like protein KIN-13B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g16060`	与 KIN13A 一起作用，通过 THE1 途径调节细胞壁合成和细胞扩增。	Atkinesin-13A modulates cell-wall synthesis and cell expansion in Arabidopsis thaliana via the THESEUS1 pathway.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004627
`At3g16630`	参与毛状体形态发生的内部运动驱动蛋白。	An internal motor kinesin is associated with the Golgi apparatus and plays a role in trichome morphogenesis in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1091/mbc.e04-05-0400 AtKinesin-13A is located on Golgi-associated vesicle and involved in vesicle formation/budding in Arabidopsis root-cap peripheral cells.2009 · DOI: 10.1186/1471-2229-9-138 Rho of plant GTPase signaling regulates the behavior of Arabidopsis kinesin-13A to establish secondary cell wall patterns.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.117853 Atkinesin-13A modulates cell-wall synthesis and cell expansion in Arabidopsis thaliana via the THESEUS1 pathway.2014 · DOI: 10.1371/journal.pgen.1004627

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0625200`	类驱动蛋白 KIN-13B。	暂无已核实直接文献
`Os05g0154700`	类驱动蛋白 KIN-13A。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_008482 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0007018 microtubule-based movement 生物过程

GO:0007019 microtubule depolymerization 生物过程

GO:0009834 plant-type secondary cell wall biogenesis 生物过程

GO:0010090 trichome morphogenesis 生物过程

GO:0090058 metaxylem development 生物过程

GO:1903338 regulation of cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005795 Golgi stack 细胞组分

GO:0005874 microtubule 细胞组分

GO:0009531 secondary cell wall 细胞组分

GO:0003777 microtubule motor activity 分子功能

GO:0005524 ATP binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G16060

ath:AT3G16630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.651

排名 1 · LXL04_008482 · OH-1004

细胞核0.298

排名 2 · LXL04_008482 · OH-1004

细胞膜0.135

排名 3 · LXL04_008482 · OH-1004

溶酶体／液泡0.059

排名 4 · LXL04_008482 · OH-1004

高尔基体0.053

排名 5 · LXL04_008482 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF16796.12Microtub_bd173-316 aa

PF00225.30Kinesin179-497 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_008482	`PF16796.12`	Microtub_bd	173	316	3.5e-14	53.7
LXL04_008482	`PF00225.30`	Kinesin	179	497	2.6e-99	333.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q940Y8`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-13B	62.482%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q940B8`	拟南芥	Kinesin-like protein KIN-13A	57.658%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`B9EY52`	水稻	Kinesin-like protein KIN-13B	75.245%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`B9FMJ3`	水稻	Kinesin-like protein KIN-13A	64.206%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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